高邮鸭VLDLR基因的序列分析及其多态性与生长和屠宰性状的相关性研究

发布时间：2020-01-27 09:10

【摘要】：极低密度脂蛋白受体(Very low density lipoprotein receptor, VLDLR)是低密度脂蛋白受体(Low density lipoprotein receptor, LDLR)家族的一员,能以高亲和力结合富含ApoE的脂蛋白参与甘油三脂的代谢。VLDLR广泛分布在心脏、骨骼肌、脂肪组织和脑等机体组织,但是在肝脏中表达较少。本实验首先对高邮鸭VLDLR基因进行了克隆测序,并利用生物信息学方法对该基因的分子特征和结构进行了分析和预测；然后对VLDLR基因序列进行多态性与生长及屠宰性状的相关性分析,为高邮鸭的分子育种奠定理论和实践基础。1高邮鸭VLDLR基因的克隆及序列分析为探讨高邮鸭VLDLR基因的生物信息学功能,本研究采用RT-PCR方法克隆高邮鸭肌肉组织中VLDLR基因的编码区序列,并对其核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了分析。结果表明：高邮鸭VLDLR基因的编码区含有2244个核苷酸,编码747个氨基酸,Genbank登录号为KP335149；高邮鸭与杂交鸭、鸡、牛、人、小鼠、家兔、大鼠、野猪、斑马鱼的VLDLR基因编码区核苷酸序列的同源性分别为90.9%、84.5%、71.3%、73.3%、71.8%、72.1%、72.1%、71.7%、63.2%,高邮鸭VLDLR基因编码的氨基酸序列与杂交鸭、鸡、牛、人、小鼠、家兔、大鼠、野猪、斑马鱼的同源性分别为93.7%、92.5%、77.9%、78.1%、78.7%、78.1%、77.9%、78.5%、65.9%。高邮鸭VLDLR蛋白质是一个亲水性跨膜蛋白,其二级结构由α螺旋、β转角和无规则卷曲构成,在其胞外区有3个N-糖基化位点和8个O-糖基化位点。信号肽分析表明,VLDLR蛋白为分泌性蛋白,最有可能的切割位点位于第36位和37位氨基酸之间。本研究为进一步研究鸭VLDLR基因表达、生物学活性和应用奠定基础。2高邮鸭VLDLR基因的多态性及其与生长和屠宰性状的关联分析为研究VLDLR基因多态性对高邮鸭生长发育和屠宰性状的遗传效应,本实验以280只高邮鸭为实验材料,采用DNA测序技术对VLDLR基因进行多态性检测,共筛选出8个SNPs位点g.167GA, g.231CT, g.243GA, g.356-357 insCT, g.359delT, g.498CT,g.563-564 insGA和g.631 GA,其中g.231 CT和g.243GA位点位于编码区内,为同义突变,不引起氨基酸的改变。遗传多态性分析结果表明：公鸭的g.231CT.g.356-357 insCT以及母鸭的g.631GA位点为低度多态(PIC0.25),其余位点均表现为中度多态(0.25PIC0.5)；x2适合性检验显示,g.498CT和g.631GA显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.05),而其它SNP位点服从Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。基于这8个SNPs位点,采用Phase软件共组建了8个单倍型,其中H1单倍型在公母两个群体中所占比例最高,均大于50%。最小二乘分析结果表明,公鸭群体中,H1H2组合的3～10周龄重、屠体重、半净膛重、全净膛重、肝重、腹脂重、半净膛率、全净膛率及腹脂率最高,H2H4组合最低；母鸭群体中,H3H4组合的3-7周龄重、屠体重、半净膛重和全净膛重最高,HIH2组合的9-10周龄重、肝重、腹脂重和腹脂率最高,H6H6组合最低。结果表明,VLDLR基因对高邮鸭生长发育和脂肪沉积起着重要作用,这是VLDLR基因作为影响鸭生长及屠宰性状候选基因进行的首次研究。
【图文】：

外显子,受体,小脑,小鼠大脑

Ｊｏｋｉｎｅｎ等人在大脑的特定部位发现缺少了由第４外显子编码的ＶＩＸ＞ＬＲ－ｍ型受体ＰＧ］；邋２００４逡逑年，Ｖｅｒｄａｇｕｅｒ研究报道称ＩＩＩ型受体可Ｗ与鼻病毒结合ＰＵ。同时，在小鼠脑部区域还发现逡逑了缺少第４外显子和１６外显子编码的ＶＬＤＬＲ－ＩＶ型受体（图２）。逡逑Ｋｅｉｋ0Ｐ２峰对不同类型受体与脂蛋白结合能力，Ｗ及ｍＲＮＡ在人类小脑和小鼠大脑的逡逑表达分析显示：ＩＩＩ型受体结合Ｐ－ＶＬＤＬ的能力最强；在人的小脑部，ＩＩ型受体含量最多，逡逑其次是ＩＶ型，而Ｉ型则处于较低水平；在小鼠大脑的不同区域，ＶＬＤＬＲ缺少第４外盘子逡逑大约在３０％？４７％之间，缺少第１６外显子大约是５１％？７６％。更重要的是，在小鼠小脑和逡逑大脑皮层发现了更高层次的ＶＬＤＬＲ，，在初级神经细胞内可频繁的发现缺少了第４和第逡逑１６外显子的ＶＬＤＬＲ，表明在神经细胞中ＩＶ型受体的表达相当丰富；相反，在星形胶质细逡逑

分析结果图,高邮鸭,糖基化位点,蛋白

逦７００逡逑Ｐｏｓｉｔｉｏｎ逡逑图１－５高邮鸭ＶＬＤＬＲ蛋白的疏水性分析结果逡逑Ｆｉｇ．１－５邋Ｐｒｅ出ｃｔｉｏｎ邋ｒｅｓ山ｔ邋ｏｆ邋ｈｙｄｒｏｐｒｏｂｉｌｉ巧邋ｏｆ邋Ｇａｏｙｏｕ邋ｄｕｃｋ邋ＶＬＤＬＲ邋ｐｒｏ化ｉｎ逡逑３．５．５糖基化位点预测逡逑
【学位授予单位】：扬州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S834

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