基于不同靶基因的3种住肉孢子虫PCR检测方法比较
发布时间：2021-04-10 19:26
为筛选敏感、特异的住肉孢子虫（Sarcocystis spp.）PCR检测方法,对以住肉孢子虫18S rRNA、28S rRNA和线粒体细胞色素C氧化酶I基因（cox 1）的部分片段为靶基因设计的3套引物建立的PCR方法进行敏感性和特异性试验,并对田间采集的100份牛源和猪源肌肉样品进行检测。结果显示,以18S rRNA和28S rRNA为靶基因的PCR检测方法的敏感性相似,DNA最小检出量均为1×10-2 ng/μL;而以cox 1为靶基因的PCR检测方法敏感性相对较低,DNA的最低检出量为1 ng/μL。对7种不同寄生虫DNA进行特异性试验,结果以cox 1基因为靶基因的PCR方法特异性较好,仅能够扩增出枯氏住肉孢子虫（Sarcocystis cruzi）DNA;以18S rRNA为靶基因的PCR法,除枯氏住肉孢子虫外,刚地弓形虫和微小隐孢子虫也有相似扩增条带;以28S rRNA为靶基因的PCR法,除枯氏住肉孢子虫外,刚地弓形虫、微小隐孢子虫和欧猥迭宫绦虫DNA也能扩增出杂带,但大小不符。利用3种方法对100份牦牛和猪肉样品进行扩增,发现以18S rRNA、2...
【文章来源】：动物医学进展. 2020,41(12)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
特异性试验
表3 田间样品的检测结果Table 3 Detection results of field samples 方法Method 样品数Sample No. 阳性数Positive No. 阳性率/%Positive rate LSU rRNA-PCR 100 43 43.0 COI-PCR 100 38 38.0 SSU rRNA-PCR 100 36 36.0 平均值 Average value 100 39 39.0有研究表明,18S rRNA和28S rRNA基因由于其在基因组中的丰度很高,而且既有相对高变的区域,也有高度保守的序列,这些特性使其被广泛应用于包括住肉孢子虫在内的原虫的种类鉴别及系统发育分析[10]。而线粒体DNA分子呈母系遗传,具有快速进化的特征,已被广泛用于研究种群结构、物种区分等方面[15]。cox1基因是线粒体基因组中比较保守的基因,具有中度的变异速率,适宜于种间的分类鉴别和系统发育分析,近年来已被应用于住肉孢子虫分类研究[16-17]。
本文编号：3130204
【文章来源】：动物医学进展. 2020,41(12)北大核心
【文章页数】：6 页
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特异性试验
表3 田间样品的检测结果Table 3 Detection results of field samples 方法Method 样品数Sample No. 阳性数Positive No. 阳性率/%Positive rate LSU rRNA-PCR 100 43 43.0 COI-PCR 100 38 38.0 SSU rRNA-PCR 100 36 36.0 平均值 Average value 100 39 39.0有研究表明,18S rRNA和28S rRNA基因由于其在基因组中的丰度很高,而且既有相对高变的区域,也有高度保守的序列,这些特性使其被广泛应用于包括住肉孢子虫在内的原虫的种类鉴别及系统发育分析[10]。而线粒体DNA分子呈母系遗传,具有快速进化的特征,已被广泛用于研究种群结构、物种区分等方面[15]。cox1基因是线粒体基因组中比较保守的基因,具有中度的变异速率,适宜于种间的分类鉴别和系统发育分析,近年来已被应用于住肉孢子虫分类研究[16-17]。
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