几种宿主因子在PCV2感染过程中的作用研究
发布时间：2021-03-25 23:03
猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV2）引起猪圆环病毒病（Porcine circovirus diseases,PCVDs）或猪圆环病毒相关疾病（Porcine circovirus-associated diseases,PCVADs）,严重危害全球养猪业。PCV2吸附在细胞表面的糖胺聚糖上,经胞吞入胞,并在胞内蛋白酶作用下将核酸释放进细胞质,之后,核酸在宿主因子的作用下转移至细胞核中进行复制,并依赖宿主元件进行组装,最后利用宿主因子释放出病毒粒子。因此,研究宿主因子在病毒感染过程中的作用有望解析PCV2的致病机制。本研究基于前期PCV2感染PK-15细胞的转录组测序（RNA Sequence,RNA-Seq）结果,通过生物信息学分析筛选PCV2感染相关的宿主因子。结果筛选出18个差异表达基因,包括12个上调基因和6个下调基因。同时,利用实时荧光定量PCR（Real-time quantitative PCR,RT-qPCR）方法对18个差异表达基因进行验证,发现5个下调基因HMGB2、CLDN6、TNFSF4、THBS1、IFNGR1的mRN...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：109 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
AMPK亚基结构域[70]
271.3结果1.3.1差异基因的筛选和分析前期的测序数据质量监控和差异基因筛选结果表明[96]：（1）测序结果良好、可利用率高；（2）实验组和对照组显著差异表达基因为3519个，显著上调基因为756个，2763个显著下调基因；（3）聚类分析结果显示，大多数差异基因由同一分支进化而来，且基因功能相似。这些结果表明，所获得的转录组数据可用于相关分析。因此，本研究对前期转录组数据进行进一步的分析验证。1.3.2差异表达基因GO分析基于前期转录组分析数据质量结果的分析，本研究分别对差异上调和下调基因进行GO分析，GO分类分析结果如图1.1所示，结果表明在生物学过程分类中差异表达基因集中于细胞过程；在细胞组分分类中，差异表达基因集中于二级分类的细胞中；在分子功能分类中，差异表达基因集中于分子结合。图1.1差异表达基因GO分类分析左图：差异表达上调基因右图：差异表达下调基因Fig.1.1GOanalysisofdifferentiallyexpressedgenes（DEGs）Left：DifferentiallyexpressedupregulatedgenesRight：Differentiallyexpresseddownregulatedgenes为进一步分析PCV2感染后PK-15细胞中与病毒感染相关的细胞因子，从图1.1中的生物学过程分类中选择Immunesystemprocess、Responsetostimulus、Signaing三个过程中的163个差异上调基因和440个差异下调基因分别进行GO富集分析。GO富集结果表明，差异上调基因主要集中于细胞刺激反应等过程；
28差异下调基因集中于细胞过程和细胞调控过程等（图1.2）。图1.2BP-差异表达基因GO富集分析左图：差异表达上调基因右图：差异表达下调基因Fig.1.2GOanalysisofBP-DEGsLeft：DifferentiallyexpressedupregulatedgenesRight：Differentiallyexpresseddownregulatedgenes1.3.3差异表达基因KEGG分析将筛选的163个差异上调基因和440个差异下调基因进行KEGG分析，从而对差异基因进行生物通路分类。KEGG通路分为6个分支：细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾并代谢、有机系统。KEGG分类分析结果表明：差异上调基因主要集中于有机系统中的免疫系统分类中；差异下调基因主要集中于环境信息处理的信号转导分类中（图1.3）。KEGG富集分析结果显示：差异上调基因集中于细胞因子受体互作、Toll样受体信号通路、趋化因子信号通路、NOD样受体信号通路和人类巨细胞病毒感染等；差异下调基因集中于癌症通路、MAPK通路和Ras信号通路等（图1.4）。KEGG富集结果进一步表明PCV2通过激活胞内DNA识别受体信号通路和负调控MAPK通路调节细胞免疫。
【参考文献】：
硕士论文
[1]PCV2对人源细胞系感染的研究及转录组分析[D]. 刘晓慧.吉林大学 2019
本文编号：3100476
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：109 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
AMPK亚基结构域[70]
271.3结果1.3.1差异基因的筛选和分析前期的测序数据质量监控和差异基因筛选结果表明[96]：（1）测序结果良好、可利用率高；（2）实验组和对照组显著差异表达基因为3519个，显著上调基因为756个，2763个显著下调基因；（3）聚类分析结果显示，大多数差异基因由同一分支进化而来，且基因功能相似。这些结果表明，所获得的转录组数据可用于相关分析。因此，本研究对前期转录组数据进行进一步的分析验证。1.3.2差异表达基因GO分析基于前期转录组分析数据质量结果的分析，本研究分别对差异上调和下调基因进行GO分析，GO分类分析结果如图1.1所示，结果表明在生物学过程分类中差异表达基因集中于细胞过程；在细胞组分分类中，差异表达基因集中于二级分类的细胞中；在分子功能分类中，差异表达基因集中于分子结合。图1.1差异表达基因GO分类分析左图：差异表达上调基因右图：差异表达下调基因Fig.1.1GOanalysisofdifferentiallyexpressedgenes（DEGs）Left：DifferentiallyexpressedupregulatedgenesRight：Differentiallyexpresseddownregulatedgenes为进一步分析PCV2感染后PK-15细胞中与病毒感染相关的细胞因子，从图1.1中的生物学过程分类中选择Immunesystemprocess、Responsetostimulus、Signaing三个过程中的163个差异上调基因和440个差异下调基因分别进行GO富集分析。GO富集结果表明，差异上调基因主要集中于细胞刺激反应等过程；
28差异下调基因集中于细胞过程和细胞调控过程等（图1.2）。图1.2BP-差异表达基因GO富集分析左图：差异表达上调基因右图：差异表达下调基因Fig.1.2GOanalysisofBP-DEGsLeft：DifferentiallyexpressedupregulatedgenesRight：Differentiallyexpresseddownregulatedgenes1.3.3差异表达基因KEGG分析将筛选的163个差异上调基因和440个差异下调基因进行KEGG分析，从而对差异基因进行生物通路分类。KEGG通路分为6个分支：细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾并代谢、有机系统。KEGG分类分析结果表明：差异上调基因主要集中于有机系统中的免疫系统分类中；差异下调基因主要集中于环境信息处理的信号转导分类中（图1.3）。KEGG富集分析结果显示：差异上调基因集中于细胞因子受体互作、Toll样受体信号通路、趋化因子信号通路、NOD样受体信号通路和人类巨细胞病毒感染等；差异下调基因集中于癌症通路、MAPK通路和Ras信号通路等（图1.4）。KEGG富集结果进一步表明PCV2通过激活胞内DNA识别受体信号通路和负调控MAPK通路调节细胞免疫。
【参考文献】：
硕士论文
[1]PCV2对人源细胞系感染的研究及转录组分析[D]. 刘晓慧.吉林大学 2019
本文编号：3100476
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3100476.html
