利用单细胞RNA测序技术鉴别鸡胸肌组织细胞亚群和特异性表达基因
发布时间：2021-03-26 14:05
作为肉鸡骨骼肌的主要组成部分,胸肌组织发育对肉鸡生产效率有着重要的影响。肌内脂肪（Intramuscular fat,IMF）是影响肉品质的关键指标之一,鸡的IMF无法从肌肉组织中直接分离出来,传统转录组得到IMF基因的表达易受肌肉细胞的干扰。因此,本研究利用单细胞RNA测序技术,检测两个不同发育阶段的胸肌组织,分析其异质性和细胞组成,筛选和鉴定IMF特异性表达基因,开发相关分子标记,为鸡肉品质分子机制的研究奠定基础。试验一鸡不同发育阶段胸肌细胞亚群及IMF特异基因鉴别。以生长早期5日龄（D5）和生长快速期100日龄（D100）的京星黄鸡IMF上选系为素材,分别提取胸肌组织原代肌细胞和IMF细胞,进行10×Genomics单细胞RNA测序。测序结果基于基因表达相似性进行分群,鉴定到D5胸肌组织共有10个细胞亚群,D100共有7个细胞亚群。D5胸肌组织中,亚群0、1、3、5、6为成肌细胞群;2和8两个亚群为脂肪细胞亚群,亚群4为红细胞群。而在D100组织中,仅鉴定到一个肌细胞群（cluster3）和一个脂肪细胞群（cluster4）。除此外D100中亚群0为红细胞群,亚群2为内皮细胞群,...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
猪骨骼肌肌纤维发育Fig.1-2Fiberdevelopmentinporcineskeletalmuscle
?∠宋?欢???纤维细胞系发育为肌肉中的基质血管部分，包括脂肪细胞，成纤维细胞和未分化的脂肪-纤维祖细胞（TAGAetal.,2012）。肌内脂肪细胞的发育也同样经历细胞发育的增生期和肥大期两个阶段，在胚胎发育期间，肌内脂肪组织的发育主要通过细胞数量的增加，到了胚胎后期和出生后生长发育阶段，主要通过肌内脂肪细胞体积的增大来实现。对于家禽来说，肌内脂肪组织的发育在胚胎期到出生后4~5周龄期间处于细胞增生期，在5~6周龄期间既有细胞数量的增加又有细胞体积的增大，当到了7周龄时肌内脂肪细胞则完全进入细胞肥大期（图1-3）（LEENSTRA,1986;MOUROTandHERMIER,2001）。从胚胎期到生长早期鸡肉中肌内脂肪的沉积从胚胎期17胚龄开始急剧增多，到出生后1日龄达到峰值，1日龄到14日龄肌内脂肪沉积又急剧下降（王红杨,2015）。图1-3鸡脂肪细胞发育阶段Fig.1-3Developmentstagesofadipocytesinchicken
序方法被开发出来，他们的共同点都是将带有条形码的微珠和单细胞在微流体装置中包裹在液滴中，然后在单个细胞内进行反转录，条形码连接在cDNA上。不同的是Drop-seq测序每次运行处理的细胞要数倍于inDROP测序，但inDROP的捕获效率要比Drop-seq的捕获效率高（MACOSKOetal.,2015）。到了2017年，10×Genomics单细胞测序技术面世，将带有条形码和引物的凝胶珠与单个细胞包裹在油滴中，油滴内10×Barcode与cDNA产物连接在一起后，打碎油滴以cDNA为模板进行扩增，然后进行文库构建和测序，即可一次性获得大量单细胞的基因表达情况（图1-4）。图1-4单细胞测序技术的发展历程Fig.1-4Developmentofsinglecellsequencingtechnologies1.4.2单细胞测序技术的应用单细胞测序技术在生殖，免疫，干细胞分化，肿瘤发生发展等领域发挥重要作用。Zheng等将六名肝细胞癌患者的外周血、肿瘤和邻近的正常组织中分离出的5,063个T细胞进行深度的单细胞RNA测序。根据这些单细胞的转录概况，再加上组装的T细胞受体（Tcellreceptor，TCR）序列，将其分为11个T细胞亚群，并描绘它们的发育轨迹（ZHENGetal.,2017a）。Azizi等利用单细胞RNA测序技术对来自8名未接受过治疗的乳腺癌患者的肿瘤和相匹配的正常乳腺组织、
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同饲喂方式猪肌内脂肪组成及含量分析[J]. 黄甜,严成,黄业传,钟雨婷. 湖北农业科学. 2014(22)
[2]鸡肉蛋白质组成与热性质研究[J]. 赵永红,白腾辉,马汉军. 食品工业. 2014(11)
[3]不同部位荣昌猪肉中脂肪含量和脂肪酸组成对比[J]. 黄业传,李洪军,吴照民,李凤. 食品科学. 2011(22)
