奶山羊子宫内膜容受前期和容受期全基因组甲基化差异分析

发布时间：2020-08-06 08:29

【摘要】：本研究通过对山羊子宫内膜样品进行全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和生物信息学分析,研究了山羊子宫内膜容受期的全基因组DNA甲基化图谱。获得163.06 Gb的测序数据,平均每个样品81.53 Gb。分析发现在子宫内膜容受前期(PE:妊娠第5天)和容受期(RE:妊娠第15天)中全基因组DNA甲基化存在显著差异。主要研究结果如下:1.与PE组相比,在RE组中有高达16467个差异甲基化区域(DMRs)的甲基化程度较高;21391个DMRs的甲基化程度较低(p≤0.05和log2(倍数变化)≥2)。2.与PE组相比,RE组IGF2BP2,ACOX2,PTGDS,VEGFB和PTGDR2基因的甲基化率显著降低(p≤0.05和log2(倍数变化)≥2),IGFBP3和IGF1R基因的甲基化率显著增加(p≤0.05和log2(倍数变化)≥2)。3.KEGG分析结果表明,这些基因参与了胰岛素、丝裂原活化蛋白激酶、促性腺激素释放激素、血管内皮生长因子和孕酮介导的卵母细胞成熟的信号传导途径,而这些信号转导通路参与调节山羊子宫内膜的容受性。综上所述,本研究分析了奶山羊妊娠期第5天和15天子宫内膜全基因组DNA甲基化模式,结果表明:IGF2BP2,PTGDS,VEGFB,PGR,IGFBP3和IGF1R基因可能在调节子宫内膜容受性方面具有潜在的应用价值。
【学位授予单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S827
【图文】：

BSgenome1.38 package 中的 Bowtie 程序，每个库中唯一的有效数据（unique clean data）被映射到山羊的参考基因组。在 PE 组中，唯一映射数据 C->T 和 G->A 总计为 154405284和 154345416 个，此外，在 RE 组中的数据为 171533942 和 171693636 个。这两个文库的映射效率分别为 66.60% (PE)和 68.60% (RE)。表 2-2 和表 2-3 显示了 WGBS reads 在不同染色体区域的分布（1-29 号染色体和 X 染色体）。WGBS 在不同基因组区域的分布代表了全基因组的甲基化模式。我们分别分析了启动子、外显子和内含子的甲基化水平（图 2-1）。从而观察到 CG 甲基化优先发生在基因体（gene body）区域，而不是侧翼区域，这与之前对其他动物的研究结果相似(Huang et al., 2013)。在 TSS 和转录终止位点附近，CG、CHG 和 CHH 的 DNA 甲基化程度较低，但离开这些位点后，甲基化程度逐渐升高。此外，我们还发现在启动子区域的甲基化水平相对较低，这是为了保证启动子区域功能的正常行使。而相比之下，内含子表现出相对较高的甲基化水平以防止内含子序列的异常转录。

DMGs的KEGG途径分析

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本文编号：2782119