鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究
发布时间：2021-01-28 13:10
旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物（P<0.05）,回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）,上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola...
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(12)北大核心
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物微生物OTUs花瓣图
主要细菌菌属在不同肠段内容物中也呈现出不同的丰度水平,相对丰度水平较高的10个优势菌属如表4所示。和菌门水平结果一致,拟杆菌属在盲肠内容物中有最高相对丰度水平(29.12%),其在十二指肠、空肠和回肠内容物中的相对丰度水平比较一致(6.82%～7.74%);乳杆菌属(Lactobacillus)随着肠段的延伸,从十二指肠到盲肠,表现为相对丰度越来越小。螺杆菌属(Helicobacter)、肠球菌属(Enterococcus)在十二指肠、空肠和回肠内容物中有较高的相对丰度分布,盲肠内容物中多个主要菌属相对丰度小于其他肠段内容物。表3 鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中主要菌门的相对丰度Table 3 Relative abundance of top 10 phyla in duodenal, jejunal, ileal and caecal contents of duck% 菌门 Phyla 十二指肠 Duodenum 空肠 Jejunum 回肠 Ileum 盲肠 Cecum 拟杆菌门Bacteroidetes 17.70 15.92 13.91 39.84 厚壁菌门Firmicutes 33.81 38.40 61.17 37.52 变形菌门Proteobacteria 22.00 21.16 6.19 10.49 梭杆菌门Fusobacteria 1.57 0.99 7.57 6.73 放线菌门Actinobacteria 3.24 5.52 1.21 0.37 壁菌门Tenericutes 1.23 0.22 1.45 0.31 未知菌门Unidentified bacteria 15.85 7.32 6.55 0.19 生氧光细菌门Oxyphotobacteria 0.99 1.16 0.12 0.13 酸杆菌门Acidobacteria 0.54 3.14 0.40 0.03 绿弯菌门Chloroflexi 0.58 1.69 0.34 0.03 其他Others 2.50 4.48 1.08 4.35
由鸭肠道内容物细菌门、属水平丰度分布结果发现,拟杆菌是健康鸭肠道内容物中的绝对优势菌,但是在不同肠段内容物中的相对丰度分布差异较大,在盲肠内容物中表现出最高的相对丰度。进一步在种(species)水平分析拟杆菌种,结果在健康鸭肠道内容物中共测序到28种拟杆菌种,具体拟杆菌种见表5,相对丰度分布较高的为:B. caecigallinarum、B. plebeius和B. barnesiae,在盲肠内容物或者十二指肠、回肠内容物中的相对丰度大于1%,B. caecigallinarum在盲肠内容物中的相对丰度高达8.37%;其他有9种拟杆菌种如:B. acidifaciens、B. caccae、B. coprocola、B. coprophilus等在多个肠道中的相对丰度大于0.1%。表5 拟杆菌种在鸭肠道内容物中的平均相对丰度Table 5 Relative abundance of Bacteroides in duodenal, jejunal, ileal and caecal contents of duck% 拟杆菌种 Bacteroides 命名 Term 十二指肠 Duodenum 空肠 Jejunum 回肠 Ileum 盲肠 Cecum Bacteroidaceae bacterium DJF B220 B1 0.005 9 0.000 0 0.000 4 0.000 0 B. acidifaciens B2 0.342 6 0.258 7 0.116 7 0.036 0 B. barnesiae B3 0.485 9 0.282 0 0.702 1 4.009 4 B. caccae B4 0.081 8 0.219 5 0.153 7 0.005 3 B. caecicola B5 0.000 4 0.000 3 0.000 0 0.000 0 B. caecigallinarum B6 1.093 5 0.672 5 1.958 4 8.374 3 B. clarus B7 0.003 6 0.005 0 0.006 3 0.000 7 B. coprocola B8 0.167 1 0.361 1 0.352 6 0.473 7 B. coprophilus B9 0.120 6 0.095 3 0.135 0 0.335 2 B. eggerthii B10 0.032 1 0.010 4 0.015 7 0.000 1 B. fragilis B11 0.578 6 0.261 8 0.059 4 0.025 6 B. gallinaceum B12 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 B. graminisolvens B13 0.001 3 0.001 0 0.000 0 0.000 0 B. luti B14 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 B. massiliensis B15 0.051 7 0.263 4 0.086 8 0.006 5 B. ovatus B16 0.098 2 0.185 7 0.062 0 0.009 2 B. plebeius B17 1.163 1 0.643 4 1.617 5 4.809 9 B. pyogenes B18 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 B. salanitronis B19 0.007 3 0.003 6 0.001 6 0.026 1 B. sartorii B20 0.005 0 0.001 6 0.006 8 0.000 6 B. sp B21 0.007 2 0.013 7 0.005 8 0.001 2 B. sp Marseille P3108 B22 0.000 0 0.000 0 0.006 3 0.001 0 B. sp Marseille P3166 B23 0.024 8 0.013 0 0.028 8 0.293 6 B. sp Marseille P3208T B24 0.000 4 0.001 2 0.000 4 0.000 4 B. stercoris B25 0.101 5 0.226 3 0.039 9 0.006 0 B. thetaiotaomicron B26 0.026 5 0.022 7 0.009 4 0.003 3 B. vulgatus B27 0.004 7 0.020 4 0.013 4 0.000 3 Prevotella heparinolytica B28 0.002 9 0.000 9 0.000 0 0.000 0
