牛冠状病毒BCV-Aks-01新疆南疆株全基因组序列测定及其分子特征分析
发布时间：2019-07-31 07:53
【摘要】：为掌握牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)BCV-Aks-01新疆南疆株的全基因组序列、分子结构特征及遗传变异情况。本研究以新疆南疆某牛场BCV-Aks-01阳性样本为基础,以GenBank中BCoV参考株设计扩增引物和测序引物,提取样本中病毒核酸,对BCV-Aks-01株进行全基因组扩增、测序、构建系统发生树及序列分析。结果表明,BCV-Aks-01新疆南疆株为BCoV,其全基因组长为30 975bp,与GenBank收录的参考株比较,核苷酸同源性高达98.8%,属于β类冠状病毒2a亚类,具有β类冠状病毒共同结构特征。首次获得BCV-Aks-01新疆南疆株全基因组序列并阐明了其基因组分子结构特征。
【图文】：
ＢＣｏＶ型参考株（ＦＪ９３８０６４．１）全基因组比较，核苷酸同源性达到９８．８％。４冠状病毒基因型及系统发生树分析系统发生树（图１）分析：人冠状病毒２２９Ｅ（Ｈｕ－ｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ２２９Ｅ，ＨＣｏＶ－２２９Ｅ）、犬冠状病毒（Ｃａｎｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓｓｔｒａｉｎ，ＣＣｏＶ）、猫传染性腹膜炎病毒（Ｆｅｌｉｎｅｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓｐｅｒｉｔｏｎｉｔｉｓｖｉｒｕｓ，ＦＩＰＶ）、猪流行性腹泻病毒（ＰｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓＣＶ７７７，ＰＥＤＶ－ＣＶ７７７）、猪传染性胃肠炎病毒（ＴｒａｎｓｍｉｓｓｉｂｌｅｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｉｔｉｓｖｉｒｕｓｏｆｓｗｉｎｅＭｉｌｌ－ｅｒＭ６，ＴＧＥＶＭｉｌｌｅｒＭ６）、一些蝙蝠类冠状病毒如菊头蝠冠状病毒（ＲｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓｂａｔｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ２，ＢａｔＣｏＶ－ＨＫＵ２）、长翼蝠冠状病毒（Ｍｉｎ－ｉｏｐｔｅｒｕｓｂａｔｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ８，ＢａｔＣｏＶ－ＨＫＵ８）等位于同一进化分支上，属于α类冠状病毒；人冠状病毒（ＨｕｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＯＣ４３ｓｔｒａｉｎＡＴＣＣＶＲ－７５９，，ＨＣｏＶ－ＯＣ４３）、人冠状病毒中国香港１（ＨｕｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ１，ＨＣｏＶ－ＨＫＵ１）、牛冠状病毒（ＢｏｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＥ－ＡＨ１８７－ＴＣ，ＢＣｏＶ－Ｅ；Ｂｏ－ｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＥ－ＡＨ６５，ＢＣｏＶ－Ｅ－ＡＨ６５；ＢｏｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＲ－ＡＨ６５，ＢＣｏＶ－Ｒ－Ａ
ＢＣｏＶ型参考株（ＦＪ９３８０６４．１）全基因组比较，核苷酸同源性达到９８．８％。４冠状病毒基因型及系统发生树分析系统发生树（图１）分析：人冠状病毒２２９Ｅ（Ｈｕ－ｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ２２９Ｅ，ＨＣｏＶ－２２９Ｅ）、犬冠状病毒（Ｃａｎｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓｓｔｒａｉｎ，ＣＣｏＶ）、猫传染性腹膜炎病毒（Ｆｅｌｉｎｅｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓｐｅｒｉｔｏｎｉｔｉｓｖｉｒｕｓ，ＦＩＰＶ）、猪流行性腹泻病毒（ＰｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓＣＶ７７７，ＰＥＤＶ－ＣＶ７７７）、猪传染性胃肠炎病毒（ＴｒａｎｓｍｉｓｓｉｂｌｅｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｉｔｉｓｖｉｒｕｓｏｆｓｗｉｎｅＭｉｌｌ－ｅｒＭ６，ＴＧＥＶＭｉｌｌｅｒＭ６）、一些蝙蝠类冠状病毒如菊头蝠冠状病毒（ＲｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓｂａｔｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ２，ＢａｔＣｏＶ－ＨＫＵ２）、长翼蝠冠状病毒（Ｍｉｎ－ｉｏｐｔｅｒｕｓｂａｔｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ８，ＢａｔＣｏＶ－ＨＫＵ８）等位于同一进化分支上，属于α类冠状病毒；人冠状病毒（ＨｕｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＯＣ４３ｓｔｒａｉｎＡＴＣＣＶＲ－７５９，ＨＣｏＶ－ＯＣ４３）、人冠状病毒中国香港１（ＨｕｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ１，ＨＣｏＶ－ＨＫＵ１）、牛冠状病毒（ＢｏｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＥ－ＡＨ１８７－ＴＣ，ＢＣｏＶ－Ｅ；Ｂｏ－ｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＥ－ＡＨ６５，ＢＣｏＶ－Ｅ－ＡＨ６５；ＢｏｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＲ－ＡＨ６５，ＢＣｏＶ－Ｒ－Ａ
【作者单位】： 塔里木大学生命科学学院;新疆生产建设兵团第一师畜牧兽医工作站;塔里木大学动物科学学院;
