Fbxl5和Myf6基因的多态性与京海黄鸡生长、繁殖性能的关联分析及表达规律研究

发布时间：2020-07-16 07:30

【摘要】：本试验采用PCR-SSCP技术检测了京海黄鸡中_Ffbxl5(F-box and lecucine-rich repeat protein5)基因以及Myf6(myogenicfactor6)基因的多态性,并且运用一般线性模型与京海黄鸡的经济性状进行相关联分析,旨在探讨这两个候选基因影响生长、繁殖性状的分子机理;同时,我们利用实时荧光定量PCR技术研究两个候选基因在京海黄鸡和金茅黄鸡公母鸡的不同组织的表达谱,以及不同生长时期的表达规律。主要研究结果如下:1.以Fbxl5基因为候选基因,对该基因CDS区进行了单核苷酸多态性检测。结果表明:试验共发现了四个突变位点,其中T14286C位于外显子3上,T14291C位于内含子3上,T15780C位于外显子4上,G19048A位于外显子5上,除了 T14286C突变造成了编码氨基酸从亮氨酸变成脯氨酸,是非同义突变外,其余位点均未造成编码氨基酸的改变,属于同义突变。我们利用PHASE2.1软件对该基因检测到的4个突变位点进行单倍型分析,发现在京海黄鸡12世代核心群母鸡群体中,这4个突变位点形成了 8种单倍型。与生长性状关联分析的结果表明,单倍型组合H1H8型个体的各周龄体重均高于其他单倍型组合个体,为优势单倍型组合,并且单倍型组合H1H8型个体和H3H8型个体在0、12、14、16周龄体重方面显著或极显著高于其他单倍型组合(P0.05或P0.01)。繁殖性状关联分析结果表明:单倍型组合H9H11的开产日龄均值是所有单倍型组合中均值最大的组合,且极显著大于H1H1、H1H3、H1H4、H1H8、H1H9组合(P0.01);单倍型组合H1H2是开产体重最大的组合,且单倍型组合H1H2、H1H3、H1H4、H1H8均显著高于H8H9、H9H9组合(P0.05);单倍型组合H2H4是开产蛋重最大的组合,单倍型组合H4H9是开产蛋重最低组合;单倍型组合H1H2是300日龄体重最高组合,且H1H2、H1H3、H1H8组合极显著高于H8H9组合(P0.01);单倍型组合H9H11是300日龄平均蛋重最高组合,除单倍型组合H2H4、H9H9之外,其余组合均有极显著或者显著差异(P0.05或P00.01);单倍型组合H1H4是300日龄产蛋数数量最高组合,单倍型组合H1H3、H1H4均显著高于H3H8 组合(P0.01)。2.以Myf6基因为候选基因,对该基因CDS区进行了单核苷酸多态性检测。结果表明:试验在外显子1中共发现了一个变异位点T586C,经检测,在此位点上形成了三种基因型,分别为HH、Hh、hh,此处的突变导致其编码的氨基酸由丙氨酸突变成天冬氨酸,属于非同义突变。运用SPSS软件将Myf6开基因在外显子1中所形成的突变位点与生长性状进行关联性分析,由结果可知,HH、Hh、hh三种基因型个体在0周、2周、4周、6周龄的体重无显著差异(P0.05),但在8周、10周、12周、14周、16周龄上,Hh基因型个体体重极显著高于HH基因型个体(P0.01)。繁殖性状关联性分析结果表明,在开产蛋重上,基因型hh个体显著高于HH个体(P0.05),除了开产日龄,在其余性状上,三种基因型个体的性状虽无显著差异(P0.05),但Hh基因型个体均优于其他两种基因型个体。3.对两个候选基因的表达谱和表达规律进行的研究,发现在两个鸡种上,候选基因在胸肌、腿肌上均高表达;Fbxl5基因的表达规律结果表明:在金茅黄鸡公母鸡、京海黄鸡公鸡上,候选基因的表达量在出雏期为最高,之后均是先大幅下降然后有少量回升,而在京海黄鸡母鸡上,其表达量为先持续上升然后大幅下降。Myf6基因的表达趋势较为稳定,在两个品种的鸡上,表达趋势总体上均为上升趋势,并在16周龄时达到最高,两个鸡种的表达规律表明,Myf6基因在不同品种、不同时间段上、胸肌的表达量始终高于腿肌。
【学位授予单位】：扬州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S831
【图文】：

