高通量测序解析奶牛乳房炎关联菌群

发布时间：2017-10-13 22:29

  本文关键词：高通量测序解析奶牛乳房炎关联菌群

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【摘要】：本文利用美国加州乳房炎检测方法,从呼和浩特某规模化牧场筛选出乳房炎阴性、弱阳性和强阳性奶牛各3头,建立乳房炎阴性、弱阳性和强阳性三个试验组,收集乳样,分别对其宏基因组进行了高通量测序并研究乳样菌群及其结构特点。结果发现,不同组奶牛乳样菌群组成及其结构特点均不同。在纲(Class)水平上,阴性组乳样检测出6种菌,其中优势菌为γ-变形菌纲,占菌群80%；弱阳性组乳样检测出8种菌种,其中优势菌为变形菌纲、γ-变形菌纲、平酸菌纲,分别占菌群的53%、18%和15%；强阳性组乳样检测出7种菌,其中优势菌为γ-变形菌纲、平酸菌纲、变形菌纲,分别占菌群的52%、23%和20%。在门(Phylum)水平上阴性组乳样中发现4种菌种,其中优势菌种为变形菌门、拟杆菌门,分别占菌群的87%和10%；弱阳性组乳样中发现5种菌,其中优势菌种为变形菌门、拟杆菌门,分别占菌群的75%和16%；强阳性组乳样中发现4种菌,变形菌门和拟杆菌门为优势菌种,分别占菌群的74%和22%。在Family(科)分类水平上阴性组乳样共检测出6种菌,其中优势菌种为莫拉菌科,黄杆菌科,分别占菌群的81%、10%;弱阳性乳样中发现12种菌,其中优势菌为根瘤菌科、柄杆菌科、莫拉菌科、黄杆菌科,分别占菌群的31%、21%、18%和16%；强阳性组乳样检测出12种菌,其中优势菌种为莫拉菌科、黄杆菌科、根瘤菌科,分别占菌群的48%、21%和12%。组间比较,变形菌门比例在菌门水平上自阴性组到强阳性组逐渐下降：在菌纲水平上,r-变形菌纲比例自阴性组到强阳性显著下降,而平酸菌纲比例上升；在菌科水平上,与阴性组菌群相比,弱阳性与强阳性组的莫拉菌科比例显著下降,黄杆菌科比例略有升高,提示乳房菌群组成及其结构的变化对奶牛乳房炎的发生和发展可能有密切联系。
【关键词】：奶牛乳房炎 高通量测序 乳汁菌群
【学位授予单位】：内蒙古农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S858.23
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-9
• 缩略语表9-10
• 1 前言10-25
• 1.1 奶牛乳房炎的研究进展10-21
• 1.1.1 乳房炎的分类10-12
• 1.1.2 临床特征12
• 1.1.3 病因及发病机理12-14
• 1.1.4 奶牛乳房炎的发病规律14-15
• 1.1.5 诊断方法15-17
• 1.1.6 奶牛乳房炎的危害17-18
• 1.1.7 奶牛乳房炎的防治措施18-20
• 1.1.8 奶牛乳房炎的治疗措施20-21
• 1.1.9 奶牛乳房炎防治过程中存在的问题21
• 1.2 高通量测序技术及其应用现状21-24
• 1.2.1 高通量测序技术的环境微生物学中的应用21-22
• 1.2.2 高通量测序技术的细菌分类学中的应用22-24
• 1.3 研究目的和意义24-25
• 2 材料与方法25-27
• 2.1 试验材料25
• 2.1.1 试验动物25
• 2.1.2 主要试剂及耗材25
• 2.2 试验方法25-27
• 2.2.1 牧场的选定与试验动物的筛选及实验样品的收集25
• 2.2.2 实验动物的确定及分组25-26
• 2.2.3 高通量测序26-27
• 3 试验结果27-34
• 3.1 样本筛选结果27
• 3.2 乳样宏基因高通量测序结果27-34
• 3.2.1 在纲(CLASS)分类水平上的细菌组成和群落结构27-29
• 3.2.2 在门(Phylum)分类水平上的细菌组成和群落结构29-31
• 3.2.3 在科(Family)分类水平上的细菌组成和群落结构31-34
• 4 讨论34-36
• 5 结论36-37
• 致谢37-38
• 参考文献38-43
• 作者简介43

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7 马，

本文编号：1027441