运用比较基因组方法研究与猪经济性状相关的InDel

发布时间：2017-10-31 05:17

  本文关键词：运用比较基因组方法研究与猪经济性状相关的InDel

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【摘要】：猪的生产性能与人们的日常生活息息相关,因此,对猪的经济性状进行改良一直是实际生产和育种研究中所关注的重要课题。在本研究中,针对具有优秀抗逆性能的中国地方猪品种与生长速度具有优势的西方猪品种以这两大群体作为研究对象,从公开数据库中搜集、下载了66头猪的重测序数据,运用生物信息学方法,对中西方两大群体的猪进行了全基因组水平的比较分析。希望通过本次研究,在基因组水平上揭示造成中西方猪品种不同经济性状的遗传因素,找到导致中国地方猪品种与西方猪品种的表型差异背后的InDel变异,从而筛选一批出与猪的经济性状相关的InDel位点,最终为猪的经济性状改良提供新的分子标记。本研究的主要结果如下:1、在中国地方猪与西方国家猪这两大群体中,从全基因组水平上鉴定发现了200万个InDel突变。InDel在每条染色体上的分布较均匀;绝大多数的In Del为1~3个碱基的插入或缺失;碱基缺失变异(DEL)的数量比碱基插入变异(INS)的数量略多;2、结合基因组选择信号分析,筛选了一批中国地方猪品种与西方猪品种在基因组上由于经历了不同的人工选择而产生的InDel突变;3、在基因的编码区域,对有选择信号的且位于物种保守区域的In Del的相关基因做功能分析,发现这些移码突变的相关基因参与了动物的胚胎发育、生长体尺、免疫系统功能等重要的生物学过程;4、研究整合了ENCODE数据的信息,在基因的调控区发现了位于关键基因的重要的转录调控元件上的InDel突变。本研究初步获得了一批与猪的重要的经济性状相关,特别是与猪的生长及免疫表型有关的基因的InDel,为家猪的分子育种提供了有价值的参考。
【关键词】：InDel标记 品种差异 重测序 功能分析 ENCODE
【学位授予单位】：华中农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S828
【目录】：

• 摘要7-8
• ABSTRACT8-9
• 缩略词表（ABBREVIATIONS）9-10
• 1 前言10-21
• 1.1 研究问题的由来10-11
• 1.2 文献综述11-20
• 1.2.1 猪的驯化及中外猪品种的差异11-13
• 1.2.2 测序技术的发展及应用13-16
• 1.2.3 畜禽基因组的研究进展16-18
• 1.2.4 InDel的研究进展18-20
• 1.3 研究的目的与意义20-21
• 2 材料与方法21-33
• 2.1 本研究的技术路线21-22
• 2.2 材料22-27
• 2.2.1 数据来源22-25
• 2.2.2 主要数据库及分析软件25-27
• 2.3 方法27-33
• 2.3.1 数据的质量控制27-28
• 2.3.2 序列比对28-29
• 2.3.3 InDel鉴定29-32
• 2.3.4 选择信号分析32
• 2.3.5 基因功能分析32-33
• 3 结果33-43
• 3.1 品种信息33
• 3.2 InDel鉴定33-34
• 3.3 InDel统计分析34-36
• 3.4 InDel位点注释36-38
• 3.5 基因组选择信号与物种保守性分析38-40
• 3.6 基因编码区的移码突变40-41
• 3.7 非编码区InDel分析41-43
• 4 讨论43-46
• 4.1 InDel的鉴定43
• 4.2 InDel的染色体分布43-44
• 4.3 InDel的突变长度44-45
• 4.4 InDel的注释45
• 4.5 基因组选择区域和保守区的InDel45-46
• 5 小结46-48
• 5.1 本研究的主要结论46
• 5.2 本研究的创新点与特色46-47
• 5.3 本研究的不足及下一步工作的建议47-48
• 参考文献48-56
• 致谢56-57

【参考文献】

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1 仇雪梅,李宁,邓学梅,吴常信;影响动物肉质性状主要候选基因的研究进展[J];遗传;2002年05期

，

本文编号：1120957