猪繁殖与呼吸综合征病毒四川株的分离鉴定及Nsp2生物信息学分析

发布时间：2017-10-12 21:28

  本文关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒四川株的分离鉴定及Nsp2生物信息学分析

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【摘要】：为了解四川省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况及分子特征,本研究选用2012—2014年四川省不同地区采集并诊断为PRRSV阳性的病料,以Marc 145细胞进行病毒分离,经蚀斑纯化,病毒基因扩增、测序后与NCBI现有序列进行比对分析并通过构建系统进化树等方法研究分离株的分子特征。共成功分离到10株PRRSV,分析证明所有分离毒株均是高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)株,序列比对显示,其中SC2012、SC2012-2株Nsp2部分基因与众多HP-PRRSV株核苷酸同源性在91%~97%之间,与经典毒株CH-1a株同源性为72.9%,与所有BLAST毒株相比存在新缺失位点,与CH-1a、BJ-4株相比,在Nsp2蛋白485 aa~498 aa处存在14个连续氨基酸缺失,其他8株均含30个不连续氨基酸缺失。氨基酸同源性比对显示,SC2012、SC2012-2株高变区与国内分离株同源性介于61.5%~97.2%之间。通过TCID50法测得SC2012、SCSN2012-1、SCSN2012-2、SCCD2012、SCLS2012、SCMY2012、SCBZ2012、SCXC2012、SCXJ2012和SC2012-2病毒毒价分别为10~(-5.41)/m L、10~(-6.5)/m L、10~(-7.29)/m L、10~(-6.41)/m L、10~(-5.5)/m L、10~(-7.67)/m L、10~(-6.29)/m L、10~(-6.8)/m L、10~(-7.41)/m L和10~(-6)/m L。以上结果表明,本研究所分离的SC2012、SC2012-2株是新变异毒株,为四川省PRRSV分子流行病学和遗传变异研究奠定了一定基础。
【作者单位】： 四川农业大学动物医学院动物生物技术中心;四川农业大学动物疫病与人类健康四川省重点实验室;
【关键词】： 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离鉴定 Nsp 生物信息学
【基金】：四川省科技支撑计划项目(2014NZ0043) 科技部国际科技合作项目(2014DFA31260)
【分类号】：S852.651
【正文快照】： 表1 Nsp2基因检测引物序列及大小Table 1 Detection primer used in this studyNsp2 genes of SC2012 and SC2012-2 strains share high sequence homology of 91%-97%with many HP-PRRSVstrains in database,comparison of 72.9%homology with the classical strain CH-1a st

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本文编号：1021010