【基金】：新疆生产建设兵团科技局现代农业科技攻关与成果转化资助(项目号:2016AC012),题目:规模化奶牛场犊牛主要呼吸道疫病流行病学调查及控制技术集成;新疆生产建设兵团第一师科技局资助项目(项目号:2016XS03),题目:第一师规模化奶牛场犊牛腹泻的流行病学调查及防控技术研究~~
【分类号】：S852.65
本文编号：2521200
【图文】：
ＢＣｏＶ型参考株（ＦＪ９３８０６４．１）全基因组比较，核苷酸同源性达到９８．８％。４冠状病毒基因型及系统发生树分析系统发生树（图１）分析：人冠状病毒２２９Ｅ（Ｈｕ－ｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ２２９Ｅ，ＨＣｏＶ－２２９Ｅ）、犬冠状病毒（Ｃａｎｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓｓｔｒａｉｎ，ＣＣｏＶ）、猫传染性腹膜炎病毒（Ｆｅｌｉｎｅｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓｐｅｒｉｔｏｎｉｔｉｓｖｉｒｕｓ，ＦＩＰＶ）、猪流行性腹泻病毒（ＰｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓＣＶ７７７，ＰＥＤＶ－ＣＶ７７７）、猪传染性胃肠炎病毒（ＴｒａｎｓｍｉｓｓｉｂｌｅｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｉｔｉｓｖｉｒｕｓｏｆｓｗｉｎｅＭｉｌｌ－ｅｒＭ６，ＴＧＥＶＭｉｌｌｅｒＭ６）、一些蝙蝠类冠状病毒如菊头蝠冠状病毒（ＲｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓｂａｔｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ２，ＢａｔＣｏＶ－ＨＫＵ２）、长翼蝠冠状病毒（Ｍｉｎ－ｉｏｐｔｅｒｕｓｂａｔｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ８，ＢａｔＣｏＶ－ＨＫＵ８）等位于同一进化分支上，属于α类冠状病毒；人冠状病毒（ＨｕｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＯＣ４３ｓｔｒａｉｎＡＴＣＣＶＲ－７５９，，ＨＣｏＶ－ＯＣ４３）、人冠状病毒中国香港１（ＨｕｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ１，ＨＣｏＶ－ＨＫＵ１）、牛冠状病毒（ＢｏｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＥ－ＡＨ１８７－ＴＣ，ＢＣｏＶ－Ｅ；Ｂｏ－ｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＥ－ＡＨ６５，ＢＣｏＶ－Ｅ－ＡＨ６５；ＢｏｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＲ－ＡＨ６５，ＢＣｏＶ－Ｒ－Ａ
ＢＣｏＶ型参考株（ＦＪ９３８０６４．１）全基因组比较，核苷酸同源性达到９８．８％。４冠状病毒基因型及系统发生树分析系统发生树（图１）分析：人冠状病毒２２９Ｅ（Ｈｕ－ｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ２２９Ｅ，ＨＣｏＶ－２２９Ｅ）、犬冠状病毒（Ｃａｎｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓｓｔｒａｉｎ，ＣＣｏＶ）、猫传染性腹膜炎病毒（Ｆｅｌｉｎｅｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓｐｅｒｉｔｏｎｉｔｉｓｖｉｒｕｓ，ＦＩＰＶ）、猪流行性腹泻病毒（ＰｏｒｃｉｎｅｅｐｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｒｕｓＣＶ７７７，ＰＥＤＶ－ＣＶ７７７）、猪传染性胃肠炎病毒（ＴｒａｎｓｍｉｓｓｉｂｌｅｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｉｔｉｓｖｉｒｕｓｏｆｓｗｉｎｅＭｉｌｌ－ｅｒＭ６，ＴＧＥＶＭｉｌｌｅｒＭ６）、一些蝙蝠类冠状病毒如菊头蝠冠状病毒（ＲｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓｂａｔｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ２，ＢａｔＣｏＶ－ＨＫＵ２）、长翼蝠冠状病毒（Ｍｉｎ－ｉｏｐｔｅｒｕｓｂａｔｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ８，ＢａｔＣｏＶ－ＨＫＵ８）等位于同一进化分支上，属于α类冠状病毒；人冠状病毒（ＨｕｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＯＣ４３ｓｔｒａｉｎＡＴＣＣＶＲ－７５９，ＨＣｏＶ－ＯＣ４３）、人冠状病毒中国香港１（ＨｕｍａｎｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＨＫＵ１，ＨＣｏＶ－ＨＫＵ１）、牛冠状病毒（ＢｏｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＥ－ＡＨ１８７－ＴＣ，ＢＣｏＶ－Ｅ；Ｂｏ－ｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＥ－ＡＨ６５，ＢＣｏＶ－Ｅ－ＡＨ６５；ＢｏｖｉｎｅｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓＲ－ＡＨ６５，ＢＣｏＶ－Ｒ－Ａ
【作者单位】： 塔里木大学生命科学学院;新疆生产建设兵团第一师畜牧兽医工作站;塔里木大学动物科学学院;
【基金】：新疆生产建设兵团科技局现代农业科技攻关与成果转化资助(项目号:2016AC012),题目:规模化奶牛场犊牛主要呼吸道疫病流行病学调查及控制技术集成;新疆生产建设兵团第一师科技局资助项目(项目号:2016XS03),题目:第一师规模化奶牛场犊牛腹泻的流行病学调查及防控技术研究~~
【分类号】：S852.65
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本文编号：2521200
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