猪MC1R、ASIP、TYR、TYRP1和SLC45A2基因多态性及其与毛色相关性研究
发布时间：2021-05-06 06:59
猪的毛色是品种的重要特征之一,作为一种可利用的遗传标记,可用于鉴定品种纯度和亲缘关系、确定杂交组合、评价产品质量等。研究表明,猪的毛色表型差异主要取决于毛发中色素的种类、比例及分布。本研究中,以清平猪及其与法系大白杂交后代作为研究对象,选择5个影响黑色素合成的相关基因（MC1R、ASIP、TYR、TYRP1和SLC45A2）作为候选基因,在实验室前期100头清平母猪GWAS测序结果中筛选SNPs,利用目标捕获测序技术鉴定杂交后代的5个色素合成相关基因SNPs位点的基因型,研究其单核苷酸多态性。主要研究结果如下:1.清平猪MC1R基因CDs区筛选到7个SNPs位点,4个错义突变的ID号分别是rs326921593、rs705222433、rs45434630和rs45434629,3个同义突变的ID号分别是rs327940565、rs45435031和rs345201947。测序结果说明,清平猪的黑色表型是由ED1等位基因控制的,属于显性黑毛体系,与其他中国黑猪的研究结果一致。2.清平猪ASIP基因CDs区筛选到1个非同义突变SNP,ID号为rs695545599。...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstrat
缩略词表
第一章 文献综述
1 前言
2 毛色形成的生物学基础
2.1 黑素细胞的发育分化
2.2 黑色素的合成
3 毛色形成相关基因研究
3.1 MC1R基因与毛色
3.2 ASIP基因与毛色
3.3 TYR基因与毛色
3.4 TYRP1基因与毛色
3.5 SLC45A2基因与毛色
4 单核苷酸多态性研究
5 目的和意义
第二章 材料与方法
1 毛色分离群体的构建
2 本试验中毛色表型分类与记录
3 试验材料
3.1 试验动物
3.2 主要药品及试剂
3.3 缓冲液及常用试剂的配制
3.4 主要仪器和设备
4 试验方法
4.1 基因组DNA的提取
4.1.1 组织(耳组织)中DNA的提取
4.1.2 毛囊中DNA的提取
4.2 基因组DNA的提取结果的浓度测定与电泳检测
4.2.1 DNA的浓度测定
4.2.2 DNA的琼脂糖凝胶电泳检测
4.3 毛色基因多态性检测
4.3.1 定制化目标捕获测序技术
4.3.2 引物设计
4.4 统计分析
4.4.1 基因型频率及其基因频率的计算
4.4.2 遗传多态性分析
4.4.3 基因型与性状关联分析
4.4.4 主要分子生物学软件和网站
第三章 结果与分析
1 猪基因组DNA提取结果
2 MC1R基因试验结果
2.1 清平猪MC1R基因SNPs筛选
2.2 清平猪MC1R基因SNPs群体遗传结构分析
2.3 清平猪MC1R基因SNPs遗传多样性分析
2.4 F1代留种母猪MC1R基因rs45435032位点群体遗传结构分析
2.5 F1代留种母猪MC1R基因rs45435032位点遗传多样性分析
2.6 MC1R基因rs45435032位点与F2代7种毛色的关联分析
3 ASIP基因试验结果
3.1 清平猪ASIP基因rs695545599位点群体遗传结构分析
3.2 清平猪ASIP基因rs695545599位点遗传多样性分析
3.3 F1代留种母猪ASIP基因rs695545599位点群体遗传结构分析
3.4 F1代留种母猪ASIP基因rs695545599位点遗传多样性分析
3.5 ASIP基因rs695545599位点F2代7种毛色的关联分析
4 TYR基因试验结果
C位点群体遗传结构分析"> 4.1 清平猪TYR基因g.22603899 G>C位点群体遗传结构分析
C位点遗传多样性分析"> 4.2 清平猪TYR基因g.22603899 G>C位点遗传多样性分析
C位点群体遗传结构分析"> 4.3 F1代留种母猪TYR基因g.22603899 G>C位点群体遗传结构分析
