基于高通量测序的济宁青山羊和莱芜黑山羊卵巢转录组研究
发布时间：2021-04-08 04:13
目的：采用Solexa高通量测序技术对济宁青山羊和莱芜黑山羊发情后卵巢组织转录组进行测序和功能分析，重点分析新发现的未注释的新基因以及与繁殖性能相关的基因，分别检测了处于自然发情期的济宁青山羊和莱芜黑山羊卵巢组织的基因表达情况，以期找出调控山羊高繁多胎基因，探讨多胎的遗传机制，以及济宁青山羊和莱芜黑山羊品种间繁殖力差异的分子生物学机理。方法：1.本实验选取青岛奥特种羊场各项指标符合实验要求的莱芜黑山羊和济宁青山羊各5只，对这10只母羊进行同期发情处理。鉴定发情的方法我们采用的是阴道检查法和公羊试情法，母羊发情发后四到五小时内将其屠宰，把卵巢组织取出后，剪碎放入冻存管，编号并且迅速放入液氮罐中，用于提取组织总RNA。2.对莱芜黑山羊和济宁青山羊卵巢组织中提取的总RNA进行纯化，然后构建solexa测序文库，将构建好的文库进行Solexa测序，进行差异表达基因筛选。通过差异表达基因GO分析与Pathway分析，筛选出莱芜黑山羊和济宁青山羊之间差异表达的基因，对新基因做功能注释和富集分析，可以分别得到差异表达基因的蛋白质和COG功能注释。根据蛋白数据库注释信息我们能得到GO功能注释。根据KE...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：47 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
重测序分析流程图
图 1.2 Sanger 法测序流程Fig 1.2 The method process of Sanger sequencing technology.4.2 Solexa 测序原理及流程介绍Solexa 是一种基于边合成边测序技术(Sequencing-By-Synthesis，SBS)的新型测序方法。通用单分子阵列实现在小型芯片(FlowCell)上进行 PCR 反应。新的可逆阻断技术可以实现每次成一个碱基，并标记荧光基团，再利用相应的激光激发荧光基团，捕获激发光，从而读取碱息。Solexa 实现高通量的方法有两种，一是通过桥式 PCR，突破用一个容器来容纳一个反应的传统做法即把模板 DNA“种”在一块板上，像养竹子一样在周围扩增（桥式 PCR）；二是通变反应控制方式，这样就放弃了跑电泳分辨荧光的方法，只能采取边合成边检测信号的方法要一种可控的方式阻断合成反应，每次只反应一个碱基，从空间的控制变为进程控制。solex序有单向测序（Single-ReadSequencing）和双向测序（Paired-EndSequencing）两种方式，单序指只检测基因片段一端的序列信息，双向测序是指检测基因片段的两端序列信息。Solexa 点是：通量大且可扩展；只要能够让 cluster 在可区分的情况下长得密集就能增加通量；成本低列短；信噪比会随着冲洗次数增加而降低；灵活性差，对小数据量测序不适用。
图 1.3 Solexa 测序流程图Fig 1.3 The method process of solexa sequencing technology4.3 454 测序454 测序的特点是“一代半”测序，即没有摆脱容器反应，只是把容器做小了。这种测序的特是不能在质上不断提高通量，并且有较高的通量，测序的序列长，但是长度需要根据序列的结而定，对于碱基有偏好性的 DNA，结果容易出现 indel 错误，测序流程如图 1.4 所示。
【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量转录组测序的数据分析与基因发掘[J]. 周华,张新,刘腾云,余发新. 江西科学. 2012(05)
[2]高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J]. 岳桂东,高强,罗龙海,王军一,许姣卉,尹烨. 中国科学:生命科学. 2012(02)
[3]山羊高繁殖力相关基因的筛选与分析[J]. 钱丽丽,贾青,李雪梅,李训业,郑会芹,冯安学. 畜牧兽医学报. 2011(04)
[4]BMPR-IB和BMP15基因作为小尾寒羊多胎性能候选基因的研究[J]. 柳淑芳,姜运良,杜立新. 遗传学报. 2003(08)
[5]FecB基因及BMPR-IB基因的突变特性与生物学意义[J]. 柳淑芳,闫艳春,杜立新. 遗传. 2003(01)
本文编号：3124829
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：47 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
重测序分析流程图
图 1.2 Sanger 法测序流程Fig 1.2 The method process of Sanger sequencing technology.4.2 Solexa 测序原理及流程介绍Solexa 是一种基于边合成边测序技术(Sequencing-By-Synthesis，SBS)的新型测序方法。通用单分子阵列实现在小型芯片(FlowCell)上进行 PCR 反应。新的可逆阻断技术可以实现每次成一个碱基，并标记荧光基团，再利用相应的激光激发荧光基团，捕获激发光，从而读取碱息。Solexa 实现高通量的方法有两种，一是通过桥式 PCR，突破用一个容器来容纳一个反应的传统做法即把模板 DNA“种”在一块板上，像养竹子一样在周围扩增（桥式 PCR）；二是通变反应控制方式，这样就放弃了跑电泳分辨荧光的方法，只能采取边合成边检测信号的方法要一种可控的方式阻断合成反应，每次只反应一个碱基，从空间的控制变为进程控制。solex序有单向测序（Single-ReadSequencing）和双向测序（Paired-EndSequencing）两种方式，单序指只检测基因片段一端的序列信息，双向测序是指检测基因片段的两端序列信息。Solexa 点是：通量大且可扩展；只要能够让 cluster 在可区分的情况下长得密集就能增加通量；成本低列短；信噪比会随着冲洗次数增加而降低；灵活性差，对小数据量测序不适用。
图 1.3 Solexa 测序流程图Fig 1.3 The method process of solexa sequencing technology4.3 454 测序454 测序的特点是“一代半”测序，即没有摆脱容器反应，只是把容器做小了。这种测序的特是不能在质上不断提高通量，并且有较高的通量，测序的序列长，但是长度需要根据序列的结而定，对于碱基有偏好性的 DNA，结果容易出现 indel 错误，测序流程如图 1.4 所示。
【参考文献】：
期刊论文
[1]高通量转录组测序的数据分析与基因发掘[J]. 周华,张新,刘腾云,余发新. 江西科学. 2012(05)
[2]高通量测序技术在动植物研究领域中的应用[J]. 岳桂东,高强,罗龙海,王军一,许姣卉,尹烨. 中国科学:生命科学. 2012(02)
[3]山羊高繁殖力相关基因的筛选与分析[J]. 钱丽丽,贾青,李雪梅,李训业,郑会芹,冯安学. 畜牧兽医学报. 2011(04)
[4]BMPR-IB和BMP15基因作为小尾寒羊多胎性能候选基因的研究[J]. 柳淑芳,姜运良,杜立新. 遗传学报. 2003(08)
[5]FecB基因及BMPR-IB基因的突变特性与生物学意义[J]. 柳淑芳,闫艳春,杜立新. 遗传. 2003(01)
本文编号：3124829
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