7号染色体公猪繁殖性状QTL精细定位与位置候选基因鉴别研究

发布时间：2021-03-14 13:50

　　公猪繁殖性状是养猪生产中的重要经济性状，但该性状遗传力低，通过常规育种难以获得好的改良效果，开展对公猪繁殖性状分子遗传机理的研究，不仅可为种公猪的选育和改良提供新型分子育种技术，还将为人类的男性繁殖疾病的研究提供有价值的参考。本实验以205头白色杜洛克×二花脸资源家系F2公猪群体为研究对象，选择附睾重、血浆睾酮浓度、精液品质等繁殖性状为研究内容。在前期7号染色体上初步定位的影响附睾重的QTL置信区间增加14个SNPs位点，应用实时定量Taqman PCR技术或直接测序对205头F2公猪及其父本和母本进行基因型判定后精细定位该QTL，其置信区间由原来的24.5cM（48.5～73cM）缩小至15cM（57～72cM），F值由原来的23.76上升至45.24；另一个影响血浆睾酮浓度的QTL置信区间由原来的70.5cM（4.5～75cM）缩小至33cM（40～73cM），F值由原来的10.68上升至14.87。通过基因型填补（Genotype Imputation）获得该205头F2公猪个体的60K SNP基因型， GWAS分析后在7号染色体发现28个与附睾重、精子密度、总精子数等公猪繁殖性... 

【文章来源】：江西农业大学江西省

【文章页数】：45 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1 公猪繁殖性状在养猪生产中的重要经济意义
    2 公猪繁殖性状的 QTL 定位结果
        2.1 7 号染色体上公猪繁殖性状的 QTL 定位结果
        2.2 其它染色体上公猪繁殖性状的 QTL 定位结果
    3 公猪繁殖性状候选基因的研究状况
        3.1 7 号染色体公猪繁殖性状候选基因研究进展
        3.2 其它染色体公猪繁殖性状候选基因研究进展
    4 基因型填补（Genotype Imputation）
        4.1 基因型填补的原理
        4.2 常用的算法和软件
    5 基因型填补 GWAS 在哺乳动物中的研究状况
    6 MEA1、TEP1 基因在哺乳动物中的研究进展
    7 本研究的目的和意义
第二章 研究正文
    1 引言
    2 实验材料与方法
        2.1 实验动物及 DNA 样品制备
        2.2 主要试剂和实验设备
            2.2.1 主要试剂
            2.2.2 实验设备
        2.3 公猪繁殖性状 QTL 精细定位
            2.3.1 新增 SNP 标记的选择
            2.3.2 SNPs 位点的基因型判定
            2.3.3 精细定位统计方法
        2.4 公猪繁殖性状基因型填补 GWAS 统计分析
        2.5 位置候选基因的鉴别研究
            2.5.1 位置候选基因的筛选
            2.5.2 MEA1 基因多态位点与公猪繁殖性状的关联性分析
            2.5.3 TEP1 基因多态位点与公猪繁殖性状的关联性分析
            2.5.4 MEA1、TEP1 基因在附睾及不同组织中的表达
    3 实验结果
        3.1 7 号染色体影响公猪繁殖性状的 QTL 精细定位
        3.2 7 号染色体影响公猪繁殖性状的基因型填补 GWAS 分析结果
        3.3 7 号染色体影响公猪繁殖性状的基因型填补 GWAS 验证结果
        3.4 位置候选基因多态位点与公猪繁殖性状的关联性分析和 F-drop 分析结果
        3.5 位置候选基因的表达分析结果
            3.5.1 MEA1 基因型与该基因在附睾组织表达量的关联性
            3.5.2 TEP1 基因型与该基因在附睾组织表达量的关联性
            3.5.3 MEA1、TEP1 基因 QTT 分析结果
            3.5.4 MEA1、TEP1 基因在不同组织中的表达情况
    4 分析与讨论
        4.1 7 号染色体公猪繁殖性状 QTL 精细定位
        4.2 公猪繁殖性状基因型填补 GWAS 分析
        4.3 影响公猪繁殖性状的两个位置功能候选基因的鉴别研究
    5 小结
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]全基因组关联性研究的基因型填补[J]. 赵杨,戴俊程,柏建岭,彭志行,于浩,沈洪兵,陈峰.  中国卫生统计. 2011(06)
[2]全基因组关联研究的深度分析策略[J]. 权晟,张学军.  遗传. 2011(02)
[3]基因型填补的原理与方法及其在遗传流行病学研究中的应用[J]. 莫兴波,顾东风.  中华流行病学杂志. 2010 (06)
[4]猪繁殖力主基因和QTL的研究进展[J]. 李凤娥,熊远著,邓昌彦.  国外畜牧学(猪与禽). 2003(04)
[5]精子发生中的端粒与端粒酶[J]. 王咏梅,王传发.  中华男科学. 2001(05)
[6]人肝细胞癌中抑癌基因PTEN/MMAC1/TEP1的突变分析[J]. 张利能,俞强,贺建宇.  实验生物学报. 2000(03)
[7]猪遗传研究的进展[J]. 柳淑芳,杜立新,岳永生.  国外畜牧学(猪与禽). 1999(05)
[8]猪繁殖性状的遗传改良方法[J]. 胡锦平.  浙江畜牧兽医. 1989(03)

博士论文
[1]猪5号染色体耳面积QTL精细定位及其因果基因的初步鉴别[D]. 李平华.江西农业大学 2012

硕士论文
[1]猪六个功能基因变异的分析及其对繁殖性状的影响[D]. 高建.华中农业大学 2007



本文编号：3082304