胸膜肺炎放线杆菌转录组学及yajC基因缺失株的生物学特性研究
发布时间：2021-02-06 12:06
胸膜肺炎放线杆菌（Actinobacillus pleuropneumoniae,App）为革兰阴性的小球杆菌,可引起猪传染性胸膜肺炎,乃集约化猪场常见传染病之一。胸膜肺炎放线杆菌App6菌株,是本实验室前期分离于典型性猪传染性胸膜肺炎病例、血清型为5b型的强毒力菌株。经药敏试验发现,该菌株具有多重耐药性,包括氟苯尼考、氯霉素、四环素、阿米卡星、卡那霉素、链霉素、替米考星、红霉素、克林霉素、林可霉素和磺胺甲噁唑等。为解析该强毒力菌株的多重耐药性,并为后续该强毒力菌株的研究提供资料,对该菌株进行了全基因组完成图测序分析。App6基因组全长2409072bp,平均GC含量为41.49%,与其他已报道的App菌株相似;共预测得到2265个可读框、61个tRNA和19个rRNA操纵子;未发现质粒DNA的存在。此外,在App6基因组中发现了SXT/R391类型的整合性接合元件,命名为ICEAplChn1,该元件包含8个可变插入区,包括VRII、VRIII、HS1、HS2、HS3、HS4、HS5和一个新的插入区,命名为VRVI;ICEAplChn1携带了7个抗生素耐药基因tet（A）、erm（42...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：114 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
胸膜肺炎放线杆菌的获铁系统(Bosse,etal.,2002)
论文 （tandem DNA repeats）与 App 血清 1 型的 4074 菌2008）对我国流行的 App 血清 3 型的 JL03 菌株进行03 菌株无 ApxI 毒素，并鉴定了 apxIVA 中的无义突力特性。英国学者 Bosse 等（2016）公布了 App 血清图，鉴于 MIDG2331 菌株适合自然转化(natural基因操作，使得该菌株成为研究 App 基因功能的理登录基因组进行 BLAST 构建系统树状图，见图 1.2，ncbi.nlm.nih.gov/genome/genomes/163）。
已在γ-变形菌门（γ-Proteobacteria）的多种细菌中得到鉴定，包括奇异变形杆菌（Proteusmirabilis）、Providencia alcalifaciens、腐败希瓦氏菌(Shewanella putrefaciens)等(Li et al., 2018)。目前，已构建了 ICEs 元件的数据库(http://db-mml.sjtu.edu.cn/ICEberg) ，其中包含了已知 ICEs 的相关详细特征。截至 2018 年 5 月，该数据库中收纳了 89 个 SXT/R391 成员，其中 66 个成员通过试验方法得到确定。1.2.2.2 SXT/R391 元件的结构及转移SXT/R391家族ICEs长度可达79kb-110kb，均呈现出典型的“马赛克式”结构特征，即在保守的骨架序列中插入多种多样的可变区序列。SXT/R391家族的保守骨架区基因/序列有大于95%的同源性，长度约50kb大小，其编码的52个保守核心基因可完全实现其自身的整合/剪切、接合转移和调控的功能(Ceccarelli et al., 2008; Poulin-Laprade and Burrus, 2015; Poulin-Laprade et al., 2015;Wozniak,etal.,2009)。以上述保守区50kbDNA片段为基础骨架，插入名为可变区（VRI-V）和“热点（hotspots）”(HS1-5)的可变插入区，包含了细菌应对不同环境的适应性基因，如抗生素和重金属离子的抗性、生物被膜的形成、细菌的运动能力、毒素-抗毒素系统（toxin-antitoxin systems）、限制修饰系统（restriction modification systems）以及替代代谢途径(alternative metabolic pathways)等基因(Bordeleau etal., 2010;Rodríguez-Blanco etal., 2012;Wozniak,etal.,2009;Wozniak andWaldor,2009)。Wozniak 等（2009）比较分析了13个SXT/R391元件的结构特点，并确定了SXT/R391元件的保守骨架区和可变插入区，见图1.3，图中箭头表示基因及其转录方向。
本文编号：3020584
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：114 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
胸膜肺炎放线杆菌的获铁系统(Bosse,etal.,2002)
论文 （tandem DNA repeats）与 App 血清 1 型的 4074 菌2008）对我国流行的 App 血清 3 型的 JL03 菌株进行03 菌株无 ApxI 毒素，并鉴定了 apxIVA 中的无义突力特性。英国学者 Bosse 等（2016）公布了 App 血清图，鉴于 MIDG2331 菌株适合自然转化(natural基因操作，使得该菌株成为研究 App 基因功能的理登录基因组进行 BLAST 构建系统树状图，见图 1.2，ncbi.nlm.nih.gov/genome/genomes/163）。
已在γ-变形菌门（γ-Proteobacteria）的多种细菌中得到鉴定，包括奇异变形杆菌（Proteusmirabilis）、Providencia alcalifaciens、腐败希瓦氏菌(Shewanella putrefaciens)等(Li et al., 2018)。目前，已构建了 ICEs 元件的数据库(http://db-mml.sjtu.edu.cn/ICEberg) ，其中包含了已知 ICEs 的相关详细特征。截至 2018 年 5 月，该数据库中收纳了 89 个 SXT/R391 成员，其中 66 个成员通过试验方法得到确定。1.2.2.2 SXT/R391 元件的结构及转移SXT/R391家族ICEs长度可达79kb-110kb，均呈现出典型的“马赛克式”结构特征，即在保守的骨架序列中插入多种多样的可变区序列。SXT/R391家族的保守骨架区基因/序列有大于95%的同源性，长度约50kb大小，其编码的52个保守核心基因可完全实现其自身的整合/剪切、接合转移和调控的功能(Ceccarelli et al., 2008; Poulin-Laprade and Burrus, 2015; Poulin-Laprade et al., 2015;Wozniak,etal.,2009)。以上述保守区50kbDNA片段为基础骨架，插入名为可变区（VRI-V）和“热点（hotspots）”(HS1-5)的可变插入区，包含了细菌应对不同环境的适应性基因，如抗生素和重金属离子的抗性、生物被膜的形成、细菌的运动能力、毒素-抗毒素系统（toxin-antitoxin systems）、限制修饰系统（restriction modification systems）以及替代代谢途径(alternative metabolic pathways)等基因(Bordeleau etal., 2010;Rodríguez-Blanco etal., 2012;Wozniak,etal.,2009;Wozniak andWaldor,2009)。Wozniak 等（2009）比较分析了13个SXT/R391元件的结构特点，并确定了SXT/R391元件的保守骨架区和可变插入区，见图1.3，图中箭头表示基因及其转录方向。
本文编号：3020584
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3020584.html
