奶牛金黄色葡萄球菌人工诱导型乳腺炎基因表达谱分析
发布时间：2021-01-13 08:32
本试验旨在研究奶牛金黄色葡萄球菌型乳腺炎感染后基因的表达变化。运用基因表达谱芯片和实时荧光定量PCR技术对差异表达基因进行筛选、分析和验证,从而找出奶牛金黄色葡萄球菌型乳腺炎免疫应答过程中的关键候选基因。本试验选取了3头中国荷斯坦奶牛作为供试奶牛,利用金黄色葡萄球菌人工感染其乳腺,并观察感染后奶牛的全身反应,感染后24h,利用临床诊断、奶牛乳中体细胞计数等方法诊断奶牛成功感染乳腺炎后,采用外科手术的办法采集供试奶牛乳腺组织样本,利用Agilent牛基因组表达谱芯片分析供试奶牛乳腺组织全基因组范围内的基因差异表达结果,利用Q-PCR技术对基因芯片的结果进行验证分析,并对芯片结果及Q-PCR结果进行关联性分析。同时对差异表达基因进行GO和Pathway等功能分析,主要结果如下：1、基因表达谱芯片分析共筛选出显著差异表达基因297个,其中188个基因上调表达,109个基因下调表达（FC>2,P<0.05）。2、对差异表达基因进行GO分析,发现这些基因共涉及到151个GO Terms （GO注释）（P<0.05）。3、对差异表达基因进行Pathway分析,共筛选到15条显著的...
【文章来源】：扬州大学江苏省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略词表
第一章 文献综述
1.1 前言
1.2 奶牛乳腺炎抗性选择研究进展
1.2.1 奶牛乳腺炎致病因素
1.2.2 奶牛乳腺免疫及防御机制
1.2.3 奶牛乳腺炎抗性性状的挑选
1.3 金黄色葡萄球菌型奶牛乳腺炎研究进展
1.4 基因芯片技术在奶牛上应用研究进展
1.4.1 基因芯片技术简介
1.4.2 基因芯片技术研究现状
1.4.3 基因芯片技术在奶牛上的应用
1.4.4 基因芯片技术研究前景
1.5 荧光定量PCR技术在奶牛上的研究进展
1.5.1 荧光定量PCR技术简介
1.5.2 荧光定量PCR的分类及方法
1.5.3 荧光定量PCR技术在奶牛乳腺炎中的应用
1.6 研究目的与意义
第二章 材料与方法
2.1 材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 菌种
2.1.3 奶样
2.1.4 组织样
2.2 主要试剂及仪器设备
2.2.1 主要试剂及配制方法
2.2.2 主要仪器设备
2.3 差异表达基因的生物信息学分析
2.3.1 主要生物学数据库
2.3.2 主要分析软件
2.4 方法与步骤
2.4.1 RNA提取（mirVana RNA Isolation Kit提取Total RNA）
2.4.2 金黄色葡萄球菌复苏、培养、鉴定及保存
2.4.3 奶牛金黄色葡萄球菌型乳腺炎人工诱导
2.4.4 奶牛人工诱导金葡菌型乳腺炎全基因组表达谱分析
2.4.5 芯片结果数据分析与处理
2.4.6 差异表达基因的Q-PCR验证分析
第三章 结果与分析
3.1 总RNA提取及检测
3.2 金黄色葡萄球菌复苏、培养及鉴定
3.3 奶牛金黄色葡萄球菌型乳腺炎人工诱导试验
3.3.1 攻毒后奶牛临床表现变化
3.3.2 攻毒后奶牛BMT检测情况
3.3.3 攻毒后奶牛乳中SCC变化情况
3.3.4 攻毒后奶牛乳腺组织切片观察
3.4 奶牛金黄色葡萄球菌人工诱导型乳腺炎全基因组表达谱分析
3.4.1 总RNA提取质量控制
3.4.2 基因芯片杂交及数据标准化
3.4.3 表达谱芯片差异表达基因的筛选
3.5 差异表达基因的Q-PCR验证
3.5.1 目的基因与内参基因的溶解曲线
3.5.2 进行Q-PCR验证基因的扩增曲线
3.5.3 进行Q-PCR验证基因的表达水平相对定量分析
第四章 讨论与结论
4.1 人工诱导奶牛金黄色葡萄球菌型乳腺炎试验
4.1.1 奶牛乳腺炎疾病模型的建立与应用
4.1.2 病原菌及供试奶牛的选择
4.1.3 人工诱导奶牛乳腺炎症状及变化
4.2 奶牛金黄色葡萄球菌人工诱导型乳腺炎全基因组表达谱分析
4.2.1 差异表达基因的筛选
4.2.2 差异表达基因的GO分析
4.2.3 差异表达基因的Pathway分析
4.3 奶牛金黄色葡萄球菌人工诱导型乳腺炎Q-PCR验证分析
4.4 关于相关基因作为奶牛乳腺炎候选基因的讨论
结论
参考文献
附录
致谢
攻读学位期间发表的学术论文目录
【参考文献】：
期刊论文