【参考文献】：
博士论文
[1]健康人群肠道中低丰度拟杆菌的筛选及生理作用研究[D]. 谭惠子.江南大学 2019
本文编号：3005052
【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(12)北大核心
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物微生物OTUs花瓣图
主要细菌菌属在不同肠段内容物中也呈现出不同的丰度水平,相对丰度水平较高的10个优势菌属如表4所示。和菌门水平结果一致,拟杆菌属在盲肠内容物中有最高相对丰度水平(29.12%),其在十二指肠、空肠和回肠内容物中的相对丰度水平比较一致(6.82%～7.74%);乳杆菌属(Lactobacillus)随着肠段的延伸,从十二指肠到盲肠,表现为相对丰度越来越小。螺杆菌属(Helicobacter)、肠球菌属(Enterococcus)在十二指肠、空肠和回肠内容物中有较高的相对丰度分布,盲肠内容物中多个主要菌属相对丰度小于其他肠段内容物。表3 鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中主要菌门的相对丰度Table 3 Relative abundance of top 10 phyla in duodenal, jejunal, ileal and caecal contents of duck% 菌门 Phyla 十二指肠 Duodenum 空肠 Jejunum 回肠 Ileum 盲肠 Cecum 拟杆菌门Bacteroidetes 17.70 15.92 13.91 39.84 厚壁菌门Firmicutes 33.81 38.40 61.17 37.52 变形菌门Proteobacteria 22.00 21.16 6.19 10.49 梭杆菌门Fusobacteria 1.57 0.99 7.57 6.73 放线菌门Actinobacteria 3.24 5.52 1.21 0.37 壁菌门Tenericutes 1.23 0.22 1.45 0.31 未知菌门Unidentified bacteria 15.85 7.32 6.55 0.19 生氧光细菌门Oxyphotobacteria 0.99 1.16 0.12 0.13 酸杆菌门Acidobacteria 0.54 3.14 0.40 0.03 绿弯菌门Chloroflexi 0.58 1.69 0.34 0.03 其他Others 2.50 4.48 1.08 4.35
由鸭肠道内容物细菌门、属水平丰度分布结果发现,拟杆菌是健康鸭肠道内容物中的绝对优势菌,但是在不同肠段内容物中的相对丰度分布差异较大,在盲肠内容物中表现出最高的相对丰度。进一步在种(species)水平分析拟杆菌种,结果在健康鸭肠道内容物中共测序到28种拟杆菌种,具体拟杆菌种见表5,相对丰度分布较高的为:B. caecigallinarum、B. plebeius和B. barnesiae,在盲肠内容物或者十二指肠、回肠内容物中的相对丰度大于1%,B. caecigallinarum在盲肠内容物中的相对丰度高达8.37%;其他有9种拟杆菌种如:B. acidifaciens、B. caccae、B. coprocola、B. coprophilus等在多个肠道中的相对丰度大于0.1%。表5 拟杆菌种在鸭肠道内容物中的平均相对丰度Table 5 Relative abundance of Bacteroides in duodenal, jejunal, ileal and caecal contents of duck% 拟杆菌种 Bacteroides 命名 Term 十二指肠 Duodenum 空肠 Jejunum 回肠 Ileum 盲肠 Cecum Bacteroidaceae bacterium DJF B220 B1 0.005 9 0.000 0 0.000 4 0.000 0 B. acidifaciens B2 0.342 6 0.258 7 0.116 7 0.036 0 B. barnesiae B3 0.485 9 0.282 0 0.702 1 4.009 4 B. caccae B4 0.081 8 0.219 5 0.153 7 0.005 3 B. caecicola B5 0.000 4 0.000 3 0.000 0 0.000 0 B. caecigallinarum B6 1.093 5 0.672 5 1.958 4 8.374 3 B. clarus B7 0.003 6 0.005 0 0.006 3 0.000 7 B. coprocola B8 0.167 1 0.361 1 0.352 6 0.473 7 B. coprophilus B9 0.120 6 0.095 3 0.135 0 0.335 2 B. eggerthii B10 0.032 1 0.010 4 0.015 7 0.000 1 B. fragilis B11 0.578 6 0.261 8 0.059 4 0.025 6 B. gallinaceum B12 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 B. graminisolvens B13 0.001 3 0.001 0 0.000 0 0.000 0 B. luti B14 0.000 0 0.000 0 0.000 1 0.000 0 B. massiliensis B15 0.051 7 0.263 4 0.086 8 0.006 5 B. ovatus B16 0.098 2 0.185 7 0.062 0 0.009 2 B. plebeius B17 1.163 1 0.643 4 1.617 5 4.809 9 B. pyogenes B18 0.000 0 0.000 0 0.000 0 0.000 0 B. salanitronis B19 0.007 3 0.003 6 0.001 6 0.026 1 B. sartorii B20 0.005 0 0.001 6 0.006 8 0.000 6 B. sp B21 0.007 2 0.013 7 0.005 8 0.001 2 B. sp Marseille P3108 B22 0.000 0 0.000 0 0.006 3 0.001 0 B. sp Marseille P3166 B23 0.024 8 0.013 0 0.028 8 0.293 6 B. sp Marseille P3208T B24 0.000 4 0.001 2 0.000 4 0.000 4 B. stercoris B25 0.101 5 0.226 3 0.039 9 0.006 0 B. thetaiotaomicron B26 0.026 5 0.022 7 0.009 4 0.003 3 B. vulgatus B27 0.004 7 0.020 4 0.013 4 0.000 3 Prevotella heparinolytica B28 0.002 9 0.000 9 0.000 0 0.000 0
【参考文献】：
博士论文
[1]健康人群肠道中低丰度拟杆菌的筛选及生理作用研究[D]. 谭惠子.江南大学 2019
本文编号：3005052
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