内蒙古绒山羊皮肤KRTAPs表达谱与日照时长的相关性

发布时间：2019-10-03 13:03

【摘要】：【目的】研究绒山羊皮肤部分角蛋白关联蛋白(keratin-associated protein,KRTAPs)基因的表达谱及其与全年日照变化规律间的相关性。【方法】以3只周岁阿尔巴斯型内蒙古绒山羊体侧皮肤为样本,进行高通量转录组测序(RNA-Seq),对获得的部分KRTAPs基因一年内不同月份间的转录本进行表达丰度分析,并结合当地全年日照变化规律与RT-PCR试验方法,验证KRTAP24-1、KRTAP3-1、KRTAP8-1在关键节点月份的表达谱,确定全年皮肤KRTAPs表达丰度变化与日照变化规律间的相关性。【结果】Illumina solexa高通量转录组测序表明,内蒙古绒山羊全年皮肤部分KRTAPs基因的表达具有规律性差异。RT-PCR试验验证表明,部分基因表达谱与测序表达丰度具有一致性,并且基因差异变化规律与全年日照时长的变化具有相关性。【结论】全年日照时长由长变短(夏-冬)时皮肤KRTAPs表达丰度上调,日照时长由短变长(冬-夏)时皮肤KRTAPs表达丰度下调。
【图文】：

皮肤,琼脂糖凝胶电泳,样本

运用ＳＰＳＳ１７．０软件，对３个ＫＲＴＡＰｓ基因在阿尔巴斯型绒山羊皮肤１年周期内的相对表达量进行统计与分析，采用ＬＳＤ法和Ｄｕｎｃａｎｓ法对３个ＫＲＴＡＰｓ基因在不同月份的相对表达量的差异进行检验，所得结果均表示为“平均值±标准差”，并分析相对表达量与日照时数间的关系。２结果与分析２．１皮肤总ＲＮＡ提取质量的检测ＲＮＡ提取结果的好坏是高通量转录组测序文库构建以及实时荧光定量ＰＣＲ成败的关键因素。本研究总ＲＮＡ电泳检测结果（图１）显示，在阿尔巴斯型绒山羊各个月份皮肤组织样本的ＲＮＡ中均可见３条清晰的条带，分别为２８ＳｒＲＮＡ、１８ＳｒＲＮＡ和５ＳｒＲＮＡ，２８ＳｒＲＮＡ条带亮度与１８ＳｒＲＮＡ亮度比值大于３∶１，表明提取的皮肤总ＲＮＡ未出现降解；总ＲＮＡ超微量紫外可见分光光度计定量结果显示，ＯＤ２６０／ＯＤ２８０值均在１．８０～２．１１，，说明提取的总ＲＮＡ纯度较高。采取Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ２１００模拟电泳对所提取的总ＲＮＡ进行质量评估，结果（图２）表明，２８ＳｒＲＮＡ和１８ＳｒＲＮＡ条带荧光信号强烈。说明所提取的总ＲＮＡ样本质量较高，可以进行后续的ｃＤＮＡ文库构建、转录组测序和荧光定量ＰＣＲ试验。１～１２表示１－１２月皮肤样本的ＲＮＡ１－１２ａｒｅｓｋｉｎＲＮＡｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｍｏｎｔｈ图１内蒙古绒山羊皮肤ＲＮＡ琼脂糖凝胶电泳分析Ｆｉｇ．１ＳｋｉｎＲＮＡＡｇａｒｏｓｅｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓｏｆＩｎｎｅｒＭｏｎｇｏｌｉａｃａｓｈｍｅｒｅｇｏａ

电泳图,皮肤,电泳,角蛋白

ＮＡ进行质量评估，结果（图２）表明，２８ＳｒＲＮＡ和１８ＳｒＲＮＡ条带荧光信号强烈。说明所提取的总ＲＮＡ样本质量较高，可以进行后续的ｃＤＮＡ文库构建、转录组测序和荧光定量ＰＣＲ试验。１～１２表示１－１２月皮肤样本的ＲＮＡ１－１２ａｒｅｓｋｉｎＲＮＡｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｍｏｎｔｈ图１内蒙古绒山羊皮肤ＲＮＡ琼脂糖凝胶电泳分析Ｆｉｇ．１ＳｋｉｎＲＮＡＡｇａｒｏｓｅｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓｏｆＩｎｎｅｒＭｏｎｇｏｌｉａｃａｓｈｍｅｒｅｇｏａｔ图２内蒙古绒山羊皮肤ＲＮＡ的模拟电泳Ｆｉｇ．２ＡｎａｌｏｇｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓｏｆＩｎｎｅｒＭｏｎｇｏｌｉａｃａｓｈｍｅｒｅｇｏａｔｓｋｉｎＲＮＡ２．２绒山羊皮肤转录组部分ＫＲＴＡＰｓ差异表达丰度与日照时长的规律用Ｉｌｌｕｍｉｎａｓｏｌｅｘａ高通量测序技术对绒山羊皮肤ｃＤＮＡ文库进行高通量测序，所得原始数据经除杂和质量控制后进行拼接，得到５５５４１个转录本基因。将拼接结果进行注释，从注释结果中筛选出角蛋白及角蛋白关联蛋白基因相关数据进行统计分析，共得到角蛋白基因和角蛋白关联蛋白基因转录本基因１１６条，其中注释到角蛋白的基因有７７个，注释到角蛋白关联蛋白的基因有１７个，分别是ＫＲＴＡＰ１０、ＫＲＴＡＰ９、ＫＲＴＡＰ１２－２、ＫＲＴＡＰ１１－１、ＫＲＴＡＰ１５－１、ＫＲＴＡＰ２６－１、ＫＲＴＡＰ２７－１、ＫＲＴＡＰ２９－１、ＫＲＴＡＰ４、ＫＲＴＡＰ８－１、ＫＲＴＡＰ１６－１、ＫＲＴＡＰ２４－１、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＲＴＡＰ８－２、ＫＲＴＡＰ
【作者单位】：内蒙古农业大学动物科学学院;内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室;
【基金】：国家自然科学基金项目(31360537,31272421) 国家“863”计划项目(2013AA102506)
【分类号】：S827

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