利用宏基因组测序分析一起食蟹猴致死因素

发布时间：2017-10-18 08:24

  本文关键词：利用宏基因组测序分析一起食蟹猴致死因素

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【摘要】：为分析死亡食蟹猴脑组织菌群结构情况,初步探索细菌对食蟹猴的致死因素,本研究按照标准化操作流程收集死亡食蟹猴的大脑、小脑病理组织样本,提取样本中全部细菌总DNA,利用通用引物27F/338R PCR扩增细菌16S rDNA V1-V2高变区。扩增产物经高通量测序,并利用QIIME软件对测序数据进行生物信息学分析。结果显示,测序共生成238 Mbp原始数据,获得脑组织细菌的结构组成,其中优势菌门包括厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,优势菌科包括普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、鞘氨醇单胞菌科等,含量最高的细菌属为普雷沃菌属、螺旋体属、交替假单胞菌属等。本研究结果表明死亡食蟹猴的脑组织中含有多种细菌,可能会引起感染和炎症,结合病理学检查,提示食蟹猴脑组织病原菌感染可能与死亡的发生存在一定关联。
【作者单位】： 北京市理化分析测试中心;军事医学科学院微生物流行病研究所;北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心;军事医学科学院实验动物中心;
【关键词】： 食蟹猴 脑组织 菌群 宏基因组测序
【基金】：国家科技重大专项“十二五”实施计划(2013ZX10004-605、2013ZX10004-217、2013ZX10004-607、2011ZX10004-001) 国家高技术研究发展863计划(2014AA021402、2012AA022-003) 国家自然科学基金(81572045)
【分类号】：S858.9
【正文快照】： 常规的病原微生物检测手段主要为分离培养,只能针对已知的病原微生物进行检测,但99%的微生物在现有条件下无法分离培养[1]。宏基因组测序是一种不依赖培养,即可对环境样本中的总体微生物的核酸进行测序的方法,能够在复杂样本中鉴定细菌构成[2],从而避免了在培养过程中因污染所，

本文编号：1053951