[1]奶牛乳腺炎及其防治研究进展[J]. 王明道,段书月. 畜牧与饲料科学. 2013(06)
[2]奶牛乳房炎病原菌的PCR诊断技术研究进展[J]. 高健,刘海,周玉财,姚志波. 中国奶牛. 2013(04)
[3]奶牛乳房炎的研究进展[J]. 毕海林,唐达,唐建华. 黑龙江畜牧兽医. 2012(21)
[4]基因表达谱中特征基因选择的几种方法比较研究[J]. 何兰,范继红,滕辉,潘洪明. 中国科技信息. 2012(14)
[5]鸭传染性浆膜炎疾病模型方法的建立[J]. 陈晓兰,蒋春茂,叶胜强,王帅兵,杨海峰. 中国畜牧兽医. 2011(11)
[6]奶牛ACC基因SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立[J]. 李鹏,刘敏跃,郭洋,刘国文,王哲. 饲料工业. 2011(21)
[7]中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究[J]. 郭洋,王洪梅,侯明海,王长法,何洪彬,吕文发,仲跻峰. 中国农业科学. 2011(19)
[8]VEGF-A、VEGF-C及PLGF基因在奶牛乳腺发育各时期的表达变化[J]. 张岚,李庆章,边艳杰. 中国畜牧兽医. 2011(09)
[9]IL-17的信号传导及功能研究[J]. 施沛青,朱书,钱友存. 中国细胞生物学学报. 2011(04)
[10]奶牛金黄色葡萄球菌乳腺炎及其疫苗的研究进展[J]. 孙涛,武泽轩,王玲玲,王洪梅,杨宏军,何洪彬. 安徽农业科学. 2011(07)
博士论文
[1]金黄色葡萄球菌诱导奶牛实验性乳腺炎研究[D]. 袁峥嵘.中国农业科学院 2011
[2]中国南方黄牛系统地位、抗热特性及HSP70-1、SCD1和DGAT1基因的遗传效应研究[D]. 武秀香.扬州大学 2011
[3]JAK/STAT信号通路相关基因在系统性红斑狼疮发病中的作用研究[D]. 袁慧.安徽医科大学 2010
[4]奶牛乳腺炎金黄色葡萄球菌基因工程疫苗构建及实验免疫[D]. 尹荣兰.吉林大学 2009
[5]抗奶牛乳腺炎特异性卵黄抗体的制备及活性研究[D]. 甄宇红.大连理工大学 2008
硕士论文
[1]金黄色葡萄球菌诱导牛乳腺上皮细胞凋亡及其信号通路的研究[D]. 崔新洁.内蒙古大学 2013
[2]鱼类水霉病疾病模型的构建及应用[D]. 许佳露.上海海洋大学 2012
[3]利用基因芯片技术筛选奶牛乳质性状相关基因[D]. 张磊.南京农业大学 2010
[4]抗金黄色葡萄球菌奶牛乳腺炎疫苗的研制[D]. 武泽轩.东北农业大学 2010
[5]呼市地区奶牛隐性乳房炎主要病原菌的分离鉴定及药敏试验[D]. 张忠厚.内蒙古农业大学 2005
本文编号：2974569
【文章来源】：扬州大学江苏省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略词表
第一章 文献综述
1.1 前言
1.2 奶牛乳腺炎抗性选择研究进展
1.2.1 奶牛乳腺炎致病因素
1.2.2 奶牛乳腺免疫及防御机制
1.2.3 奶牛乳腺炎抗性性状的挑选
1.3 金黄色葡萄球菌型奶牛乳腺炎研究进展
1.4 基因芯片技术在奶牛上应用研究进展
1.4.1 基因芯片技术简介
1.4.2 基因芯片技术研究现状
1.4.3 基因芯片技术在奶牛上的应用
1.4.4 基因芯片技术研究前景
1.5 荧光定量PCR技术在奶牛上的研究进展
1.5.1 荧光定量PCR技术简介
1.5.2 荧光定量PCR的分类及方法
1.5.3 荧光定量PCR技术在奶牛乳腺炎中的应用
1.6 研究目的与意义
第二章 材料与方法
2.1 材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 菌种
2.1.3 奶样
2.1.4 组织样
2.2 主要试剂及仪器设备
2.2.1 主要试剂及配制方法
2.2.2 主要仪器设备
2.3 差异表达基因的生物信息学分析
2.3.1 主要生物学数据库
2.3.2 主要分析软件
2.4 方法与步骤
2.4.1 RNA提取（mirVana RNA Isolation Kit提取Total RNA）
2.4.2 金黄色葡萄球菌复苏、培养、鉴定及保存
2.4.3 奶牛金黄色葡萄球菌型乳腺炎人工诱导
2.4.4 奶牛人工诱导金葡菌型乳腺炎全基因组表达谱分析
2.4.5 芯片结果数据分析与处理
