乌珠穆沁绵羊MEF2B,RIPK2,CAMKMT基因多态性与生长性状的关联分析

发布时间：2018-04-01 15:49

本文选题：MEF2B　切入点：RIPK2　出处：《中国农业科学院》2016年硕士论文

【摘要】：前期全基因组关联分析(GWAS)结果显示,在全基因组水平上与断奶后日增重显著相关的SNP位点s58995.1位于MEF2B基因内,OAR9_91721507.1位点位于RIPK2基因内,OAR3_84073899.1位于CAMKMT基因内。本研究在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取30个绵羊血液DNA样本,以相同浓度组成混池DNA,设计引物对MEF2B、RIPK2、CAMKMT外显子及其上下游1000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。本研究通过使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析;采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型;使用Haploview软件对多态位点进行单倍型构建及连锁不平衡分析。使用SPSS(22.0)软件进行候选基因SNP位点与生长性状的关联分析。主要获得了以下结果:1.混池测序结果在MEF2B基因下游调控区发现一个SNP位点(rs417014745 AG),在RIPK2基因的第四外显子上发现一个同义突变rs160673968AG,在第七外显子上发现了一个错义突变rs417014745AG,在第十外显子处发现一个同义突变rs419478383CT,在上游调控区发现一个SNP位点g.5182GC,在CAMKMT基因共发现5个SNPs位点,其中,上游调控区发现突变rs405040355CA,在第五外显子处发现一个错义突变rs411221065GA,在第八外显子处发现一个错义突变rs162300069AG,在下游调控区发现两个SNPs位点rs404399494GA和rs418513655CG。2.候选基因与乌珠穆沁绵羊生长性状的关联分析MEF2B基因下游调控区G→A(rs417014745 AG)的突变位点与乌珠穆沁绵羊四月龄体重和胸围极显著相关(P0.01),与六月龄体重显著相关(P0.05)与六月龄胸围极显著相关(P0.01)。RIPK2基因的rs160673968AG位点杂合子AG基因型个体在四月龄体重和胸围上均显著优于其他两种基因型个体(P0.05)。在rs162034551TC位点错义突变上,突变型CC基因型个体在四月龄体重、体高、体斜长和胸围上显著优于其他两个基因型个体(P0.05)。g.5182GC突变位点GG基因型个体在四月龄体重和胸围上均显著高于其他两个基因型的个体(P0.05)。g.4456CT位点是GWAS得到的SNP位点,该位点CC基因型的个体在四月龄体重上与其他两个基因型的个体差异显著(P0.05)。CAMKMT基因的rs411221065GA位点GG和AA基因型个体与GA基因型的个体在六月龄胸围上差异显著(P0.05)。rs162300069AG位点与四月龄和六月龄的体重和胸围显著相关(P0.05)。rs404399494GA位点三个基因型个体在四月龄体重和胸围上差异显著(P0.05),在六月龄胸围上有显著差异(P0.05)。对于rs418513655CG位点,该位点三个基因型的个体在四月龄体重和胸围上有显著差异(P0.05),在六月龄体重、胸围和胸宽上有显著差异(P0.05)。对于rs420220919 AG位点,该位点AA基因型和AG、GG基因型的个体在四月龄体重上也有显著差异(P0.05)。3.合并基因型与乌珠穆沁绵羊生长性状的关联分析连锁不平衡分析结果显示,RIPK2基因中rs160673968AG与rs162034551TC之间强连锁,CAMKMT基因中rs162300069AG与rs420220919 AG之间强连锁。根据连锁不平衡分析结果,将rs160673968AG-rs162034551TC组合基因型与生长性状之间进行关联分析,结果发现:rs160673968AG-rs162034551TC位点在本试验中共有6种基因型组合,其中AATT基因型组合的个体数最多,GGCC基因型组合与AATT基因型组合的个体在四月龄体重和体高、六月龄体高和胸宽上差异显著(P0.05)。GGCC组合基因型个体的四月龄体重、六月龄体高上优于组合前GG基因型和CC基因型个体。CAMKMT基因的rs162300069AG-rs420220919 AG位点在群体中有7种基因型组合,其中GGAA基因型组合个体数最多,GGAA组合基因型个体在四月龄体重和胸围上与AAAA基因型个体差异极显著(P0.01)。在六月龄体重上,GGAA组合基因型个体与AAAA组合基因型个体之间差异达到显著水平(P0.05),在六月龄胸围上,差异达到极显著水平(P0.01)。4.生物信息学分析对RIPK2基因rs162034551TC突变位点前后进行初步生物信息学分析,结果表明:突变前后,m RNA的二级结构最小结构自由能由-435.80kcal/mol变为-436.90kcal/mol,结构稳定性增强。突变前后蛋白质二级结构比例并没有发生变化,α-螺旋的比例为36.25%,延伸链的比例为14.87%,β-折叠的比例为8.74%,无规卷曲的比例为40.15%对CAMKMT基因rs162300069AG突变位点前后进行初步生物信息学分析,结果表明:突变前后,m RNA的二级结构最小结构自由能由-294.50 kcal/mol变为-289.4 kcal/mol,结构稳定性降低。突变前后蛋白质二级结构比例并没有发生变化,α-螺旋的比例为49.38%,β-折叠比例为9.69%,无规卷曲的比例为22.81%,延伸链的比例为18.12%。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：中国农业科学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S826

【参考文献】