绵羊臂二头肌转录组新转录本及新长非编码RNA的鉴别与验证

发布时间：2019-11-16 02:20

【摘要】：近年来,全转录组高通量测序技术(RNA-seq)技术被广泛应用于绵羊的功能基因组学研究当中。转录组高通量测序技术能够快速全面的获得特定组织处于某个状态下的几乎所有转录本,该技术的这一特点使得我们能够发现组织中未经注释的新转录本,进而鉴别出新的基因信息。本研究采用生物信息学技术和半定量RT-PCR技术,对小尾寒羊和杜泊羊的臂二头肌转录组文库中的新转录本及新长非编码RNA进行了发掘、鉴别和验证。取得研究结果如下:(1)在两个转录组文库间,发现了共同表达的转录本40129条,并从中识别出在现有绵羊参考基因组中无注释信息的新转录本5553条。(2)对新转录本进行序列同源性比对分析和人工筛选鉴别,从中鉴别出分属473个已注释基因的634条新转录本,分属27个新基因的49条新转录本,分属88个长非编码RNA位点的100条新转录本,分属4个假基因的4条新转录本,以及分属27个未知蛋白位点的30条新转录本。(3)通过对未能获得鉴别,且编码潜能预测结果为非编码的新转录本进行进一步分析,从中预测出分属于2282个位点的2312条高可信度长非编码RNA转录本。并为其中620条长非编码RNA预测了547个互作基因,通过对互作基因的注释预测了长非编码RNA的功能,从中揭示出113条可能与骨骼肌生长发育相关的长非编码RNA。。(4)从获得鉴别结果的新转录本与长非编码RNA中选择15条进行克隆测序,并利用测序结果验证外显子结构,结果13条转录本克隆并检验成功。使用半定量RT-PCR对12条新转录本与长非编码RNA进行组织间表达分析,发现其在不同组织间存在差异表达,并发现部分新转录本在骨骼肌或其他组织中特异性表达。综上所述,本研究借助生物信息学技术和分子生物学实验技术,从小尾寒羊和杜泊羊的臂二头肌转录组文库中成功发掘并鉴别了一批新转录本,从中注释了一批新基因,预测出一批新长非编码RNA,并进而对鉴别和预测结果进行了试验验证。本研究为绵羊基因组提供了补充性的注释信息,也为下一步开展对骨骼肌中转录调控机制的研究建立了基础。
【学位授予单位】：山东农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S826

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本文编号：2561610