C位点遗传多样性分析"> 4.4 F1代留种母猪TYR基因g.22603899 G>C位点遗传多样性分析
C位点与F2代7种毛色的关联分析"> 4.5 TYR基因g.22603899 G>C位点与F2代7种毛色的关联分析
4.6 TYR蛋白的生物信息学分析
4.6.1 TYR蛋白序列的理化性质
4.6.2 TYR的信号肽预测
4.6.3 TYR蛋白序列二级结构分析
5 TYRP1基因试验结果
5.1 清平猪TYRP1基因SNPs位点群体遗传结构分析
5.2 清平猪TYRP1基因SNPs位点遗传多样性分析
5.3 F1代留种母猪TYRP1基因SNPs位点群体遗传结构分析
5.4 F1代留种母猪TYRP1基因SNPs位点遗传多样性分析
5.5 TYRP1基因SNPs位点与F2代7种毛色的关联分析
6 SLC45A2基因试验结果
6.1 清平猪SLC45A2基因rs318960545位点群体遗传结构分析
6.2 清平猪SLC45A2基因rs318960545位点遗传多样性分析
6.3 F1代留种母猪SLC45A2基因rs318960545位点群体遗传结构分析
6.4 F1代留种母猪SLC45A2基因rs318960545位点遗传多样性分析
6.5 SLC45A2基因rs318960545位点与F2代7种毛色的关联分析
第四章 讨论
1 MC1R基因SNPs位点与毛色的关系
2 ASIP基因SNPs位点与毛色的关系
3 TYR基因SNPs点与毛色的关系
4 TYRP1基因SNPs位点与毛色的关系
5 SLC45A2基因SNPs位点与毛色的关系
第五章 总结
1 本研究小结
2 本研究的创新之处
3 本研究的不足之处
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]海狸色獭兔与皱襞型獭兔不同交配组合生产性能比较研究[J]. 赵月平,杨翠军,孙全文,吴淑琴,吴占福,郝荣超,卢敬,马梦盼,任玲玲. 中国畜牧兽医. 2017(12)
[2]Slc45a2调控小鼠黑色素细胞色素生成[J]. 王海东,赵兵令,陈天直,于秀菊,杨玉静,刘颖,常露程,赫晓燕,薛霖莉. 中国生物化学与分子生物学报. 2017(04)
[3]单核苷酸多态性检测方法研究进展[J]. 常培叶,赵平. 中国老年学杂志. 2015(16)
[4]长×巴F2代杂交猪黑素皮质激素受体Ⅰ基因克隆与多态性分析[J]. 敖秋桅,严雪瑜,蒋钦杨,唐家梁,兰干球,郭亚芬,蒋和生. 南方农业学报. 2015(02)
[5]红褐色乌苏里貉TYRP1基因的克隆及表达水平分析[J]. 朱艳菲,胡义洁,吴明明,李祯,孙金海,张廷荣. 中国畜牧杂志. 2014(11)
[6]动物皮毛色泽形成机制研究进展[J]. 杨民红,李兰会. 贵州畜牧兽医. 2013(05)
[7]野猪ASIP基因的突变位点及其与毛色表型的相关性研究[J]. 付冬丽,杨广礼,代燎原,罗玉柱. 家畜生态学报. 2013(02)
[8]七个眼皮肤白化病Ⅰ型家系的早期产前诊断[J]. 吴庆华,史惠蓉,刘宁,鲁宁,江淼,赵振华,孔祥东. 中华医学遗传学杂志. 2012 (04)
[9]单核苷酸多态性（SNP）的研究进展[J]. 张必弦,朱延明,来永才,胡小梅,李炜,李琬,毕影东,肖佳雷,张俐俐. 安徽农业科学. 2012(21)
[10]Agouti基因及其表达产物的结构与功能[J]. 朱春凤,冯永山. 黑龙江医药. 2012(03)
博士论文
[1]TRP-1在正常黑素细胞及恶性黑素瘤细胞中的作用研究[D]. 李春英.中国人民解放军第四军医大学 2003
硕士论文
[1]獭兔青紫蓝毛色候选基因筛选的初步研究[D]. 施丽娟.扬州大学 2015
[2]TYR、ASIP基因多态性与绵羊毛色相关的研究[D]. 孟浩浩.石河子大学 2014
[3]TYR、TYRP1基因与朝鲜鹌鹑羽色相关性研究[D]. 徐莹.河南科技大学 2014
[4]10个中国地方绵羊品种MC1R和ASIP基因多态性及其与毛色关联性分析[D]. 付冬丽.甘肃农业大学 2013
