黔北麻羊UCP2基因组织表达及其多态性与生长性状的关联分析
发布时间：2021-01-31 02:51
本研究旨在探讨黔北麻羊解耦联蛋白2（uncoupling protein 2,UCP2）基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为黔北麻羊的育种改良提供理论依据。以200头6月龄黔北麻羊为研究对象,采用直接测序法检测黔北麻羊UCP2基因的SNP位点,并将其与黔北麻羊生长性状进行关联分析;实时荧光定量PCR检测UCP2基因在黔北麻羊不同组织中的表达水平。结果显示,UCP2基因存在4个SNPs位点,分别为:g.29614172 A>G、g.29619320 G>T、g.29619721 C>T和g.29620037 A>G,均产生3种基因型,其中g.29619320 G>T和g.29620037 A>G为错义突变,g.29619320 G>T突变导致甘氨酸（Gly）变为半胱氨酸（Cys）,g.29620037 A>G突变导致苏氨酸（Thr）突变为丙氨酸（Ala）。多态信息含量显示,4个SNPs位点均表现为中度多态（0.25<PIC<0.5）。χ2检验结果表明,g.29614172 A>G、g.296...
【文章来源】：中国畜牧兽医. 2020,47(07)北大核心
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
UCP2基因PCR扩增结果
进行单个样本直接测序,测序结果经DNAStar软件比对分析发现,在黔北麻羊UCP2基因上存在4个SNPs位点,分别为:g.29614172 A>G、g.29619320 G>T、g.29619721 C>T和g.29620037 A>G,其中g.29614172 A>G位于5′UTR区域,产生3种基因型:AA、AG和GG;g.29619320 G>T位于外显子5,产生3种基因型:GG、GT和TT;g.29619721 C>T位于内含子6,产生3种基因型:CC、CT和TT;g.29620037 A>G位于外显子7,产生3种基因型:AA、AG和GG(图2)。g.29619320 G>T和g.29620037 A>G均为错义突变位点,g.29619320 G>T位点编码甘氨酸(Gly)突变为半胱氨酸(Cys),g.29620037 A>G位点苏氨酸(Thr)突变为丙氨酸(Ala)。2个突变会导致该氨基酸位点与其他氨基酸分子间作用力及空间距离发生改变,从而影响蛋白质二级结构。2.3 UCP2基因多态位点遗传学分析
表4 黔北麻羊UCP2基因4个SNPs位点连锁不平衡分析Table 4 Linkage disequilibrium analysis of UCP2 gene 4 SNPs in Qianbei Ma goats SNPs g.29614172 A>G g.29619320 G>T g.29619721 C>T g.29620037 A>G g.29614172 A>G - 1.000 1.000 0.479 g.29619320 G>T 0.168 - 1.000 0.514 g.29619721 C>T 0.211 0.796 - 0.544 g.29620037 A>G 0.066 0.155 0.218 - 对角线上方为D’值，D’=1为完全连锁，D’=0为无连锁或连锁平衡；对角线下方为r2值，r2=1为完美连锁，r2>0.33为强连锁，r2=0为无连锁或连锁平衡D’value is above the diagonal,D’=1means full linkage,D’=0means no linkage or linkage equilibrium;r2 value is below the diagonal,r2=1means perfect linkage,r2>0.33means strong linkage,r2=0means no linkage or linkage equilibrium2.5 UCP2基因多态性与黔北麻羊生长性状的关联分析
本文编号：3010083
【文章来源】：中国畜牧兽医. 2020,47(07)北大核心
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
UCP2基因PCR扩增结果
进行单个样本直接测序,测序结果经DNAStar软件比对分析发现,在黔北麻羊UCP2基因上存在4个SNPs位点,分别为:g.29614172 A>G、g.29619320 G>T、g.29619721 C>T和g.29620037 A>G,其中g.29614172 A>G位于5′UTR区域,产生3种基因型:AA、AG和GG;g.29619320 G>T位于外显子5,产生3种基因型:GG、GT和TT;g.29619721 C>T位于内含子6,产生3种基因型:CC、CT和TT;g.29620037 A>G位于外显子7,产生3种基因型:AA、AG和GG(图2)。g.29619320 G>T和g.29620037 A>G均为错义突变位点,g.29619320 G>T位点编码甘氨酸(Gly)突变为半胱氨酸(Cys),g.29620037 A>G位点苏氨酸(Thr)突变为丙氨酸(Ala)。2个突变会导致该氨基酸位点与其他氨基酸分子间作用力及空间距离发生改变,从而影响蛋白质二级结构。2.3 UCP2基因多态位点遗传学分析
表4 黔北麻羊UCP2基因4个SNPs位点连锁不平衡分析Table 4 Linkage disequilibrium analysis of UCP2 gene 4 SNPs in Qianbei Ma goats SNPs g.29614172 A>G g.29619320 G>T g.29619721 C>T g.29620037 A>G g.29614172 A>G - 1.000 1.000 0.479 g.29619320 G>T 0.168 - 1.000 0.514 g.29619721 C>T 0.211 0.796 - 0.544 g.29620037 A>G 0.066 0.155 0.218 - 对角线上方为D’值，D’=1为完全连锁，D’=0为无连锁或连锁平衡；对角线下方为r2值，r2=1为完美连锁，r2>0.33为强连锁，r2=0为无连锁或连锁平衡D’value is above the diagonal,D’=1means full linkage,D’=0means no linkage or linkage equilibrium;r2 value is below the diagonal,r2=1means perfect linkage,r2>0.33means strong linkage,r2=0means no linkage or linkage equilibrium2.5 UCP2基因多态性与黔北麻羊生长性状的关联分析
本文编号：3010083
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3010083.html
