山羊绒候选基因筛选及低密度芯片设计

发布时间：2017-10-10 06:22

  本文关键词：山羊绒候选基因筛选及低密度芯片设计

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【摘要】：内蒙古绒山羊的山羊绒一直备受人们的喜欢。但是,我国的羊绒市场在流通交易的过程中,不分等级,不按质论价,造成了养殖户一味追求产绒量而使羊绒品质不断下降的现状。同时,全基因组选择技术能有效的缩短了世代的间隔,进而提高遗传进展,因此成为育种工作者研究的热点。但是基因芯片对于山羊本身的价值来说比较昂贵,本研究利用全基因组选择和基因渗透的方法,结合山羊的全基因组高密度芯片数据,也利用了绒山羊次级毛囊的转录组数据,定位影响山羊绒生长和品质的候选基因或者标记信号。一方面可以为基因的功能研究提供理论依据；更重要的是通过这些信号设计低密度芯片,达到降低基因组选择在育种中的成本,也实现了绒山羊经济性状的早期育种,提高羊绒品质的目的。主要研究结果如下：1.基于Illumina GoatSNP60 BeadChip (60K)山羊全基因SNP芯片,并结合RR-BLUP模型本实验室开发出一套可以用于筛选和经济性状相关候选标记位点的方法。2.本研究对120个绒山羊的产绒量性状进行全基因选择分析,筛选出323个关键SNP位点,这些位点可以用于产绒量低密度芯片的设计。3.本研究对120个绒山羊的绒细度性状进行全基因选择分析,筛选出293个关键SNP位点,这些位点与其它位点相比估计的育种值更加准确,可以用于绒细度低密度芯片的设计。4.通过进一步对三个山羊群体(北山羊,绒山羊、北山羊和绒山羊的杂交山羊)进行基因型数据和绒山羊次级毛囊的转录组数据,得到了166个和绒性状和绒发育有关的候选基因,也富集到10个KEGG通路,这些通路在绒生长发育过程都起着重要作用。
【关键词】：绒山羊 北山羊 绒细度 RNA-Seq 杂交 Fst 候选基因
【学位授予单位】：内蒙古农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S827
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-10
• 缩略语表10-11
• 1 引言11-21
• 1.1 育种方法的研究进展11-13
• 1.1.1 根据性状来选育品种11-12
• 1.1.2 根据分子标记来选育品种12
• 1.1.3 基因组选择育种12-13
• 1.2 SNP标记与动物分子育种13-15
• 1.2.1 分子标记的研究进展14
• 1.2.2 SNP标记14-15
• 1.2.3 SNP的特点15
• 1.3 基因组选择技术15-21
• 1.3.1 基因组选择的基本概念和原理15-16
• 1.3.2 基因组育种值的计算方法16-18
• 1.3.3 基因组选择的影响因素18-19
• 1.3.4 高密度芯片的优缺点19
• 1.3.5 低密度芯片的基因组选择19-20
• 1.3.6 本研究的目的意义20-21
• 2 第一部分 全基因组选择在绒山羊育种中的研究21-33
• 2.1 材料和方法21-25
• 2.1.1 实验材料21
• 2.1.2 基因型数据的质控21
• 2.1.3 性状表型记录的测定21
• 2.1.4 基因组预测的统计方法21-22
• 2.1.5 低密度芯片位点的筛选22-23
• 2.1.6 基因组估计的评价指标23-24
• 2.1.7 KASP的SNP引物24-25
• 2.1.8 数据统计和分析25
• 2.2 结果和分析25-33
• 2.2.1 关键SNP位点的选择25-26
• 2.2.2 关键SNP的杂合度检验26-27
• 2.2.3 关键SNPs位点对估计育种值准确性的影响27
• 2.2.4 随机选取的SNP位点和关键SNP位点的准确性比较27-28
• 2.2.5 群体结构分析28-30
• 2.2.6 SNP的染色体分布情况30-31
• 2.2.7 部分SNP的验证31-33
• 3 第二部分 全基因组研究揭示山羊品种间杂交引起羊绒质量改变的现象33-49
• 3.1 引言33-34
• 3.2 材料和方法34-38
• 3.2.1 试验材料及数据来源34
• 3.2.2 原始数据过滤34
• 3.2.3 羊绒细度的测定34
• 3.2.4 群体结构分析及固定指数计算(F_(ST))34-35
• 3.2.5 候选基因的筛选35
• 3.2.6 RNA-Seq文库构建和RNA-Seq分析35-38
• 3.2.7 候选基因的共表达网络分析38
• 3.3 实验结果38-49
• 3.3.1 表型测定结果38
• 3.3.2 主成分分析和候选SNP位点选择结果38-40
• 3.3.3 候选基因的选择40-41
• 3.3.4 候选基因的功能性富集分析41-43
• 3.3.5 候选基因的共表达网络分析43-44
• 3.3.6 CSN2基因的分析44-46
• 3.3.7 不同方法找到SNP的整合分析46-49
• 4 讨论49-54
• 5 结论54-55
• 致谢55-56
• 参考文献56-64
• 附录64-77
• 作者简介77

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1 齐欣;西门塔尔牛肉质性状低密度芯片的基因组选择[D];中国农业科学院;2015年

2 张静静;西门塔尔牛部分生长性状全基因组低密度芯片筛选[D];吉林农业大学;2015年

3 刘斌;山羊绒候选基因筛选及低密度芯片设计[D];内蒙古农业大学;2016年

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本文编号：1004794