[5]山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究[D]. 郑会芹.河北农业大学 2010
[6]山羊Agouti基因与毛色表型相关分析及其遗传变异的研究[D]. 唐春娟.河北农业大学 2008
[7]清平猪部分种质特性的研究[D]. 杨志军.华中农业大学 2008
[8]猪黑素皮质素受体1（MC1R）基因与毛色表型相关及5’UTR变异研究[D]. 顿桂玲.河北农业大学 2007
本文编号：3171469
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstrat
缩略词表
第一章 文献综述
1 前言
2 毛色形成的生物学基础
2.1 黑素细胞的发育分化
2.2 黑色素的合成
3 毛色形成相关基因研究
3.1 MC1R基因与毛色
3.2 ASIP基因与毛色
3.3 TYR基因与毛色
3.4 TYRP1基因与毛色
3.5 SLC45A2基因与毛色
4 单核苷酸多态性研究
5 目的和意义
第二章 材料与方法
1 毛色分离群体的构建
2 本试验中毛色表型分类与记录
3 试验材料
3.1 试验动物
3.2 主要药品及试剂
3.3 缓冲液及常用试剂的配制
3.4 主要仪器和设备
4 试验方法
4.1 基因组DNA的提取
4.1.1 组织(耳组织)中DNA的提取
4.1.2 毛囊中DNA的提取
4.2 基因组DNA的提取结果的浓度测定与电泳检测
4.2.1 DNA的浓度测定
4.2.2 DNA的琼脂糖凝胶电泳检测
4.3 毛色基因多态性检测
4.3.1 定制化目标捕获测序技术
4.3.2 引物设计
4.4 统计分析
4.4.1 基因型频率及其基因频率的计算
4.4.2 遗传多态性分析
4.4.3 基因型与性状关联分析
4.4.4 主要分子生物学软件和网站
第三章 结果与分析
1 猪基因组DNA提取结果
2 MC1R基因试验结果
2.1 清平猪MC1R基因SNPs筛选
2.2 清平猪MC1R基因SNPs群体遗传结构分析
2.3 清平猪MC1R基因SNPs遗传多样性分析
2.4 F1代留种母猪MC1R基因rs45435032位点群体遗传结构分析
2.5 F1代留种母猪MC1R基因rs45435032位点遗传多样性分析
2.6 MC1R基因rs45435032位点与F2代7种毛色的关联分析
3 ASIP基因试验结果
3.1 清平猪ASIP基因rs695545599位点群体遗传结构分析
3.2 清平猪ASIP基因rs695545599位点遗传多样性分析
3.3 F1代留种母猪ASIP基因rs695545599位点群体遗传结构分析
3.4 F1代留种母猪ASIP基因rs695545599位点遗传多样性分析
3.5 ASIP基因rs695545599位点F2代7种毛色的关联分析
4 TYR基因试验结果
C位点群体遗传结构分析"> 4.1 清平猪TYR基因g.22603899 G>C位点群体遗传结构分析
C位点遗传多样性分析"> 4.2 清平猪TYR基因g.22603899 G>C位点遗传多样性分析
C位点群体遗传结构分析"> 4.3 F1代留种母猪TYR基因g.22603899 G>C位点群体遗传结构分析
C位点遗传多样性分析"> 4.4 F1代留种母猪TYR基因g.22603899 G>C位点遗传多样性分析
C位点与F2代7种毛色的关联分析"> 4.5 TYR基因g.22603899 G>C位点与F2代7种毛色的关联分析
4.6 TYR蛋白的生物信息学分析
4.6.1 TYR蛋白序列的理化性质
4.6.2 TYR的信号肽预测
4.6.3 TYR蛋白序列二级结构分析
5 TYRP1基因试验结果
5.1 清平猪TYRP1基因SNPs位点群体遗传结构分析
5.2 清平猪TYRP1基因SNPs位点遗传多样性分析
5.3 F1代留种母猪TYRP1基因SNPs位点群体遗传结构分析
5.4 F1代留种母猪TYRP1基因SNPs位点遗传多样性分析
