西门塔尔牛单体型及拷贝数图谱构建和部分屠宰性状的关联分析
发布时间：2021-03-09 13:42
随着基因分型技术以及高通量测序技术的飞速发展,使得畜禽重要经济性状的精细基因定位成为可能。本研究以807头西门塔尔牛为研究对象,采用Illumina BovineHD基因分型技术,构建群体的全基因组单体型块和拷贝数变异图谱并进行了针对里脊重和金钱腱重的全基因组关联分析研究,以期通过对西门塔尔牛全基因组不同类型遗传变异的深入了解,为后续实施分子育种提供重要的前提和基础。本论文研究内容如下：采用基于最大似然算法（EM）的PLINK软件对本群体的连锁不平衡情况进行筛查,然后根据r2值构建出各个单体型块。最终在西门塔尔牛基因组获得了92553个单体型区域。其中最大的单体型块含有SNP的个数为116,最小的仅含有2个SNP,所有单体型共包含526822个SNP。单体型块的长度从22bp到199Kb不等,每个单体型块的平均长度为5.69Mb,总共覆盖西门塔尔牛全基因组1.62Gb的长度。接下来又进行了基于单体型和基于单位点的全基因组关联分析研究,分别发现了与里脊重显著相关的7个基因和与金钱腱重显著相关的3个基因。分别利用Penncnv和CNVpartition软件包对个体拷贝数变异进行检测,并根据...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
单体型概念示意图
然后沿耻骨前下方把里脊副出，然后由里脊头向里脊尾，逐个剥离腰椎横突，取下完整的里脊（图2.1)。■■■■■,图2.1里脊部位示意图Figure 2, 1 Site of tenderloin金钱腱为牛前腱，取自前腿时关节至腕关节处的精肉。修整时，必须去掉脂肪和暴露的筋腱，保持肉质新鲜，形态完整（图2.2)。12
表3. 2 Q-PCR引物及内参基因Table 3-2 Information of primer pairs for selected CNVRs and reference genes编号 染色体 类型 长度 引物序列CNVR No. Chr. Type Length(bp) Primer sequence(5’-3’）89-F 6 Loss 148 CAGGTTCGATGCACGATACT89-R 6 Loss 148 ATTGGTTTTGCCATATATCAACA194-F 12 both 102 GAGCTATTACCTCTTACTTCTCCCTG194~R 12 both 102 GTTTGAAATCCCACTCTACCACTTA189-F 12 Loss 205 TTTTACTTGTGCCTTGCTCTG189-R 12 Loss 205 GTCTCAGTGATGATCAGGCAGC283-F 21 Gain 151 AAAGCCTTGAAGCATACC283-R 21 Gain 151 CATTGACGCCAAACTCTC229-F 15 both 110 GCACTGTAGCACTGAACTCTATTGA229-R 15 both 110 GCATAGTAATAGGAACAGACTCCAAGG391-F X Gain 179 GGAAGCCAGAATAGTGAATG391-R X Gain 179 TGAGGTCCAAGTGAGCGTAT96-F 7 both 115 CAACACTAGCCCCTAACTTTGTCTAC96-R 7 both 115 CTTGCTTCATCATATTCAAGGTCATABTF3-F 20 163 GGCAGCAAACACTTTCACCATTBTF3-R 20 163 AGCAAAACCGCTACTAGCAAACTC
本文编号：3072945
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
单体型概念示意图
然后沿耻骨前下方把里脊副出，然后由里脊头向里脊尾，逐个剥离腰椎横突，取下完整的里脊（图2.1)。■■■■■,图2.1里脊部位示意图Figure 2, 1 Site of tenderloin金钱腱为牛前腱，取自前腿时关节至腕关节处的精肉。修整时，必须去掉脂肪和暴露的筋腱，保持肉质新鲜，形态完整（图2.2)。12
表3. 2 Q-PCR引物及内参基因Table 3-2 Information of primer pairs for selected CNVRs and reference genes编号 染色体 类型 长度 引物序列CNVR No. Chr. Type Length(bp) Primer sequence(5’-3’）89-F 6 Loss 148 CAGGTTCGATGCACGATACT89-R 6 Loss 148 ATTGGTTTTGCCATATATCAACA194-F 12 both 102 GAGCTATTACCTCTTACTTCTCCCTG194~R 12 both 102 GTTTGAAATCCCACTCTACCACTTA189-F 12 Loss 205 TTTTACTTGTGCCTTGCTCTG189-R 12 Loss 205 GTCTCAGTGATGATCAGGCAGC283-F 21 Gain 151 AAAGCCTTGAAGCATACC283-R 21 Gain 151 CATTGACGCCAAACTCTC229-F 15 both 110 GCACTGTAGCACTGAACTCTATTGA229-R 15 both 110 GCATAGTAATAGGAACAGACTCCAAGG391-F X Gain 179 GGAAGCCAGAATAGTGAATG391-R X Gain 179 TGAGGTCCAAGTGAGCGTAT96-F 7 both 115 CAACACTAGCCCCTAACTTTGTCTAC96-R 7 both 115 CTTGCTTCATCATATTCAAGGTCATABTF3-F 20 163 GGCAGCAAACACTTTCACCATTBTF3-R 20 163 AGCAAAACCGCTACTAGCAAACTC
本文编号：3072945
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