不同毒力副猪嗜血杆菌转录组测序及毒力相关基因的差异分析
发布时间：2020-10-22 13:36
副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)属于危害较大的细菌性传染病之一,能够导致猪全身性的炎症反应,给养猪业造成不可逆转的经济损失。HPS还常常与其它病毒、细菌混合感染,从而增加疾病的防控和治疗难度。本实验室从2015年开始对辽宁省各大猪场的副猪嗜血杆菌病进行了流行病学调查,结果发现HPS是引起仔猪发病和死亡的重要因素之一,尤其在秋冬季节该病更是高发。对HPS血清型流行情况调查发现血清4、9、13型属于常见的血清型。为了能够深入了解HPS辽宁株的致病机制以及有效地防控该病,本研究将实验室保存的菌株YK1603(营口分离株,血清9型,弱毒株),XM1602(新民分离株,血清4型,中毒株),CY1201(朝阳分离株,血清13型,强毒株)复苏后,采用革兰氏染色、16SrDNA等方法对菌株和菌型进行了验证;随后,以YK1603辽宁株作为对照,对这三株不同毒力菌株进行了转录组测序分析并进行验证,将测序得到的显著性差异基因进行GO富集分析、KEGG通路富集分析,同时与VFDB数据库比对分析。另外,我们又对文献中报道的,但未在转录组测序中检测到的毒力相关基因进行了普通PCR鉴定,希望以此为HPS的致病机理以及筛选疫苗开发的靶基因提供基础数据。试验所得主要结论如下:1.转录组测序后共检测了2107个基因,YK1603与CY1201比较后显著性差异基因共有195个,其中71个基因上调,124个基因下调。YK1603与XM1602比较后的显著性差异基因共有705个,上调基因415个,下调基因290个,其余基因表达差异不显著。2.GO功能富集分析显示,YK1603与CY1201比较后差异基因富集在15个功能类别中;YK1603与XM1602比较后差异基因富集在27个功能类别中;提示这些功能富集可能与菌株产生的毒力相关。3.在KEGG pathway富集分析中,YK1603与CY1201的差异基因富集在34条通路中,其中有7条通路为显著性富集;而YK1603与XM1602的差异基因富集在64条通路中,其中有1条通路为显著性富集。4.将YK1603与CY1201、YK1603与XM1602比较的差异基因与VFDB数据库比对后发现,YK1603与CY1201的差异基因有6个比对成功,其中4个基因上调。2个基因下调;YK1603与XM1602的差异基因有18个比对成功,其中11个基因上调,7个基因下调。推测这些基因可能影响菌株的毒力,是后续研究的重点。5.通过普通PCR鉴定了30个毒力相关基因,发现三种不同毒力的HPS共有基因为23个。此外,不同毒力菌株包含的毒力相关基因有所差异,推测这些差异基因是导致菌株致病力不同的原因之一。
【学位单位】：沈阳农业大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2018
【中图分类】：S852.61
【部分图文】：
图 1 复苏菌株在 TSA 培养基上的菌落形态Fig 1 The colony characteristics of theresuscitation strain on the TSA medium图 2 复苏菌株革兰氏染色镜检Fig 2 Gram stain microscopic ex-amination of resuscitation strain.2 复苏菌 DNA 的提取结果提取出来的细菌 DNA 经 1%的琼脂糖凝胶电泳检测后，结果表明 DNA 的提取质，可以作为 PCR 的模板 DNA，三株菌株提取的 DNA 基因组如下图 3。
图 1 复苏菌株在 TSA 培养基上的菌落形态Fig 1 The colony characteristics of theresuscitation strain on the TSA medium图 2 复苏菌株革兰氏染色镜检Fig 2 Gram stain microscopic ex-amination of resuscitation strain.2 复苏菌 DNA 的提取结果提取出来的细菌 DNA 经 1%的琼脂糖凝胶电泳检测后，结果表明 DNA 的提取质，可以作为 PCR 的模板 DNA，三株菌株提取的 DNA 基因组如下图 3。
TSA 培养基上的形态haracteristics of theon the TSA medium图 2 复苏菌Fig 2 Gram stamination of 结果A 经 1%的琼脂糖凝胶电泳检测后，结模板 DNA，三株菌株提取的 DNA 基
【参考文献】
本文编号：2851666
【学位单位】：沈阳农业大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2018
【中图分类】：S852.61
【部分图文】：
图 1 复苏菌株在 TSA 培养基上的菌落形态Fig 1 The colony characteristics of theresuscitation strain on the TSA medium图 2 复苏菌株革兰氏染色镜检Fig 2 Gram stain microscopic ex-amination of resuscitation strain.2 复苏菌 DNA 的提取结果提取出来的细菌 DNA 经 1%的琼脂糖凝胶电泳检测后，结果表明 DNA 的提取质，可以作为 PCR 的模板 DNA，三株菌株提取的 DNA 基因组如下图 3。
图 1 复苏菌株在 TSA 培养基上的菌落形态Fig 1 The colony characteristics of theresuscitation strain on the TSA medium图 2 复苏菌株革兰氏染色镜检Fig 2 Gram stain microscopic ex-amination of resuscitation strain.2 复苏菌 DNA 的提取结果提取出来的细菌 DNA 经 1%的琼脂糖凝胶电泳检测后，结果表明 DNA 的提取质，可以作为 PCR 的模板 DNA，三株菌株提取的 DNA 基因组如下图 3。
TSA 培养基上的形态haracteristics of theon the TSA medium图 2 复苏菌Fig 2 Gram stamination of 结果A 经 1%的琼脂糖凝胶电泳检测后，结模板 DNA，三株菌株提取的 DNA 基
【参考文献】
相关期刊论文 前4条
1 曾泽;何欢;岳华;汤承;张斌;;副猪嗜血杆菌lgtF基因缺失株的构建及其部分生物学特性[J];畜牧兽医学报;2015年11期
2 郭伶;刘孝刚;;辽宁地区副猪嗜血杆菌血清型的鉴定[J];畜牧与兽医;2014年03期
3 逯忠新;高鹏程;贺英;储岳峰;赵萍;赵海燕;马利青;陆艳;蔡其刚;;青海省部分地区副猪嗜血杆菌流行病学研究[J];华北农学报;2009年S1期
4 阚静;李莉;许激扬;;叶酸的生物合成及其代谢工程研究进展[J];中国生化药物杂志;2009年04期
本文编号：2851666
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/2851666.html
