基于mtDNA D-loop区全序列的琅琊鸡遗传多样性和系统进化研究

发布时间：2018-07-13 09:33

【摘要】：为探讨琅琊鸡遗传多样性和系统进化,了解琅琊鸡母系起源,以30只琅琊鸡为素材,通过PCR扩增和测序技术,对mtDNA D-loop区全序列进行测序,并与GenBank中公布的D-loop区全序列的19条红色原鸡序列进行比对和分析。结果表明:琅琊鸡mtDNA D-loop区全长为1 231~1 232bp,1 231bp的个体在859bp处存在C碱基缺失;30只个体共发现25处单核苷酸多态位点,为13种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.006 47±0.005 13,单倍型多样度(Hd)为0.887±0.038,平均核苷酸差异(K)为7.968;系统发育分析显示,琅琊鸡具有多个母系起源,13种单倍型可分为A、B、C和E 4个分支,其中E分支为琅琊鸡的优势单倍型,与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)聚为一类。这一研究从分子水平为琅琊鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。
[Abstract]:In order to study the genetic diversity and phylogeny of Langya chicken and understand the origin of matrilineal line of Langya chicken, 30 Langya chickens were used as materials, and the whole sequence of mtDNA D-loop region was sequenced by PCR amplification and sequencing. The results were compared with 19 red primordial chicken sequences of D-loop region published in GenBank. The results showed that there were 25 single nucleotide polymorphic loci (13 haplotypes) in 30 individuals with mtDNA D-loop region of 1231 231bp at 859bp site. The nucleotide diversity (Pi) was 0.006 47 卤0.005 13, the haplotype diversity (HD) was 0.887 卤0.038, and the average nucleotide difference (K) was 7.96.The phylogenetic analysis showed that Langya chicken had 13 haplotypes of multiple maternal origin. Among them, the E branch is the dominant haplotype of Langya chicken, which is clustered with the original chicken subspecies (Gallus gallus murghi). This study provides a reference for the conservation, development and utilization of genetic resources of Langya chicken at molecular level.
【作者单位】： 江苏省家禽科学研究所;
【基金】：国家自然科学基金资助项目(31372277、31501917)
【分类号】：S831.2

【参考文献】

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