贵州6个地方鸡FSHβ基因多态性及生物信息学分析
发布时间：2021-04-14 18:29
为了研究促卵泡素β亚基（follicle stimulating hormone, FSHβ）基因在贵州6个地方鸡种中的多态性并进行FSHβ基因生物信息学分析,试验以矮脚鸡、白宜黑鸡、乌蒙凤鸡、高脚鸡、威宁鸡、竹乡鸡为研究对象,分别构建DNA混池,用PCR产物直接测序法检测FSHβ基因多态性,对FSHβ蛋白二级结构、三级结构及基本性质进行生物信息学分析。结果表明:矮脚鸡、白宜黑鸡、乌蒙凤鸡、高脚鸡、威宁鸡和竹乡鸡分别有11,6,7,6,6,3个SNP位点。FSHβ蛋白不稳定且为分泌蛋白,含有信号肽序列,但不是跨膜蛋白。亚细胞定位在分泌通路S上,有一个卷曲螺旋结构（置信值低）和疏水区域,保守结构域在17～123位氨基酸之间。说明贵州6个地方鸡种FSHβ基因具有较高的遗传多样性。
【文章来源】：黑龙江畜牧兽医. 2020,(09)北大核心
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
6个鸡种基因组DNA琼脂糖电泳检测结果
矮脚鸡、白宜黑鸡、乌蒙凤鸡、高脚鸡、威宁鸡和竹乡鸡各SNP位点等位基因频率估算结果见表2。表2 6个鸡种FSHβ基因各SNP位点等位基因频率估算结果Table 2 Estimation of various SNP allele frequency of FSHβ gene in 6 chicken species SNP位点 位置 等位基因频率 矮脚鸡 白宜黑鸡 乌蒙凤鸡 高脚鸡 威宁鸡 竹香鸡 A332C 内含子1 A(0.37)C(0.63) A(0.5)C(0.5) T1542C 外显子3 T(0.46)C(0.54) C1714T 外显子3 C(0.45)T(0.55) C(0.50)T(0.50) C(0. 54)T(0.46) A1960C 外显子3 A(0.55)C(0.45) A(0.63)C(0.37) G2285T 外显子3 G(0.49)T(0.51) G(0.40)T(0.60) G2399T 外显子3 G(0.32)T(0.68) G(0.21)T(0.79) G(0.24)T(0.76) G(0.39)T(0.61) T2528C 外显子3 T(0.42)C(0.58) T(0.29)C(0.71) T(0.16)C(0.84) T(0.29)C(0.71) T(0.42)C(0.58) T(0.55)C(0.45) A2536G 外显子3 A(0.11)G(0.89) A(0.31)G(0.69) A(0.14)G(0.86) A(0.33)G(0.67) A(0.31)G(0.69) A(0.48)G(0.52) A2642G 外显子3 A(0.34)G(0.66) T2643A 外显子3 T(0.58)A(0.42) G2770A 外显子3 G(0.15)A(0.85) G(0.22)A(0.78) T2882C 外显子3 T(0.40)C(0.60) A3189G 外显子3 A(0.30)G(0.70) A(0.33)G(0.67) A(0.25)G(0.75) A(0.44)G(0.56) A(0.36)G(0.64) A(0.55)G(0.45) A3229G 外显子3 A(0.42)G(0.58) A(0.40)G(0.60)
RNAfold web serve(http://nibiru.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi)在线软件预测结果显示,突变位点A3189G导致FSHβ基因的mRNA二级结构发生了改变,使RNA自由能升高,稳定性降低。自由能由-3 414.917 2 kJ/mol变为-3 411.986 3 kJ/mol。FSHβ基因A3189G位点突变前后mRNA二级结构变化情况见图4。3.5.2 FSHβ蛋白理化性质分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]儋州鸡FSHβ基因的单核苷酸多态性研究[J]. 王鹏,侯德彧,施力光,吴科榜. 黑龙江畜牧兽医. 2018(19)
[2]鸡FSHβ、ESRα基因多态性及其合并基因型与产蛋性能的关联性分析[J]. 秦玉梅,任嵩,李佳玉,张璐,杨娴婧,廖和荣,孙杰. 江苏农业学报. 2017(04)
[3]FSHβ基因多态性与京海黄鸡生产性能的遗传相关研究[J]. 王亚男,王金玉,张跟喜,薛倩,唐莹,魏岳,施会强. 中国畜牧杂志. 2015(03)
[4]济宁百日鸡FSHβ基因的SNP分析及其与早期产蛋性能的相关性研究[J]. 田艳苓,张娇,王慧. 山东农业大学学报(自然科学版). 2011(02)
硕士论文
