鸡真皮黑色素抑制基因精细定位及相关质量性状分子标记鉴定研究
发布时间：2021-01-14 04:27
随着人们对畜禽产品的要求不断提高,优质鸡的生产成为畜禽产业工作者的重点目标之一。优质鸡除了要求肉品质本身营养物质含量,风味物质以及口感等方面的要求,另外还需要具备特有的包装性状。质量性状将成为地方优质鸡的天然标识,能够起到防伪标识的作用。对于家禽来说,与色素相关的质量性状有胫色和肤色等。为了建立优质鸡育种黑色素相关性状的分子标记辅助选择技术（MAS）,本文基于集群分离分析法利用目标区域捕获测序技术对鸡真皮黑色素抑制基因进行定位,并对鸡青胫和乌肤性状进行了分子标记鉴定和位点的多态性分析,建立了分子标记辅助选择体系。本研究获得以下主要研究结果:试验一目标区域捕获测序技术定位鸡真皮黑色素抑制基因利用固始鸡-安卡鸡F2资源群体,建立胫色表型极端DNA混池——黄胫DNA混池和青胫DNA混池,采用目标序列捕获测序技术,以Chr Z 67.1-72.3 Mb为核心区域的10 Mb区间,对黄胫DNA混池和青胫DNA混池,分别进行了200×深度测序。对青胫DNA混池和黄胫DNA混池进行测序得到的SNP等突变位点进行SHOREmap分析和差异位点分析,定位鸡真皮黑色素抑制基因的区间位于鸡Z染色体的71.5...
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：107 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
致谢
Abstract
摘要
1 文献综述
1.1 鸡黑色素相关的质量性状的基因定位研究进展
1.1.1 鸡胫色性状的定位
1.1.2 肤色性状的定位
1.1.3 白羽性状的定位
1.2 黑色素的研究进展
1.2.1 黑色素细胞的起源、分化与形成
1.2.2 黑色素的产生、运输及沉积
1.3 集群分离分析法
1.3.1 集群分离分析法的原理和方法
1.3.2 集群分离分析法的应用
1.3.3 构建DNA混池的注意事项
1.4 新一代测序技术
1.4.1 新一代测序技术的原理
1.4.2 目标序列捕获
1.4.3 目标序列捕获测序技术的应用
1.5 拷贝数变异及其检测方法
1.5.1 家禽拷贝数变异的研究进展
1.5.2 拷贝数变异的检测方法
1.6 分子标记及其研究方法
1.6.1 分子标记的发展
1.6.2 单核苷酸多态性
2 引言
2.1 鸡质量性状研究的重要性.
2.2 本研究的目的、意义及主要研究内容
3 目标区域捕获测序技术定位鸡真皮黑色素抑制基因
3.1 材料与方法
3.1.1 试验样品采集和DNA混池的构建
3.1.2 目标区域捕获试剂盒的定制
3.1.3 混池文库的构建
3.1.4 目标区域捕获测序
3.1.5 测序数据的处理
3.1.6 定位鸡真皮黑色素抑制基因
3.2 结果与分析
3.2.1 混池文库的构建
3.2.2 捕获测序结果
3.2.3 测序数据的Mapping
3.2.4 测序结果的SNV和In Del分析
3.2.5 SHOREmap分析
3.2.6 青胫DNA混池和白胫DNA混池的差异位点筛选与分析
3.2.7 不同胫色混池的基因型频率和基因型频率比值
3.3 结论与讨论
3.3.1 基于集群分离分析法构建F2极端表型混池
3.3.2 目标区域捕获测序定位基因
3.3.3 基因型频率和基因型频率比值
3.4 本章小结
4 鸡真皮黑色素抑制基因的候选基因确定
4.1 材料与方法
4.1.1 试验动物
4.1.2 试验方法
4.2 结果与分析
4.2.1 鸡真皮黑色素抑制基因的位置候选基因
4.2.2 差异位点的基因分型
4.2.3 差异位点基因型与胫色的关联分析
4.2.4 鸡胫色性状的分子标记
4.2.5 位置候选基因的生物信息学分析
4.2.6 位置候选基因的组织表达分析
4.3 结论与讨论
4.4 本章小结
5 鸡乌肤性状原因突变的验证与分子标记开发
5.1 材料与方法