2.4.6 差异表达基因的Q-PCR验证分析
第三章 结果与分析
3.1 总RNA提取及检测
3.2 金黄色葡萄球菌复苏、培养及鉴定
3.3 奶牛金黄色葡萄球菌型乳腺炎人工诱导试验
3.3.1 攻毒后奶牛临床表现变化
3.3.2 攻毒后奶牛BMT检测情况
3.3.3 攻毒后奶牛乳中SCC变化情况
3.3.4 攻毒后奶牛乳腺组织切片观察
3.4 奶牛金黄色葡萄球菌人工诱导型乳腺炎全基因组表达谱分析
3.4.1 总RNA提取质量控制
3.4.2 基因芯片杂交及数据标准化
3.4.3 表达谱芯片差异表达基因的筛选
3.5 差异表达基因的Q-PCR验证
3.5.1 目的基因与内参基因的溶解曲线
3.5.2 进行Q-PCR验证基因的扩增曲线
3.5.3 进行Q-PCR验证基因的表达水平相对定量分析
第四章 讨论与结论
4.1 人工诱导奶牛金黄色葡萄球菌型乳腺炎试验
4.1.1 奶牛乳腺炎疾病模型的建立与应用
4.1.2 病原菌及供试奶牛的选择
4.1.3 人工诱导奶牛乳腺炎症状及变化
4.2 奶牛金黄色葡萄球菌人工诱导型乳腺炎全基因组表达谱分析
4.2.1 差异表达基因的筛选
4.2.2 差异表达基因的GO分析
4.2.3 差异表达基因的Pathway分析
4.3 奶牛金黄色葡萄球菌人工诱导型乳腺炎Q-PCR验证分析
4.4 关于相关基因作为奶牛乳腺炎候选基因的讨论
结论
参考文献
附录
致谢
攻读学位期间发表的学术论文目录
【参考文献】：
期刊论文
[1]奶牛乳腺炎及其防治研究进展[J]. 王明道,段书月. 畜牧与饲料科学. 2013(06)
[2]奶牛乳房炎病原菌的PCR诊断技术研究进展[J]. 高健,刘海,周玉财,姚志波. 中国奶牛. 2013(04)
[3]奶牛乳房炎的研究进展[J]. 毕海林,唐达,唐建华. 黑龙江畜牧兽医. 2012(21)
[4]基因表达谱中特征基因选择的几种方法比较研究[J]. 何兰,范继红,滕辉,潘洪明. 中国科技信息. 2012(14)
[5]鸭传染性浆膜炎疾病模型方法的建立[J]. 陈晓兰,蒋春茂,叶胜强,王帅兵,杨海峰. 中国畜牧兽医. 2011(11)
[6]奶牛ACC基因SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立[J]. 李鹏,刘敏跃,郭洋,刘国文,王哲. 饲料工业. 2011(21)
[7]中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究[J]. 郭洋,王洪梅,侯明海,王长法,何洪彬,吕文发,仲跻峰. 中国农业科学. 2011(19)
[8]VEGF-A、VEGF-C及PLGF基因在奶牛乳腺发育各时期的表达变化[J]. 张岚,李庆章,边艳杰. 中国畜牧兽医. 2011(09)
[9]IL-17的信号传导及功能研究[J]. 施沛青,朱书,钱友存. 中国细胞生物学学报. 2011(04)
[10]奶牛金黄色葡萄球菌乳腺炎及其疫苗的研究进展[J]. 孙涛,武泽轩,王玲玲,王洪梅,杨宏军,何洪彬. 安徽农业科学. 2011(07)
博士论文
[1]金黄色葡萄球菌诱导奶牛实验性乳腺炎研究[D]. 袁峥嵘.中国农业科学院 2011
[2]中国南方黄牛系统地位、抗热特性及HSP70-1、SCD1和DGAT1基因的遗传效应研究[D]. 武秀香.扬州大学 2011
[3]JAK/STAT信号通路相关基因在系统性红斑狼疮发病中的作用研究[D]. 袁慧.安徽医科大学 2010
[4]奶牛乳腺炎金黄色葡萄球菌基因工程疫苗构建及实验免疫[D]. 尹荣兰.吉林大学 2009
[5]抗奶牛乳腺炎特异性卵黄抗体的制备及活性研究[D]. 甄宇红.大连理工大学 2008
硕士论文
[1]金黄色葡萄球菌诱导牛乳腺上皮细胞凋亡及其信号通路的研究[D]. 崔新洁.内蒙古大学 2013
[2]鱼类水霉病疾病模型的构建及应用[D]. 许佳露.上海海洋大学 2012
[3]利用基因芯片技术筛选奶牛乳质性状相关基因[D]. 张磊.南京农业大学 2010
[4]抗金黄色葡萄球菌奶牛乳腺炎疫苗的研制[D]. 武泽轩.东北农业大学 2010
[5]呼市地区奶牛隐性乳房炎主要病原菌的分离鉴定及药敏试验[D]. 张忠厚.内蒙古农业大学 2005
本文编号：2974569
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/2974569.html
