I.人类21号染色体已知基因序列多态研究及与灵长类动物基因序列比较 II.应用

发布时间：2016-10-21 18:37

  本文关键词：I.人类21号染色体已知基因序列多态研究及与灵长类动物基因序列比较 II.应用SNP寻找复杂疾病致病基因，环境因子敏感基因及HBV病毒株的研究，由笔耕文化传播整理发布。

《中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）》 2002年

I.人类21号染色体已知基因序列多态研究及与灵长类动物基因序列比较 II.应用SNP寻找复杂疾病致病基因，环境因子敏感基因及HBV病毒株的研究

施锦绣  

【摘要】： 单核苷酸碱基多态（single nucleotide polymorphism，SNP）是基因组序列中最为常见的遗传多态。在本论文中我们拟建立人类21号染色体中国人SNP数据目录和单倍型图谱，寻找人类与黑猩猩等灵长类动物的序列差异，并将SNP应用于复杂疾病（原发性高血压）致病基因的寻找，环境因子敏感基因（相同苯环境下更易引发苯中毒）的寻找和乙型肝炎（hepatitis B virus，HBV）病毒株的研究。 我们在31个汉族及一些少数民族个体，4个DNA样品池（南方汉族，北方汉族，高加索人和非洲黑人），以及灵长类动物（黑猩猩，大猩猩，长臂猿和猕猴）的DNA样本中检测了21号染色体上127个已知基因的调控区及编码区序列。在获得的711,283 碱基人类序列中，我们发现了1192个SNP；在人与黑猩猩399,264 碱基序列中，发现有3003个碱基差异，在编码区，调控区及编码区旁序列，人类与黑猩猩的差别分别是0.51%，0.88% 和0.85%。我们系统地提供了21号染色体上SNP的初步情况，包括SNP的分布，群体间差异等，并提出在复杂疾病的相关分析中，根据群体的特殊性来选择SNP是必要的。在人与黑猩猩等灵长类动物的比较中，则提示那些仅存在于人类的序列变化可能通过引起蛋白结构或表达的改变而形成人类特征，从而为我们更好了解人类自身提供了十分有用的信息并丰富了对人类进化的认识。 在48个位于隔离人群血压分布两端的样本中，我们对24个血压调节候选基因的调控区及编码区进行了SNP的检测。在124,421碱基序列中发现了286个SNP位点，其中有21个位点显示在高血压和低血压两群体间分布差异很大。在更多样本中对频率分布差异大的SNP进行分型，回归分析结果显示位于过氧化氢酶基因（catalase，CAT）和生长因子1（growth hormone，GH1）调控区的SNP位点与血压水平显著相关。以152名苯中毒工人作为病 WP=6 例组，152名从事接苯作业而没有苯中毒表现的工人为对照组，筛查了细胞色素氧化酶P450 2E1 （cytochrome P450 2E1，CYP2E1），髓性过氧化物酶（myeloperoxidase，，MPO）和还原型辅酶I醌类氧化还原酶（NAD(P)H：quinone oxidoreductase I，NQO1）基因的调控区及编码区，检测了胱甘肽硫转移酶M1和T1（glutathione-s-transferase M1，GSTM1；glutathione-s-transferase T1，GSTT1)的基因型。研究结果提示NQO1、CYP2E1、GSTT1代谢酶基因多态性和生活方式在苯中毒易感性机制中共同发挥作用。通过寻找西藏地区HBV病毒株S及C开放阅读框内的DNA变异，揭示存在于西藏地区的HBV是C/D重组型和C型，血清型为ayw2和adw，同时C基因处有两个位点可能与免疫失败相关联。

【关键词】：
【学位授予单位】：中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2002
【分类号】：Q987
【目录】：

中文摘要5-7

英文摘要7-9

第一部分 ――人类21号染色体已知基因序列多态研究及与灵长类动物基因序列比较9-88

第一章 引言10-20

1． 单核苷酸碱基多态10-16

2． 猿基因组16-19

3．21 号染色体介绍19-20

第二章 材料与方法20-30

1． 样本20-23

2． PCR测序方法寻找多态23-27

3． 数据分析27-30

第三章 结果与讨论30-67

1． 人类单核苷酸碱基多态30-53

2． 人与黑猩猩比较53-60

3． 人与黑猩猩及其它灵长类比较60-67

第四章 结论67-68

第五章 参考文献68-74

第六章 附录74-88

1．21 号染色体已知基因列表74-83

2． DNA样品池测序效果评估83-87

3． 实验误差统计87-88

第二部分 ――应用SNP寻找复杂疾病致病基因，环境因子敏感基因及分析乙型肝炎病毒基因型88-139

第一章 利用单核苷酸多态研究血压调控候选基因与原发性高血压的相关性89-102

第二章 基因CYP2E1，MPO，NQO1，GSTM1和GSTT1的遗传多态与慢性苯中毒易感性102-121

第三章 流行于西藏地区的HBV病毒株基因型、血清型分析及S、C基因的变异检测121-138

第四章 结论138-139

发表文章139-141

致谢141

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【引证文献】

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本文编号：148458