利用单体型进行中国西门塔尔牛全基因组选择的初步研究

发布时间：2017-11-19 20:05

  本文关键词：利用单体型进行中国西门塔尔牛全基因组选择的初步研究

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【摘要】：全基因组选择就是利用覆盖全基因组范围内的标记进行标记辅助选择,结合表型和该个体的遗传标记信息进行基因组育种值估计,它能够进行个体早期选择,缩短世代间隔,降低育种成本。因此,全基因组选择已经成为世界各国育种工作者的研究热点。利用SNP标记进行基因组选择的前提是假设SNP与QTL之间存在连锁不平衡,而SNP间相互独立,逐一估计每个SNP的效应值再进行累加即可得到基因组育种值。但实际上,SNP之间也存在着广泛的连锁不平衡。因此,本研究将单体型引入到全基因组选择中。本研究中选取1141头来自内蒙古乌拉盖管理区的中国西门塔尔牛,均使用Illumina BovineHD芯片进行基因分型。利用质量控制后的501951个SNPs位点,根据不同的连锁不平衡阈值D’≥0.45,D’≥0.55,D’≥0.65,D’≥0.75构建肉牛基因组单体型块,探索适合中国西门塔尔牛群体的连锁不平衡阈值。通过单体型块结构构建单体型信息矩阵,利用GBLUP,BayesA和BayesCπ三种方法分别估计宰前活重、胴体重、屠宰率和净肉率的基因组育种值,比较基于单体型与基于单位点的育种值估计的准确性。结果显示,宰前活重、胴体重和屠宰率三个性状的结果呈一定规律性,对于GBLUP,BayesA和BayesCπ三种模型,均为当连锁不平衡阈值为D’≥0.55时,育种值估计的准确性最高。而对于净肉率性状来说,GBLUP方法利用SNP估计育种值准确性性最高;BayesA方法在阈值为D’≥0.55时,育种值估计的准确性最高;而BayesCπ方法则是在D’≥0.65时,育种值估计的准确性最高。利用单体型进行基因组选择,无论是在运算时间上与育种值估计准确性上,均有一定提高。在动物育种中,有较高的研究价值。
【学位授予单位】：中国农业科学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S823

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