PAM细胞中猪MMP14不同转录本检测及其生物信息学分析

发布时间：2021-03-31 08:28

　　基质金属蛋白酶14（MMP14）是基质金属蛋白酶家族中首个被发现的膜型基质金属蛋白酶。MMP14蛋白能水解多种细胞外基质组分和血清蛋白,促进细胞外基质降解,并可水解细胞因子、趋化因子和生长因子等。研究发现猪肺泡巨噬细胞（PAM）中存在2种猪MMP14转录本,利用荧光定量PCR技术检测了PRRSV感染的猪PAM细胞中猪MMP14基因不同转录本的表达水平变化,发现PRRSV感染后导致转录本NM₂14239.2显著下调表达（P<0.05）,而转录本XM₀21098303.1极显著上调表达（P<0.01）。通过生物信息学分析发现,2种转录本编码的蛋白前肽区序列存在明显差异。XM₀21098303.1编码的蛋白比NM₂14239.2编码的蛋白序缺少了RRKR基序和PG_binding₁功能区,可能导致MMP14蛋白不具有功能活性。推测PRRSV感染后抑制MMP14活性,与PRRSV刺激细胞因子与趋化因子的大量表达相关。然而,MMP14在PRRSV感染中的具... 

【文章来源】：湖北农业科学. 2020,59(23)

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【部分图文】：

MMP14不同转录本荧光定量检测引物设计位置

根据以上特征，本研究设计了3对荧光定量PCR引物，第1对引物（MMP14-F1）只能扩增出XM＿021098303.1序列，第2对引物（MMP14-F2）只能扩增出NM＿214239.2序列，而第3对引物（MMP14-F3)2种转录本均能扩增出来。在PRRSV感染24 h后的PAM细胞中，分别采用以上3对引物检测MMP14不同转录本的表达情况，结果如图2所示。由图2可知，与未感染组（MOCK）相比，PRRSV感染组MMP14表达量整体下调，其中转录本NM＿214239.2表达量显著下调（P<0.05），而转录本XM＿021098303.1表达量却极显著上调（P<0.01）。2.2 猪MMP14基因不同转录本编码蛋白结构预测分析

转录本XM＿021098303.1编码的蛋白为XP＿020953962.1，由594个氨基酸组成；另一个转录本NM＿214239.2编码的蛋白为NP＿999404.2，由580个氨基酸组成。2种编码的蛋白序列主要是前端序列有差异，如图3中下划线区域的序列所示。利用生物信息学工具TMHMM-2.0分析蛋白质跨膜螺旋结构区域，发现这2种蛋白均具有明显的跨膜功能区（图4），说明2种蛋白的序列差异并不影响蛋白的跨膜功能。在此基础上，利用CDD和Pfam数据库分析2种蛋白的结构域，结果如图5所示。由图5可知，2种蛋白都具有MMP蛋白家族的典型结构域，如基质蛋白酶（Peptidase＿M10,Matrixin）和血红蛋白样重复结构（HX,Hemopexin-like repeats）。其主要区别是XM＿021098303.1编码的XP＿020953962.1蛋白缺少1个假定肽聚糖结合域（PG＿binding＿1,Putative peptidoglycan binding domain）。图4 MMP14不同转录本编码蛋白膜跨越区域预测结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]细菌肽聚糖及其应用[J]. 陈国胜,谷欣,张想竹.  安阳工学院学报. 2007(06)



本文编号：3111129