[1]宁都黄鸡FSH β和PRL基因多态性与产蛋性能的关联性分析[D]. 李江曼.江西农业大学 2013
[2]鸡PRL、PRLR、FSHβ和ESRα基因多态性及其与早期产蛋性能关系的研究[D]. 洪坤月.南京农业大学 2007
[3]鸡FSHβ基因SNPs分析及其与早期产蛋性能关系的研究[D]. 韩厚明.安徽农业大学 2006
本文编号：3137802
【文章来源】：黑龙江畜牧兽医. 2020,(09)北大核心
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
6个鸡种基因组DNA琼脂糖电泳检测结果
矮脚鸡、白宜黑鸡、乌蒙凤鸡、高脚鸡、威宁鸡和竹乡鸡各SNP位点等位基因频率估算结果见表2。表2 6个鸡种FSHβ基因各SNP位点等位基因频率估算结果Table 2 Estimation of various SNP allele frequency of FSHβ gene in 6 chicken species SNP位点 位置 等位基因频率 矮脚鸡 白宜黑鸡 乌蒙凤鸡 高脚鸡 威宁鸡 竹香鸡 A332C 内含子1 A(0.37)C(0.63) A(0.5)C(0.5) T1542C 外显子3 T(0.46)C(0.54) C1714T 外显子3 C(0.45)T(0.55) C(0.50)T(0.50) C(0. 54)T(0.46) A1960C 外显子3 A(0.55)C(0.45) A(0.63)C(0.37) G2285T 外显子3 G(0.49)T(0.51) G(0.40)T(0.60) G2399T 外显子3 G(0.32)T(0.68) G(0.21)T(0.79) G(0.24)T(0.76) G(0.39)T(0.61) T2528C 外显子3 T(0.42)C(0.58) T(0.29)C(0.71) T(0.16)C(0.84) T(0.29)C(0.71) T(0.42)C(0.58) T(0.55)C(0.45) A2536G 外显子3 A(0.11)G(0.89) A(0.31)G(0.69) A(0.14)G(0.86) A(0.33)G(0.67) A(0.31)G(0.69) A(0.48)G(0.52) A2642G 外显子3 A(0.34)G(0.66) T2643A 外显子3 T(0.58)A(0.42) G2770A 外显子3 G(0.15)A(0.85) G(0.22)A(0.78) T2882C 外显子3 T(0.40)C(0.60) A3189G 外显子3 A(0.30)G(0.70) A(0.33)G(0.67) A(0.25)G(0.75) A(0.44)G(0.56) A(0.36)G(0.64) A(0.55)G(0.45) A3229G 外显子3 A(0.42)G(0.58) A(0.40)G(0.60)
RNAfold web serve(http://nibiru.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi)在线软件预测结果显示,突变位点A3189G导致FSHβ基因的mRNA二级结构发生了改变,使RNA自由能升高,稳定性降低。自由能由-3 414.917 2 kJ/mol变为-3 411.986 3 kJ/mol。FSHβ基因A3189G位点突变前后mRNA二级结构变化情况见图4。3.5.2 FSHβ蛋白理化性质分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]儋州鸡FSHβ基因的单核苷酸多态性研究[J]. 王鹏,侯德彧,施力光,吴科榜. 黑龙江畜牧兽医. 2018(19)
[2]鸡FSHβ、ESRα基因多态性及其合并基因型与产蛋性能的关联性分析[J]. 秦玉梅,任嵩,李佳玉,张璐,杨娴婧,廖和荣,孙杰. 江苏农业学报. 2017(04)
[3]FSHβ基因多态性与京海黄鸡生产性能的遗传相关研究[J]. 王亚男,王金玉,张跟喜,薛倩,唐莹,魏岳,施会强. 中国畜牧杂志. 2015(03)
[4]济宁百日鸡FSHβ基因的SNP分析及其与早期产蛋性能的相关性研究[J]. 田艳苓,张娇,王慧. 山东农业大学学报(自然科学版). 2011(02)
硕士论文
[1]宁都黄鸡FSH β和PRL基因多态性与产蛋性能的关联性分析[D]. 李江曼.江西农业大学 2013
[2]鸡PRL、PRLR、FSHβ和ESRα基因多态性及其与早期产蛋性能关系的研究[D]. 洪坤月.南京农业大学 2007
[3]鸡FSHβ基因SNPs分析及其与早期产蛋性能关系的研究[D]. 韩厚明.安徽农业大学 2006
本文编号：3137802
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