滩羊和湖羊背最长肌全基因组甲基化差异分析

发布时间：2021-04-23 12:19

　　本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域（DMR）和差异甲基化基因（DMG）,为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考... 

【文章来源】：中国畜牧兽医. 2020,47(10)北大核心

【文章页数】：11 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验动物
    1.2 滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组测序
        1.2.1 绵羊背最长肌样本DNA的提取
        1.2.2 上机测序
    1.3 数据分析
        1.3.1 参考序列比对
        1.3.2 测序深度统计和胞嘧啶甲基化分析
        1.3.3 差异性甲基化区域（DMR）分析
        1.3.4 聚类分析
        1.3.5 DMR相关基因富集分析
2 结 果
    2.1 滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组测序数据比对
    2.2 绵羊背最长肌全基因组甲基化率比较
        2.2.1 绵羊背最长肌全基因组甲基化位点分布
        2.2.2 绵羊背最长肌全基因组甲基化密度图谱
        2.2.3 绵羊背最长肌全基因组染色体甲基化水平分析
        2.2.4 绵羊背最长肌全基因组基因功能区域甲基化水平分析
    2.3 绵羊背最长肌CHG、CHH中甲基化C附近碱基的序列特征分析
    2.4 绵羊背最长肌全基因组DMR分析
        2.4.1 绵羊背最长肌全基因组DMRs统计
        2.4.2 绵羊背最长肌全基因组DMRs聚类分析
        2.4.3 绵羊背最长肌全基因组DMR相关基因富集分析
3 讨 论
4 结 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]不同性别大白猪肌肉全基因组高分辨率单碱基甲基化差异分析[J]. 郭添福,张志燕,陈冬,姚天雄,肖石军,黄路生.  畜牧兽医学报. 2018(11)

博士论文
[1]杜寒杂交羊与小尾寒羊背最长肌全基因组甲基化与转录组比较分析[D]. 曹阳.吉林大学 2017
[2]猪不同年龄段骨骼肌的差异甲基化组分析[D]. 楼平儿.四川农业大学 2013

硕士论文
[1]猪肌内脂肪全基因组甲基化差异分析及候选基因研究[D]. 张恬.中国农业科学院 2016
[2]猪背部浅层和背部深层脂肪组织全基因组甲基化研究[D]. 张小丽.四川农业大学 2013



本文编号：3155316