闽西地区猪流行性腹泻病毒FJLY1703株基因特征及遗传进化分析

发布时间：2021-02-22 08:02

　　为阐明闽西地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传进化和重组事件。本研究从福建龙岩感染PEDV仔猪送检样品中鉴定出1株PEDV（闽西FILY1703株）,采用PCR方法扩增其N、E、M以及S基因序列并测序。N、E、M以及S基因同源性及进化分析显示,FJLY1703株与CV777等早期经典株同源性较低且亲缘关系较远,而与2010年后国内分离株的同源性较高且进化关系较近。S基因编码的氨基酸序列与疫苗株CV777 S蛋白的氨基酸序列相比,FJLY1703株S蛋白抗原表位COE中存在8个突变,这些变化与2010年后中国PEDV分离株相似;且FJLY1703株E、M以及N基因编码的氨基酸序列中分别存在1个、3个和12个突变位点,均与我国当前流行株突变位点相似。S基因的重组分析表明,FJLY1703株是一株以CV777株为代表的早期经典株与2010年后PEDV变异株的重组流行株,上述研究结果提示在闽西地区需要研制针对PEDV流行株的疫苗来控制PEDV的感染。本研究为闽西地区PEDV流行病学研究提供参考依据。 

【文章来源】：中国预防兽医学报. 2020,42(04)北大核心

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

S基因重组事件分析

利用特异性引物，以1.4中获得的PEDV c DNA为模板，PCR扩增其E、M、N和S基因的4个片段。结果显示，获得231 bp、681 bp、1 326 bp、1 031 bp、1 146 bp、1 154 bp和1 355 bp的目的条带，均与预期相符（图1）。测序结果显示，所获得的基因序列均为PEDV相应目的基因大小一致（图1）。表明，获得PEDV FJLY1703株4个结构基因目的片段。2.2 PEDV结构基因的同源性分析

利用GARD对FJLY1703株S基因进行系统发育不一致和重组事件的比对分析与初步筛选。结果显示，其突变点主要位于S基因5"端1 000 bp～1 500 bp之间（图3）。通过SimPlotv.3.5.1评价S基因核苷酸序列的相似性，结果显示FJLY1703株在S基因核苷酸序列5"端1 bp～1 200 bp区域与G1群病毒株相似性较低，而与G2b亚群以及G2a亚群病毒株相似性较高，推测这一区域可能来自于G2群病毒株，即来自PEDV流行变异株。同时，FJLY1703株S基因1 200 bp～4 101 bp区域与G1群病毒株相似性高，推测这一区域可能来自于G1群病毒株，即PEDV早期经典株（图4）。上述结果表明，FJLY1703株为一株经典株与变异株重组的闽西地区流行变异株。图4 S基因重组事件分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]闽西地区猪流行性腹泻病毒M基因遗传进化及分子结构特征分析[J]. 董波,安永帅,戴爱玲,李晓华,杨小燕.  浙江农业学报. 2018(06)



本文编号：3045693