南昌地区圈养野生动物肠道微生物多样性分析
发布时间：2021-02-02 10:03
近年来,随着人类活动范围增大以及过度的砍伐森林和非法猎杀野生动物,野生动物栖息地遭到破坏,种群数量减少。保护野生动物种群的生存和繁衍,改善野生动物生存环境迫在眉睫。因此,国内外越来越多的科研人开始关注和研究野生动物。但是对野生动物肠道微生物的研究相对较少,大部分研究依然使用传统培养方法进行,结果不够全面准确。高通量测序技术因经济快捷、准确性好、灵敏度高和通量高而被广泛用于对人和动物肠道微生物研究。该技术能够较全面准确的展示肠道微生物整体环境。而提取高质量肠道微生物的总DNA又是利用高通量测序技术研究肠道微生物的前提。提取的总DNA质量好坏将影响后续实验结果精确性和准确性,但现今没有统一的提取标准,不同方法提取肠道微生物总DNA的质量存在巨大的差异。因此,找到合适的提取肠道微生物总DNA的方法尤为重要。本研究具体内容如下:1、野生动物粪便DNA提取方法对比研究本研究选取6种提取方法与2种提取策略组合,同时提取草食性和肉食性野生动物粪便总DNA。结果表明,方法1直接提取肉食性野生动物粪便微生物总DNA和方法3预处理提取的草食性野生动物粪便微生物总DNA质量较高,能较好反映粪便的微生多样性。...
【文章来源】：江西农业大学江西省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
种方法提取4组粪便样品总DNA图
分析仪下观察（图 2.2）。从图中可以看出，CP1-HN1都有明显的特异性条带，只有HN1有轻微拖带；HP2、HN2有明显的特异性条带，但同时存在拖带情况；CP2、CN2没有明显特异性条带且降解较为严重；CP3没有明显的特异性条带，HP3-CN3都有特异性条带，但 CN3、HN3有严重的降解和拖带；CP4-CN4没有特异性条带，HN4有轻微的特异性条带，4 组都没有明显降解和拖带；CP5-HN5都有特异性条带，但都伴随着严重的拖带和降解；CP6-HN6没有明显条带，且降解严重，以上所有特异性条带大小都为23kb 左右。综上我们可知对于肉食动物粪便方法 1 较其他的方法提取效果好；对草食动物粪便方法 3 预处理提取和方法 1 较其他方法效果好。
合酶活性导致无法进行扩增反应，这与目测总 DNA 溶液颜色及透明度结果除方法 5 外，方法 1-4 提取 HP组（预处理草食动物组）总 DNA 扩增产物有异性条带，条带大小为 1500bp 与扩增目的条带大小相符，这说明在提取食便动物粪便时适当的预处理能够减少总 DNA 中抑制 PCR 聚合酶活性的物知提取草食动物粪便总 DNA 时，方法 1-4 加上预处理提取效果较好，其他。食肉动物粪便组（CP、CN）提取时，方法 6 提取重复性较差；而方法 3 提肉食动物未处理粪便组）重复性差，提取 CP（肉食动物预处理粪便组）有性条带；方法 1、2、4、5 提取肉食动物粪便总 DNA 都能扩增出特异性条 1、2 提取 CP（肉食动物预处理粪便组）的总 DNA 扩增条带亮度比提取 CN（未处理粪便组）总 DNA 扩增条带高。方法 4、5 提取肉食动物粪便组不受影响，都能扩增出较亮的条带。因此可知，方法 4、5 和方法 1、2 加上预处食动物粪便效果最好，方法 1、2 直接提取肉食动物粪便效果次之，其他方
【参考文献】：
期刊论文
[1]CTAB法提取质粒DNA的探讨[J]. 张素娥,张潇月,刘辉,张显忠. 泰山医学院学报. 2017(03)
[2]藏山羊粪便总DNA不同提取方法的比较[J]. 郭政宏,舒邦杰,严亨秀. 黑龙江畜牧兽医. 2016(07)
[3]林麝粪便细菌多样性研究[J]. 周美丽,王立志,闫天海,杨营,徐琴,王继文,郭伟. 中国农业大学学报. 2016(02)
[4]云南和西藏四处热泉中的厚壁菌门多样性[J]. 宋兆齐,王莉,刘秀花,梁峰. 生物技术. 2015(05)
[5]山羊粪便总DNA提取方法的比较[J]. 李霞,陈新诺,王蕾,姚梅,刘芳田,岳华. 四川畜牧兽医. 2015(01)
[6]不同食性动物肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱分析[J]. 罗永久,钟志军,彭广能,唐天亮,解冰冰,王承东,吴江兰,刘俊卿,孙鸿雁,石锦江. 中国兽医学报. 2014(11)
[7]细菌基因组DNA提取方法概述[J]. 郝敏,刘占英,杨天舒. 生物学通报. 2014(03)
[8]用于分子生物学检测的粪便DNA的提取方法优化[J]. 陈思媛,郭明璋,贺晓云,梁志宏,许文涛,黄昆仑. 农业生物技术学报. 2013(12)
[9]两种提取肠道微生物总DNA方法的比较[J]. 梁金花,杨景云,张虎,朱金玲,杨春佳,崔刚. 中国微生态学杂志. 2010(05)
[10]猪粪样DNA提取方法的比较[J]. 曾志光,王红宁,唐俊妮,高荣,付利芝,翟少钦,付文贵,管仲兵. 中国兽医杂志. 2009(08)
硕士论文
[1]基于16S rRNA基因的喜马拉雅塔尔羊、岩羊和欧洲盘羊的肠道微生态研究[D]. 孙国雷.曲阜师范大学 2017