[4]闽中麻鸡肌纤维生长发育规律的研究[J]. 王立克,李如兰,程云. 安徽科技学院学报. 2007(01)
[5]大理石花纹、生理成熟度对牛肉品质的影响[J]. 汤晓艳,周光宏,徐幸莲. 食品科学. 2006(12)
硕士论文
[1]胚胎期至生长早期鸡肌肉发育及肌内脂肪沉积蛋白质组研究[D]. 王红杨.中国农业科学院 2015
[2]鸡肉蛋白发酵产物的营养与功能评价[D]. 张燕.贵州大学 2009
[3]鸡肉汤香味成分鉴定及日龄、性别和酮体部位对鸡肉风味的影响[D]. 袁华根.南京农业大学 2007
本文编号：3101711
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
猪骨骼肌肌纤维发育Fig.1-2Fiberdevelopmentinporcineskeletalmuscle
?∠宋?欢???纤维细胞系发育为肌肉中的基质血管部分，包括脂肪细胞，成纤维细胞和未分化的脂肪-纤维祖细胞（TAGAetal.,2012）。肌内脂肪细胞的发育也同样经历细胞发育的增生期和肥大期两个阶段，在胚胎发育期间，肌内脂肪组织的发育主要通过细胞数量的增加，到了胚胎后期和出生后生长发育阶段，主要通过肌内脂肪细胞体积的增大来实现。对于家禽来说，肌内脂肪组织的发育在胚胎期到出生后4~5周龄期间处于细胞增生期，在5~6周龄期间既有细胞数量的增加又有细胞体积的增大，当到了7周龄时肌内脂肪细胞则完全进入细胞肥大期（图1-3）（LEENSTRA,1986;MOUROTandHERMIER,2001）。从胚胎期到生长早期鸡肉中肌内脂肪的沉积从胚胎期17胚龄开始急剧增多，到出生后1日龄达到峰值，1日龄到14日龄肌内脂肪沉积又急剧下降（王红杨,2015）。图1-3鸡脂肪细胞发育阶段Fig.1-3Developmentstagesofadipocytesinchicken
序方法被开发出来，他们的共同点都是将带有条形码的微珠和单细胞在微流体装置中包裹在液滴中，然后在单个细胞内进行反转录，条形码连接在cDNA上。不同的是Drop-seq测序每次运行处理的细胞要数倍于inDROP测序，但inDROP的捕获效率要比Drop-seq的捕获效率高（MACOSKOetal.,2015）。到了2017年，10×Genomics单细胞测序技术面世，将带有条形码和引物的凝胶珠与单个细胞包裹在油滴中，油滴内10×Barcode与cDNA产物连接在一起后，打碎油滴以cDNA为模板进行扩增，然后进行文库构建和测序，即可一次性获得大量单细胞的基因表达情况（图1-4）。图1-4单细胞测序技术的发展历程Fig.1-4Developmentofsinglecellsequencingtechnologies1.4.2单细胞测序技术的应用单细胞测序技术在生殖，免疫，干细胞分化，肿瘤发生发展等领域发挥重要作用。Zheng等将六名肝细胞癌患者的外周血、肿瘤和邻近的正常组织中分离出的5,063个T细胞进行深度的单细胞RNA测序。根据这些单细胞的转录概况，再加上组装的T细胞受体（Tcellreceptor，TCR）序列，将其分为11个T细胞亚群，并描绘它们的发育轨迹（ZHENGetal.,2017a）。Azizi等利用单细胞RNA测序技术对来自8名未接受过治疗的乳腺癌患者的肿瘤和相匹配的正常乳腺组织、
【参考文献】：
期刊论文
[1]不同饲喂方式猪肌内脂肪组成及含量分析[J]. 黄甜,严成,黄业传,钟雨婷. 湖北农业科学. 2014(22)
[2]鸡肉蛋白质组成与热性质研究[J]. 赵永红,白腾辉,马汉军. 食品工业. 2014(11)
[3]不同部位荣昌猪肉中脂肪含量和脂肪酸组成对比[J]. 黄业传,李洪军,吴照民,李凤. 食品科学. 2011(22)
[4]闽中麻鸡肌纤维生长发育规律的研究[J]. 王立克,李如兰,程云. 安徽科技学院学报. 2007(01)
[5]大理石花纹、生理成熟度对牛肉品质的影响[J]. 汤晓艳,周光宏,徐幸莲. 食品科学. 2006(12)
硕士论文
[1]胚胎期至生长早期鸡肌肉发育及肌内脂肪沉积蛋白质组研究[D]. 王红杨.中国农业科学院 2015
[2]鸡肉蛋白发酵产物的营养与功能评价[D]. 张燕.贵州大学 2009
[3]鸡肉汤香味成分鉴定及日龄、性别和酮体部位对鸡肉风味的影响[D]. 袁华根.南京农业大学 2007
本文编号：3101711
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