电泳图,引物,鸡血,聚丙烯酰胺凝胶电泳

｜ｉ２，２－１。结果表明，ＤＮＡ条带清晰可见，且无明显符合生物学试验要求。逡逑Ｍａｒｋｅｒ邋１２逦３逦４逦５逡逑灥逡逑图２－１鸡血液提取基因组ＤＮＡ电泳图逡逑ｉｇ．２－１邋Ｇｅｎｏｍｉｃ邋ＤＮＡ邋ｉｓｏｌａｔｅｄ邋ｆｒｏｍ邋ｃｈｉｃｋｅｎ邋ｂｌｏｏｄ逡逑果检测逡逑一对引物，经检测，特异性好，且扩增效果良好，可见。聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其引物的扩增ＰＭａｒｋｅｒ逦Ｍａｒｋｅｒ逡逑

电泳图,电泳图,等位基因,基因型

图２－４突变位点的序列比较逡逑Ｆｉｇ．２－４邋Ｓｅｑｕｅｎｃｅ邋ａｌｉｇｎｍｅｎｔ邋ｏｆ邋ｖａｒｉａｂｌｅ邋ｓｉｔｅ逡逑突变位点的等位基因和基因型频率逡逑该基因第１４５６１邋ｂｐ处的突变位点ｒｓ３１６２４４７６７所形成的３种基因型进行群体析，分别计算各基因型各等位基因频率，并对结果进行卡方检测（见表２－２）检测出３种基因型，等位基因Ａ为优势等位基因，等位基因频率为０．６９７，型的基因频率分别是０．５６０、０．２７５，杂合子Ａａ的基因频率为０．１６５。对突变样性分析结果显示，京海黄鸡３６３只母鸡群体中突变位点杂合度为０．４６０，邋Ｐ卡方检测结果显示在这个群体中，突变位点偏离哈代－温伯格平衡定律。逡逑

电泳图,基因型频率,等位基因,序列比较

逡逑＿＿＿＿逡逑图２－３突变位点的不同基因型电泳图逡逑Ｆｉｇ．２－３邋ＰＣＲ－ＳＳＣＰ邋ｅｌｅｃｔｒｏｐＨｏｒｅｓｉｓ邋ｏｆ邋ｖａｒｉａｂｌｅ邋ｓｉｔｅ逡逑ＡＡ逦ａａ逦Ａａ逡逑ｉ逦Ｉ逦Ｉ逡逑ａｇｔａｃ邋ａ邋ｔ邋ｔ邋ａ邋Ｃ逦Ａ邋ｇ邋ｔａｃ逡逑ｆ逦ｔ逦ｆ逡逑１４５６１ｂｐ逦１４５６１ｂｐ逦１４５６１ｂｐ逡逑Ａ邋Ａ逡逑（＼逦（＼ａａ／Ｖ＼逡逑图２－４突变位点的序列比较逡逑Ｆｉｇ．２－４邋Ｓｅｑｕｅｎｃｅ邋ａｌｉｇｎｍｅｎｔ邋ｏｆ邋ｖａｒｉａｂｌｅ邋ｓｉｔｅ逡逑３．２．２突变位点的等位基因和基因型频率逡逑对该基因第１４５６１邋ｂｐ处的突变位点ｒｓ３１６２４４７６７所形成的３种基因型进行群体遗传学逡逑突变分析，分别计算各基因型各等位基因频率，并对结果进行卡方检测（见表２－２），在该逡逑群体中检测出３种基因型，等位基因Ａ为优势等位基因，等位基因频率为０．６９７，纯合子逡逑ＡＡ、ａａ型的基因频率分别是０．５６０、０．２７５，杂合子Ａａ的基因频率为０．１６５。对突变位点的逡逑遗传多样性分析结果显示，京海黄鸡３６３只母鸡群体中突变位点杂合度为０．４６０，邋ＰＩＣ值为逡逑０．３５４。卡方检测结果显示在这个群体中，突变位点偏离哈代－温伯格平衡定律。逡逑

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