福建地区猪圆环病毒2型全基因序列遗传演化分析及病理学观察
发布时间：2021-01-27 23:04
为了解福建地区猪圆环病毒2型（PCV2）感染病变及分子遗传演化情况,采集来自不同猪场29份临床疑似感染PCV2的组织病料,进行了病理学观察、PCR检测、全基因测序及分析。结果表明,淋巴小结及淋巴细胞数量减少,肺泡腔内炎性细胞浸润;29份病料检出20份PCV2阳性,阳性率为68.9%;获得20株完整PCV2全基因序列,同源性为96.0%～99.9%;进化树分析,1株为PCV2a（占5%）,11株为PCV2b（占55%）,8株为PCV2d（占40%）;ORF2变异性分析,发现PCV2b和PCV2d分别存在1个和3个区别于其他基因型的独特氨基酸位点,PCV2b为210（E）,PCV2d为53（I）、68（N）和133-134（AN）。研究结果充实了PCV2分子流行病学数据,为疫苗选择及基因型鉴别提供参考。
【文章来源】：动物医学进展. 2020,41(10)北大核心
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
病例剖检病变
将本研究的20株PCV2全基因组序列与国内外其他22株构建分子遗传进化树,引入PCV1和PCV3作为外源基因(图4)。结果显示,整个进化树分成10个分支群(Group1-10),本次20株主要集中在2个分支上,其中12株(FZ02、YX01、NP04、YT01、CL01、SX01、NP05、CL02、FZ01、LY01、CL03和FQ01)为Group1,归属于3个PCV2b基因型参考株(EF524535、GU799576和MK347411)分支;另外8株(MH01、MH02、NP02、YX02、FQ02、SM01、NP01和NP03)为Group3,归属于3个PCV2d基因型参考株(KJ187306、KY940543和MK347389)分支,但与Group2中的2个PCV2g基因型参考株(KP420197和JX099786)最近,属于同一个大分支。全基因组序列同源性比较,发现本研究20株PCV2毒株之间核苷酸保守性高,同源性为96.0%～99.9%,与国内外其他PCV2参考株同源性为92.4%～99.9%,其中与MK347389(中国株)同源性最高为99.9%,与KT870146(美国株)最低为92.4%,亲缘性高低与地域远近没有明显相关。图3 临床病料PCR检测及全基因扩增
临床病料PCR检测及全基因扩增
本文编号：3003884
【文章来源】：动物医学进展. 2020,41(10)北大核心
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
病例剖检病变
将本研究的20株PCV2全基因组序列与国内外其他22株构建分子遗传进化树,引入PCV1和PCV3作为外源基因(图4)。结果显示,整个进化树分成10个分支群(Group1-10),本次20株主要集中在2个分支上,其中12株(FZ02、YX01、NP04、YT01、CL01、SX01、NP05、CL02、FZ01、LY01、CL03和FQ01)为Group1,归属于3个PCV2b基因型参考株(EF524535、GU799576和MK347411)分支;另外8株(MH01、MH02、NP02、YX02、FQ02、SM01、NP01和NP03)为Group3,归属于3个PCV2d基因型参考株(KJ187306、KY940543和MK347389)分支,但与Group2中的2个PCV2g基因型参考株(KP420197和JX099786)最近,属于同一个大分支。全基因组序列同源性比较,发现本研究20株PCV2毒株之间核苷酸保守性高,同源性为96.0%～99.9%,与国内外其他PCV2参考株同源性为92.4%～99.9%,其中与MK347389(中国株)同源性最高为99.9%,与KT870146(美国株)最低为92.4%,亲缘性高低与地域远近没有明显相关。图3 临床病料PCR检测及全基因扩增
临床病料PCR检测及全基因扩增
本文编号：3003884
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