牛肠道菌群携带耐药基因分析与志贺菌分离、分型及耐药性研究

发布时间：2021-01-12 03:34

　　抗生素的发现与应用对人类的文明发展具有不可磨灭的贡献,但随着抗生素的不合理使用和滥用,抗生素残留和耐药性的广泛传播已严重危害畜牧业健康发展和公共卫生安全。近年来科学家们已经意识到耐药菌的流行病学研究和耐药基因水平转移的重要性,并对细菌耐药性的传播机制进行了探索。本文分两条主线对耐药性进行研究,一是从宏基因组角度,分析了不同养殖环境下牛肠道菌群耐药基因的差异;二是从病原菌角度,分析牛源志贺菌的流行病学以及耐药谱、耐药基因和毒力基因的流行特征。1.通过宏基因组方法,从宏观角度对来自甘肃不同地区和养殖环境下的牦牛、肉牛、奶牛肠道菌群结构及耐药基因储存库进行了综合研究。无论是在肠道菌群携带耐药基因的多样性还是丰度水平上,牦牛组均显著低于奶牛和肉牛组。2.分离鉴定了临床样品中的志贺菌,并确定了血清型。通过SS和麦康凯选择培养基筛选,16S rDNA、API20E生化试验、血清凝集试验、多重PCR血清鉴定法共鉴定得到136株志贺菌,其中福氏志贺菌54株、宋内志贺菌44株、痢疾志贺菌38株。填补了西北地区牛源志贺菌研究的空白,也为之后动物源志贺菌的研究奠定了基础。3.建立了分别针对福氏志贺菌、宋内志... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：137 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

测序技术的发展史Fig1.1Thehistoryofsequencingtechnology

14图 2.1 宏基因组信息分析流程图Fig 2.1 The pipeline of metagenomic bioinformatics analysis

图 2.2 部分样品肠道菌群宏基因组Fig 2.2 Microflora metagenomic of part samples2.3.2 测序数据通过 Illumina HiSeq X ten 测序平台测序，共获得 404.26 Gb 的原始数据 (Raw Data)，各

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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[3]基于自由词的基因功能注释和分子网络构建[D]. 汪佳宏.南方医科大学 2012
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[5]不同株鸡源志贺菌的生物学特性及致病性研究[D]. 杨永珍.河南农业大学 2011
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本文编号：2972063