西门塔尔牛饱和脂肪酸含量的低密度芯片基因组预测

发布时间：2017-12-08 21:35

  本文关键词：西门塔尔牛饱和脂肪酸含量的低密度芯片基因组预测

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【摘要】：旨在探索低密度芯片标记的筛选方法并评估不同低密度芯片的准确性。本研究采用BovineHD高密度芯片,检测西门塔尔牛基因组的SNP位点及其与饱和脂肪酸含量的关联性,根据P值或效应值筛选标记构成低密度芯片,使用IBS聚类分组和随机分组进行交叉验证,估计基因组育种值并评估其准确性。结果表明,在14号染色体的MYC基因附近有5个位点与饱和脂肪酸性状显著相关,可考虑作为西门塔尔牛脂肪酸含量的候选基因进行后续研究。根据P值筛选标记并使用IBS聚类分组进行交叉验证时,估计基因组育种值准确性最高,芯片密度达到7K时准确性趋于稳定。因此,本研究发现的标记位点可能对西门塔尔牛的脂肪酸含量存在一定影响,并且为低密度芯片标记位点的筛选提供参考资料。
【作者单位】： 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;吉林农业大学动物科技学院;内蒙古民族大学动物科学技术学院;河北农业大学动物科技学院;
【基金】：农业部专项(CARS-38) 国家自然科学基金(31372294) 中国农业科学院科技创新工程经费(cxgc-ias-03)
【分类号】：S823
【正文快照】： 近年来快速发展的高通量测序技术为基因组选择[1]提供了便利,基因组选择可以在畜禽出生前或者生长初期预测个体的育种值,有效缩短世代间隔[2-3]。但是,对于世代间隔过短且种用价值较低的畜禽,如猪、鸡、羊等,由于高密度基因分型成本较高,阻碍基因组选择的实施。因此,研究者提

【相似文献】

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1 齐欣;西门塔尔牛肉质性状低密度芯片的基因组选择[D];中国农业科学院;2015年

2 张静静;西门塔尔牛部分生长性状全基因组低密度芯片筛选[D];吉林农业大学;2015年

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本文编号：1267951