蒙古马与纯血马骨髓表达谱差异基因研究
发布时间：2021-04-24 01:55
随着人们消费观念和文化结构的不断改变,马匹的作用已由过去的役用转变为现在的健身休闲娱乐骑乘工具。培育具有良好的观赏性且速度耐力兼具,并有良好的抗病力和适应性的马匹品种,是马匹育种工作的热点。骨髓是研究免疫功能的典型器官,在机体起着造血和免疫细胞及免疫因子生成的功能。对骨髓表达谱的研究,有助于解析不同生物个体间免疫差异的分子机理。本实验利用Illumina Miseq高通量测序技术,对构建的两个蒙古马和纯血马骨髓表达谱文库进行测序,得到的数据用软件处理后,在KO、KEGG、KOG等数据库进行注释,得到的结果如下：1.蒙古马和纯血马骨髓表达谱文库测序得到的原始数据经过去杂和筛选后,分别获得了7116170和7219956的有效reads。2.对测序得到的基因数据在染色体上进行注释,两个文库注释到1号、8号和11号染色体的reads最多,注释到29号、30号和31号的reads最少。3.两个文库共筛出318差异表达基因,对比纯血马骨髓,蒙古马骨髓表达量显著上调的基因共有241个,表达量显著下调的基因共有77,其中有21个差异表达基因与免疫相关。4.GO功能富集分析和KEGG功能富集分析中均显...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 引言
1.1 免疫概述
1.1.1 免疫系统的组成
1.1.2 免疫应答反应
1.1.3 骨髓的生理生化功能
1.2 马常见疾病及免疫相关基因的研究进展
1.3 免疫相关基因研究技术
1.3.1 基因表达谱
1.3.2 转录组
1.3.3 高通量测序
1.3.4 Illumina/Solexa测序技术
1.4 多样本mRNA-seq数据的处理方法
1.4.1 表达差异GO类别富集分析
1.4.2 表达差异KOG富集分析
1.4.3 表达差异KEGG富集分析
1.5 蒙古马与纯血马的体况特征
1.6 本实验的目的意义以及主要研究内容
1.6.1 实验的目的和意义
1.6.2 实验内容与方法
2 蒙古马与纯血马骨髓表达谱文库差异基因的研究
2.1 实验材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 实验主要设备和仪器
2.1.3 主要试剂
2.2 实验过程
2.2.1 总RNA的提取和检测
2.2.2 测序文库的制备
2.2.3 文库测序
2.2.4 骨髓表达谱文库数据的可靠性验证
2.2.5 数据的处理与分析
3 结果
3.1 蒙古马和纯血马骨髓表达谱文库的建立
3.1.1 实验提取的总RNA质量检测结果
3.1.2 构建的cDNA文库质量检测结果
3.2 测序数据处理和分析结果
3.2.1 基因组注释信息
3.2.2 染色体上的注释结果
3.2.3 基因表达谱分析结果
3.2.4 差异基因表达谱数据可靠性验证
4 分析讨论
4.1 建库所用RNA的质量评估
4.2 染色体注释结果分析
4.3 差异表达基因结果分析
4.4 差异表达基因GO富集分析
4.5 差异表达基因KOG富集分析
4.6 差异表达基因KEGG富集分析
5 结论、创新点与展望
5.1 结论
5.2 创新点
5.3 论文的局限性
致谢
参考文献
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]马Toll样受体表达水平SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立[J]. 赵一萍,白东义,李蓓,黄金龙,张宇宏,芒来. 畜牧兽医学报. 2013(02)
[2]蒙古马不同组织器官TLR1、TLR2、TLR4和TLR6 mRNA转录水平研究[J]. 赵一萍,黄金龙,白东义,陈建兴,赵启南,芒来. 中国兽医学报. 2012(10)
[3]人骨髓和脐带来源间充质干细胞体外支持造血能力的比较研究[J]. 刘蒙,杨少光,刘鹏霞,杜伟廷,顾东生,卢士红,邢文,韩忠朝. 中国实验血液学杂志. 2009(05)
[4]食管癌患者骨髓CK19 mRNA的表达及其临床意义[J]. 陈少斌,林鹏,陈捷鑫,文静,杨弘,解明然,张旭. 中国肿瘤临床. 2009(19)
[5]成体骨髓间充质干细胞生物学特性及在组织工程和再生医学中的作用[J]. 杜振宗,王海龙,宋剑非,郑民,李牧. 中国组织工程研究与临床康复. 2009(33)
[6]中国汉族人群人类白细胞抗原DRB1* 04等位基因多态性[J]. 罗广平,叶欣,夏文杰,程良红,邹红岩,丁浩强. 中国输血杂志. 2009(04)
[7]鼻咽癌转录组学研究的现状与进展[J]. 黄琛,武明花,李桂源. 生物化学与生物物理进展. 2007(11)
