苏太猪血常规性状全基因组关联分析及其结果的图形化展示

发布时间：2021-03-30 08:30

　　第一部分:苏太猪血常规全基因组关联分析;为定位影响家猪血细胞以及其蛋白浓度等血液性状的数量性状位点（Quantitative trait loci, QTL），理解并解析血细胞生成与代谢的分子机理，我们测定了495头苏太猪群体的红、白细胞数目、浓度等15个血液参数，并用Illumina60K芯片判定了所有个体的基因型。在此基础上，采用单标记关联分析（Single-marker association）以及单倍型关联分析（Haplotype association）的模型，对所测定的血常规性状进行了全基因数量性状位点定位（whole genome QTLmapping）。我们总共定位到了651个显著关联的单核苷酸多态性位点（SNPs）,其中达到全基因组水平SNPs有198个。在2号以及7号染色体上检测到4个一因多效的SNPs，它们同时影响平均红细胞容积（MCV）,平均红细胞血红蛋白含量（MCH）和大血小板比率（P-LCR）等多个表型。在单标记全基因组关联分析（singlemarkerGWAS）过程中，我们共鉴定到161个显著SNPs，其中达到全基因组水平的SNPs44个，大部分位于2号染... 

【文章来源】：江西农业大学江西省

【文章页数】：51 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1.1 血液细胞
        1.1.1 血液细胞的组成及其功能
        1.1.2 血常规检测及其意义
    1.2 全基因组关联分析（GWAS）
    1.3 单倍型关联分析
    1.4 家猪中血液性状遗传学的相关研究
    1.5 可视化的功能及意义
    1.6 对关联分析结果可视化的相关工具
    1.7 本研究的目的及意义
第二章 苏太猪血液性状的全基因组关联分析
    2.1 引言
    2.2 实验材料与方法
        2.2.1 实验动物
        2.2.2 血液性状的测定
        2.2.3 基因分型和质量控制
        2.2.4 统计分析
    2.3 结果
        2.3.1 表型统计分析和质量控制后的 SNP 特征
        2.3.2 质量控制结果
        2.3.3 全基因组关联分析结果
            2.3.3.1 红细胞性状
            2.3.3.2 白细胞性状
            2.3.3.3 血小板性状
    2.4 分析与讨论
        2.4.1 与前人报道的比较
        2.4.2 比较单标记 GWAS 与单倍型关联分析的结果
        2.4.3 可能的一因多效 QTLs
        2.4.4 候选功能基因
第三章 RPARP：绘制关联分析结果区域图的 R 包
    3.1 引言
    3.2 实现
        3.2.1 数据库
        3.2.2 默认参数
        3.2.3 可选参数
    3.3 结果
小结
参考文献
致谢
附录


【参考文献】：
期刊论文
[1]猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座（QTL）检测[J]. 巩元芳,卢昕,王志鹏,李珊,邱小田,张勤.  生物化学与生物物理进展. 2008(11)
[2]中国瘦肉型猪新品种——苏太猪[J]. 庄庆士,梁伟东,丛树发,陈国福,师庆伟.  现代化农业. 2007(12)



本文编号：3109216