[2]基于16S rDNA的豺、狼、家犬肠道微生态研究[D]. 吴晓阳.曲阜师范大学 2016
[3]雪豹肠道菌群多样性研究[D]. 刘广帅.曲阜师范大学 2013
[4]人工饲养条件下虎肠道菌群结构研究[D]. 田银平.东北林业大学 2013
[5]PCR-DGGE对六种淡水鱼类肠道菌群结构的比较研究[D]. 许振国.曲阜师范大学 2009
[6]大熊猫非损伤性样品DNA的提取和SSR标记的分离[D]. 钟华.华中师范大学 2004
本文编号：3014515
【文章来源】：江西农业大学江西省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
种方法提取4组粪便样品总DNA图
分析仪下观察（图 2.2）。从图中可以看出，CP1-HN1都有明显的特异性条带，只有HN1有轻微拖带；HP2、HN2有明显的特异性条带，但同时存在拖带情况；CP2、CN2没有明显特异性条带且降解较为严重；CP3没有明显的特异性条带，HP3-CN3都有特异性条带，但 CN3、HN3有严重的降解和拖带；CP4-CN4没有特异性条带，HN4有轻微的特异性条带，4 组都没有明显降解和拖带；CP5-HN5都有特异性条带，但都伴随着严重的拖带和降解；CP6-HN6没有明显条带，且降解严重，以上所有特异性条带大小都为23kb 左右。综上我们可知对于肉食动物粪便方法 1 较其他的方法提取效果好；对草食动物粪便方法 3 预处理提取和方法 1 较其他方法效果好。
合酶活性导致无法进行扩增反应，这与目测总 DNA 溶液颜色及透明度结果除方法 5 外，方法 1-4 提取 HP组（预处理草食动物组）总 DNA 扩增产物有异性条带，条带大小为 1500bp 与扩增目的条带大小相符，这说明在提取食便动物粪便时适当的预处理能够减少总 DNA 中抑制 PCR 聚合酶活性的物知提取草食动物粪便总 DNA 时，方法 1-4 加上预处理提取效果较好，其他。食肉动物粪便组（CP、CN）提取时，方法 6 提取重复性较差；而方法 3 提肉食动物未处理粪便组）重复性差，提取 CP（肉食动物预处理粪便组）有性条带；方法 1、2、4、5 提取肉食动物粪便总 DNA 都能扩增出特异性条 1、2 提取 CP（肉食动物预处理粪便组）的总 DNA 扩增条带亮度比提取 CN（未处理粪便组）总 DNA 扩增条带高。方法 4、5 提取肉食动物粪便组不受影响，都能扩增出较亮的条带。因此可知，方法 4、5 和方法 1、2 加上预处食动物粪便效果最好，方法 1、2 直接提取肉食动物粪便效果次之，其他方
【参考文献】：
期刊论文
[1]CTAB法提取质粒DNA的探讨[J]. 张素娥,张潇月,刘辉,张显忠. 泰山医学院学报. 2017(03)
[2]藏山羊粪便总DNA不同提取方法的比较[J]. 郭政宏,舒邦杰,严亨秀. 黑龙江畜牧兽医. 2016(07)
[3]林麝粪便细菌多样性研究[J]. 周美丽,王立志,闫天海,杨营,徐琴,王继文,郭伟. 中国农业大学学报. 2016(02)
[4]云南和西藏四处热泉中的厚壁菌门多样性[J]. 宋兆齐,王莉,刘秀花,梁峰. 生物技术. 2015(05)
[5]山羊粪便总DNA提取方法的比较[J]. 李霞,陈新诺,王蕾,姚梅,刘芳田,岳华. 四川畜牧兽医. 2015(01)
[6]不同食性动物肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱分析[J]. 罗永久,钟志军,彭广能,唐天亮,解冰冰,王承东,吴江兰,刘俊卿,孙鸿雁,石锦江. 中国兽医学报. 2014(11)
[7]细菌基因组DNA提取方法概述[J]. 郝敏,刘占英,杨天舒. 生物学通报. 2014(03)
[8]用于分子生物学检测的粪便DNA的提取方法优化[J]. 陈思媛,郭明璋,贺晓云,梁志宏,许文涛,黄昆仑. 农业生物技术学报. 2013(12)
[9]两种提取肠道微生物总DNA方法的比较[J]. 梁金花,杨景云,张虎,朱金玲,杨春佳,崔刚. 中国微生态学杂志. 2010(05)
[10]猪粪样DNA提取方法的比较[J]. 曾志光,王红宁,唐俊妮,高荣,付利芝,翟少钦,付文贵,管仲兵. 中国兽医杂志. 2009(08)
硕士论文
[1]基于16S rRNA基因的喜马拉雅塔尔羊、岩羊和欧洲盘羊的肠道微生态研究[D]. 孙国雷.曲阜师范大学 2017
[2]基于16S rDNA的豺、狼、家犬肠道微生态研究[D]. 吴晓阳.曲阜师范大学 2016
[3]雪豹肠道菌群多样性研究[D]. 刘广帅.曲阜师范大学 2013
[4]人工饲养条件下虎肠道菌群结构研究[D]. 田银平.东北林业大学 2013
[5]PCR-DGGE对六种淡水鱼类肠道菌群结构的比较研究[D]. 许振国.曲阜师范大学 2009
[6]大熊猫非损伤性样品DNA的提取和SSR标记的分离[D]. 钟华.华中师范大学 2004
本文编号：3014515
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