[8]不同年龄段人骨髓间充质干细胞生物学特性的研究[J]. 黄科,周敦华,黄绍良,梁舜华. 中国实验血液学杂志. 2005(06)
博士论文
[1]蒙古马免疫相关基因表达研究及脾脏表达谱分析[D]. 赵一萍.内蒙古农业大学 2013
[2]梅花鹿鹿茸顶端组织转录组分析及不同生长期差异基因筛选[D]. 幺宝金.吉林大学 2012
[3]马MHC-Ⅱ类分子遗传多样性的研究[D]. 孟青龙.内蒙古农业大学 2005
硕士论文
[1]大黄鱼脾脏转录组和表达谱分析以及过氧化物酶4结构与功能研究[D]. 母尹楠.国家海洋局第三海洋研究所 2011
本文编号：3156455
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
1 引言
1.1 免疫概述
1.1.1 免疫系统的组成
1.1.2 免疫应答反应
1.1.3 骨髓的生理生化功能
1.2 马常见疾病及免疫相关基因的研究进展
1.3 免疫相关基因研究技术
1.3.1 基因表达谱
1.3.2 转录组
1.3.3 高通量测序
1.3.4 Illumina/Solexa测序技术
1.4 多样本mRNA-seq数据的处理方法
1.4.1 表达差异GO类别富集分析
1.4.2 表达差异KOG富集分析
1.4.3 表达差异KEGG富集分析
1.5 蒙古马与纯血马的体况特征
1.6 本实验的目的意义以及主要研究内容
1.6.1 实验的目的和意义
1.6.2 实验内容与方法
2 蒙古马与纯血马骨髓表达谱文库差异基因的研究
2.1 实验材料
2.1.1 实验动物
2.1.2 实验主要设备和仪器
2.1.3 主要试剂
2.2 实验过程
2.2.1 总RNA的提取和检测
2.2.2 测序文库的制备
2.2.3 文库测序
2.2.4 骨髓表达谱文库数据的可靠性验证
2.2.5 数据的处理与分析
3 结果
3.1 蒙古马和纯血马骨髓表达谱文库的建立
3.1.1 实验提取的总RNA质量检测结果
3.1.2 构建的cDNA文库质量检测结果
3.2 测序数据处理和分析结果
3.2.1 基因组注释信息
3.2.2 染色体上的注释结果
3.2.3 基因表达谱分析结果
3.2.4 差异基因表达谱数据可靠性验证
4 分析讨论
4.1 建库所用RNA的质量评估
4.2 染色体注释结果分析
4.3 差异表达基因结果分析
4.4 差异表达基因GO富集分析
4.5 差异表达基因KOG富集分析
4.6 差异表达基因KEGG富集分析
5 结论、创新点与展望
5.1 结论
5.2 创新点
5.3 论文的局限性
致谢
参考文献
作者简介
【参考文献】：
期刊论文
[1]马Toll样受体表达水平SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立[J]. 赵一萍,白东义,李蓓,黄金龙,张宇宏,芒来. 畜牧兽医学报. 2013(02)
[2]蒙古马不同组织器官TLR1、TLR2、TLR4和TLR6 mRNA转录水平研究[J]. 赵一萍,黄金龙,白东义,陈建兴,赵启南,芒来. 中国兽医学报. 2012(10)
[3]人骨髓和脐带来源间充质干细胞体外支持造血能力的比较研究[J]. 刘蒙,杨少光,刘鹏霞,杜伟廷,顾东生,卢士红,邢文,韩忠朝. 中国实验血液学杂志. 2009(05)
[4]食管癌患者骨髓CK19 mRNA的表达及其临床意义[J]. 陈少斌,林鹏,陈捷鑫,文静,杨弘,解明然,张旭. 中国肿瘤临床. 2009(19)
[5]成体骨髓间充质干细胞生物学特性及在组织工程和再生医学中的作用[J]. 杜振宗,王海龙,宋剑非,郑民,李牧. 中国组织工程研究与临床康复. 2009(33)
[6]中国汉族人群人类白细胞抗原DRB1* 04等位基因多态性[J]. 罗广平,叶欣,夏文杰,程良红,邹红岩,丁浩强. 中国输血杂志. 2009(04)
[7]鼻咽癌转录组学研究的现状与进展[J]. 黄琛,武明花,李桂源. 生物化学与生物物理进展. 2007(11)
[8]不同年龄段人骨髓间充质干细胞生物学特性的研究[J]. 黄科,周敦华,黄绍良,梁舜华. 中国实验血液学杂志. 2005(06)
博士论文
[1]蒙古马免疫相关基因表达研究及脾脏表达谱分析[D]. 赵一萍.内蒙古农业大学 2013
[2]梅花鹿鹿茸顶端组织转录组分析及不同生长期差异基因筛选[D]. 幺宝金.吉林大学 2012
[3]马MHC-Ⅱ类分子遗传多样性的研究[D]. 孟青龙.内蒙古农业大学 2005
硕士论文
[1]大黄鱼脾脏转录组和表达谱分析以及过氧化物酶4结构与功能研究[D]. 母尹楠.国家海洋局第三海洋研究所 2011
本文编号：3156455
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3156455.html
