从江香猪DRD1基因多态及其生物信息学分析

发布时间：2018-02-28 00:34

  本文关键词： 从江香猪 DRD基因 多态性 生物信息学　出处：《基因组学与应用生物学》2017年02期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：为揭示猪DRD1基因多态性,本研究以从江香猪为研究对象,以外三元(杜×长×大)杂交猪及贵州宗地花猪为对照,采用DNA池和直接测序技术,筛查DRD1基因所有外显子区SNPs位点;利用生物信息学软件估算等位基因频率并预测SNPs位点对m RNA二级结构的影响。结果表明,在DRD1基因中共筛查到1个SNPs位点,位于5'UTR区为T-182G;从等位基因频率角度分析,从江香猪与贵州宗地花猪估算得到的等位基因频率较一致,与外三元(杜×长×大)杂交猪却存在较大差异;利用RNA secondary structure prediction软件预测,发现m RNA二级结构发生明显变化
[Abstract]:In order to reveal the polymorphism of porcine DRD1 gene, we used Congjiang Xiang pig as the research object, Waiyuan (du 脳 Chang 脳 Da) crossbred pig and Guizhou Zongdi Hua pig as control, using DNA pool and direct sequencing technique to screen SNPs loci in all exons of DRD1 gene. The allele frequency was estimated by bioinformatics software and the influence of SNPs locus on the secondary structure of m RNA was predicted. The results showed that one SNPs locus was screened out of the DRD1 gene, which was located at T-182G in the 5G UTR region. The frequency of alleles estimated in Congjiang Xiang pig and Guizhou Zongdihua pig was consistent, but there was a great difference between the two breeds, and the secondary structure of m RNA was obviously changed by using RNA secondary structure prediction software.
【作者单位】： 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学动物科学学院;贵州省生猪健康养殖工程技术研究中心;
【基金】：贵州省工程中心建设项目(黔科合农C字[2011]4022号) 贵州大学引进人才科研项目提高香猪产仔数及仔猪成活率关键技术研究与应用” 贵大人基合字2013(21)号共同资助
【分类号】：S828

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本文编号：1544994