5.5 TYRP1基因SNPs位点与F2代7种毛色的关联分析
6 SLC45A2基因试验结果
6.1 清平猪SLC45A2基因rs318960545位点群体遗传结构分析
6.2 清平猪SLC45A2基因rs318960545位点遗传多样性分析
6.3 F1代留种母猪SLC45A2基因rs318960545位点群体遗传结构分析
6.4 F1代留种母猪SLC45A2基因rs318960545位点遗传多样性分析
6.5 SLC45A2基因rs318960545位点与F2代7种毛色的关联分析
第四章 讨论
1 MC1R基因SNPs位点与毛色的关系
2 ASIP基因SNPs位点与毛色的关系
3 TYR基因SNPs点与毛色的关系
4 TYRP1基因SNPs位点与毛色的关系
5 SLC45A2基因SNPs位点与毛色的关系
第五章 总结
1 本研究小结
2 本研究的创新之处
3 本研究的不足之处
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]海狸色獭兔与皱襞型獭兔不同交配组合生产性能比较研究[J]. 赵月平,杨翠军,孙全文,吴淑琴,吴占福,郝荣超,卢敬,马梦盼,任玲玲. 中国畜牧兽医. 2017(12)
[2]Slc45a2调控小鼠黑色素细胞色素生成[J]. 王海东,赵兵令,陈天直,于秀菊,杨玉静,刘颖,常露程,赫晓燕,薛霖莉. 中国生物化学与分子生物学报. 2017(04)
[3]单核苷酸多态性检测方法研究进展[J]. 常培叶,赵平. 中国老年学杂志. 2015(16)
[4]长×巴F2代杂交猪黑素皮质激素受体Ⅰ基因克隆与多态性分析[J]. 敖秋桅,严雪瑜,蒋钦杨,唐家梁,兰干球,郭亚芬,蒋和生. 南方农业学报. 2015(02)
[5]红褐色乌苏里貉TYRP1基因的克隆及表达水平分析[J]. 朱艳菲,胡义洁,吴明明,李祯,孙金海,张廷荣. 中国畜牧杂志. 2014(11)
[6]动物皮毛色泽形成机制研究进展[J]. 杨民红,李兰会. 贵州畜牧兽医. 2013(05)
[7]野猪ASIP基因的突变位点及其与毛色表型的相关性研究[J]. 付冬丽,杨广礼,代燎原,罗玉柱. 家畜生态学报. 2013(02)
[8]七个眼皮肤白化病Ⅰ型家系的早期产前诊断[J]. 吴庆华,史惠蓉,刘宁,鲁宁,江淼,赵振华,孔祥东. 中华医学遗传学杂志. 2012 (04)
[9]单核苷酸多态性（SNP）的研究进展[J]. 张必弦,朱延明,来永才,胡小梅,李炜,李琬,毕影东,肖佳雷,张俐俐. 安徽农业科学. 2012(21)
[10]Agouti基因及其表达产物的结构与功能[J]. 朱春凤,冯永山. 黑龙江医药. 2012(03)
博士论文
[1]TRP-1在正常黑素细胞及恶性黑素瘤细胞中的作用研究[D]. 李春英.中国人民解放军第四军医大学 2003
硕士论文
[1]獭兔青紫蓝毛色候选基因筛选的初步研究[D]. 施丽娟.扬州大学 2015
[2]TYR、ASIP基因多态性与绵羊毛色相关的研究[D]. 孟浩浩.石河子大学 2014
[3]TYR、TYRP1基因与朝鲜鹌鹑羽色相关性研究[D]. 徐莹.河南科技大学 2014
[4]10个中国地方绵羊品种MC1R和ASIP基因多态性及其与毛色关联性分析[D]. 付冬丽.甘肃农业大学 2013
[5]山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究[D]. 郑会芹.河北农业大学 2010
[6]山羊Agouti基因与毛色表型相关分析及其遗传变异的研究[D]. 唐春娟.河北农业大学 2008
[7]清平猪部分种质特性的研究[D]. 杨志军.华中农业大学 2008
[8]猪黑素皮质素受体1（MC1R）基因与毛色表型相关及5’UTR变异研究[D]. 顿桂玲.河北农业大学 2007
本文编号：3171469
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