不同品种肉牛瘤胃菌群结构及其功能预测研究

发布时间：2021-01-27 08:12

　　为系统探讨不同品种肉牛瘤胃内的微生物多样性及其功能,试验利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析草原红牛、中国西门塔尔牛、安格斯牛瘤胃液样本菌群结构并进行PICRUSt功能预测。结果显示:草原红牛基于门的组成,厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）为优势菌群,所占比例分别为54.15%和37.34%;基于属的组成,依次为普雷沃菌属₁（Prevotella₁）:9.01%、理研菌科_RC9菌群（Rikenellaceae_RC9_gut_group）:8.19%、瘤 胃 菌 科 UCG-005（Ruminococcaceae_UCG-005）:7.37%、未知属 f 型拟杆菌目 BS11 菌群（norank_fBacteroidales_BS11_gut_group）:5.19%等;16S rRNA 基因组... 

【文章来源】：内蒙古民族大学内蒙古自治区

【文章页数】：46 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１基于门水平的萆原红牛瘤胃微生物群落结构??

８?不同品种肉牛瘤胃菌群结构及其功能预测研究???德於??３：?－???Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ?ｏｆ?Ｏｔｈｅｒ?Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ?Ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ??％〇％％．?，一?其他次生代ｗ产物的生物含成〇．９？??＼?１！?／?ｆ??Ｖ輕?Ｐ?／，．??獅／｜?ｚ…??＾?＿?ｔ＿ｔ?＿??Ｅｎｅｒｇｙ?Ｍｅｔａｂｏｌｉｓａ?％?＾ｒ．?＾?＾??仙代谢５？微?＾??｜?＼公??＇、－、、？—￣￣■?Ｏｒｇａｎｉｓａａｌ?Ｓｒｉｔｅｕ?有机体系终ａ?７９％??—Ｈｕａａｎ?Ｄｉｓｅａｓｅｓ?人类疾病?０．７５％??图４草原红牛ＫＥＧＧ?—级和二级代谢通路??３．２基于１６Ｓ?ｒＲＮＡ高通量测序技术分析西门塔尔牛瘤胃微生物多样性和功能预测??３．?２．?１西门塔尔牛样本序列信息??由表３得知，两个西门塔尔牛样本中，ＸＮ１有效序列数量为３３７５８条，优质序列??数量为３０９００条，优化比例为９１．?５３％，序列长度为４３４ｂｐ，操作分类单元数目为８７４，??序列丰度大于１％的操作分类单元数目为１９；?ＸＮ２有效序列数量为３８８９８条，优质序列??数量为３５８１２条，优化比例为９２．?０７％，序列长度为４３３ｂｐ，操作分类单元数目为９２３，??序列丰度大于１％的操作分类单元数目为２２。由图５可知：Ｓｈａｎｎｏｎ指数和Ｓｏｂｓ指数??可看出，两个西门塔尔牛的瘤胃菌群多样性指数均超过５，实际０ＴＵ数目均大于７５０，??且稀释曲线趋于平缓，测序数据达到饱和，能够覆盖西门塔尔牛的瘤胃菌群的绝大部??分物种。??

ｒｖＭ?…ＸＮ１??ＳｈａｎｎｏｎＢＵ????一?ＸＮ２??．．．ｗ，??????，■产?－如??ｆ?７５０?？??丨Ｉ?丨卜??ｊ?Ｉ?Ｉｆ?／??］ｆ；?ｈ??０??，?１?，??〇??１?！??１???１０．０００?２０．０００?］〇〇〇〇?１０?０００?２０?０００?３０．０００??一二一?一；，一??图５西门塔尔牛瘤胃样本稀释曲线及Ｓｈａｎｎｏｎ曲线分析??３．２．２基子门水平的微生物群落结构分析??从图６可以得知，基于门水平的西门塔尔牛瘤胃微生物群落主要由厚壁菌门??（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、拟杆菌门（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、蓝藻门（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）等组成。除??此之外西门塔尔牛瘤胃内还含有变形菌门（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?）、迷踪菌门??（Ｅｌｕｓｉｍｉｃｒｏｂｉａ）、抚微菌门（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）、其他（Ｏｔｈｅｒｓ）和螺旋体菌门??（Ｓａｃｃｈａｒｉｂａｃｔｅｒｉａ）。其中厚壁菌门（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）所占比例最大为６２．４６％，抚微??菌门（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）所占比例最小为１．４９％。??ｌｌａｉｆｆＢｉ＇］?ＵｃｃｒＭｒｉｂａｃｔ＞ｒｉａ：２．９２Ｓ?〇ｔｈ＊ｒ？?２．９２Ｓ??■门?Ｐｒｏｔ＊ｏｂ？ｃ？ｒｔｉ２．４２＾）?ａｆＳＨ?Ｃｙ＊ｎ〇ｂ＊ｃｔ？ｒＵ．３．９０％??ｔｆＯＴＢＨ?Ｅｌｕ＊ｔｍｌｃＴ〇Ｗ＊：１３１％??ｍｍｍｎ??Ｖ＾ｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｔａ－Ｌ＾＾ｏ??ＶＳＢ?１?Ｆｌｎｎｌｃｕ？Ｍ：６２．４？Ｓ??图６基子门水平的西门塔尔牛瘤胃微生物群落结构??


本文编号：3002747