5.1.1 试验动物及样品采集
5.1.2 试验方法
5.1.3 试验数据的处理
5.2 结果与分析
5.2.1 标准曲线的制作
5.2.2 不同肤色的鸡种在EDN3位点的相对拷贝数
5.2.3 丝羽乌骨鸡与淅川乌骨鸡在EDN3位点的相对拷贝数
5.2.4 不同基因型个体在EDN3位点的相对拷贝数
5.3 结论与讨论
5.4 本章小结
6 全文结论、需进一步研究的内容及创新点
6.1 全文结论
6.2 需要进一步开展的工作
6.3 创新点
参考文献
附录
作者简介
本文编号：2976213
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：107 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
致谢
Abstract
摘要
1 文献综述
1.1 鸡黑色素相关的质量性状的基因定位研究进展
1.1.1 鸡胫色性状的定位
1.1.2 肤色性状的定位
1.1.3 白羽性状的定位
1.2 黑色素的研究进展
1.2.1 黑色素细胞的起源、分化与形成
1.2.2 黑色素的产生、运输及沉积
1.3 集群分离分析法
1.3.1 集群分离分析法的原理和方法
1.3.2 集群分离分析法的应用
1.3.3 构建DNA混池的注意事项
1.4 新一代测序技术
1.4.1 新一代测序技术的原理
1.4.2 目标序列捕获
1.4.3 目标序列捕获测序技术的应用
1.5 拷贝数变异及其检测方法
1.5.1 家禽拷贝数变异的研究进展
1.5.2 拷贝数变异的检测方法
1.6 分子标记及其研究方法
1.6.1 分子标记的发展
1.6.2 单核苷酸多态性
2 引言
2.1 鸡质量性状研究的重要性.
2.2 本研究的目的、意义及主要研究内容
3 目标区域捕获测序技术定位鸡真皮黑色素抑制基因
3.1 材料与方法
3.1.1 试验样品采集和DNA混池的构建
3.1.2 目标区域捕获试剂盒的定制
3.1.3 混池文库的构建
3.1.4 目标区域捕获测序
3.1.5 测序数据的处理
3.1.6 定位鸡真皮黑色素抑制基因
3.2 结果与分析
3.2.1 混池文库的构建
3.2.2 捕获测序结果
3.2.3 测序数据的Mapping
3.2.4 测序结果的SNV和In Del分析
3.2.5 SHOREmap分析
3.2.6 青胫DNA混池和白胫DNA混池的差异位点筛选与分析
3.2.7 不同胫色混池的基因型频率和基因型频率比值
3.3 结论与讨论
3.3.1 基于集群分离分析法构建F2极端表型混池
3.3.2 目标区域捕获测序定位基因
3.3.3 基因型频率和基因型频率比值
3.4 本章小结
4 鸡真皮黑色素抑制基因的候选基因确定
4.1 材料与方法
4.1.1 试验动物
4.1.2 试验方法
4.2 结果与分析
4.2.1 鸡真皮黑色素抑制基因的位置候选基因
4.2.2 差异位点的基因分型
4.2.3 差异位点基因型与胫色的关联分析
4.2.4 鸡胫色性状的分子标记
4.2.5 位置候选基因的生物信息学分析
4.2.6 位置候选基因的组织表达分析
4.3 结论与讨论
4.4 本章小结
5 鸡乌肤性状原因突变的验证与分子标记开发
5.1 材料与方法
5.1.1 试验动物及样品采集
5.1.2 试验方法
5.1.3 试验数据的处理
5.2 结果与分析
5.2.1 标准曲线的制作
5.2.2 不同肤色的鸡种在EDN3位点的相对拷贝数
5.2.3 丝羽乌骨鸡与淅川乌骨鸡在EDN3位点的相对拷贝数
5.2.4 不同基因型个体在EDN3位点的相对拷贝数
5.3 结论与讨论
5.4 本章小结
6 全文结论、需进一步研究的内容及创新点
6.1 全文结论
6.2 需要进一步开展的工作
6.3 创新点
参考文献
附录
作者简介
本文编号：2976213
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