不同剩余采食量羔羊生产性能和瘤胃微生物区系及肝脏转录组研究
发布时间：2021-05-11 03:17
在舍饲养羊生产中,饲草料成本占总成本比例最高,约占65%70%,而且随着饲料原料价格的不断上涨,饲草料成本也将日益增加。因此,提高绵羊饲料效率,不仅能充分利用饲草料资源,降低舍饲养羊的饲料成本,提高舍饲养羊经济效益,而且对于保护生态环境、实现可持续性发展等具有极其重要的战略意义。剩余采食量（Residual feed intake,RFI）是衡量绵羊饲料利用效率的理想育种指标。本研究在系统地性能测定基础上,开展饲料效率相关性状的特征和遗传参数估计的研究,结合16S rDNA测序和转录组测序技术,探讨绵羊RFI与瘤胃微生物区系及肝脏组织基因表达的关系。1试验群体构建及饲料效率相关性状特征分析与遗传力估计本研究采用单栏饲养,系统地测定了来自41个父系半同胞家系的207只80-180d湖羊公羔的RFI、生长性状、胴体性状、体组成和肌肉品质等59个性状（199个指标）。结果表明:湖羊公羔在80-180d期间饲料转化率（Feed conversion ratio,FCR）随日龄的增长而升高,全期平均值为5.77,变异系数为10.02%,具有较高的选择潜力。FCR、RFI、日...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：132 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
中文摘要
Abstract
主要缩略词与符号一览表
第一章 研究背景
1.1 引言
1.2 饲料利用效率是绵羊的重要经济性状
1.3 RFI的测定
1.4 RFI的影响因素
1.4.1 采食量
1.4.2 消化吸收
1.4.3 体组成与新陈代谢
1.4.4 活动量
1.4.5 体温调节
1.5 RFI的研究进展
1.5.1 RFI候选基因的研究
1.5.2 RFI性状的转录调控研究
1.5.3 RFI的微生物菌群结构研究
1.6 本研究的目的与意义
第二章 育肥期湖羊公羔饲料效率相关性状特征及遗传参数分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 试验羊群
2.2.2 性状测定
2.2.3 试验分组与统计分析
2.3 结果与分析
2.3.1 饲料效率相关性状描述性统计量
2.3.2 性状间的相关性分析
2.3.3 不同RFI湖羊公羔生长性状的比较分析
2.3.4 不同RFI湖羊公羔胴体性状、体组成和肌肉品质的比较分析
2.3.5 育肥期湖羊公羔重要经济性状的遗传力估计
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 不同RFI羔羊瘤胃微生物多样性的研究
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 试验群体与饲养管理
3.2.2 剩余采食量（Residual feed intake，RFI）和饲料转化率（Feed conversion rate，FCR）的计算
3.2.3 样品采集
3.2.4 试剂耗材
3.2.5 仪器设备
3.2.6 瘤胃内容物DNA提取与质量检测
3.2.7 16 SrDNA V3-V4区PCR扩增子测序
3.2.8 测序数据分析
3.3 结果与分析
3.3.1 DNA样品及16S V3-V4区PCR扩增产物质量
3.3.2 16 SrDNA V3-V4 测序数据量与质量
3.3.3 Alpha多样性分析
3.3.4 Beta多样性分析
3.3.5 羔羊瘤胃微生物组成及功能富集分析
3.3.6 不同RFI羔羊瘤胃微生物区系差异分析
3.3.7 差异微生物的LEfSe及功能富集分析
3.4 讨论
3.5 小结
第四章 极端RFI羔羊肝脏组织转录组分析
4.1 前言
4.2 材料与方法
4.2.1 组织样品
4.2.2 试剂耗材
4.2.3 仪器设备
4.2.4 肝脏组织总RNA的提取与检测
4.2.5 mRNA测序
4.3 结果与分析
4.3.1 总RNA的提取与质量检测
4.3.2 原始数据的质量控制
4.3.3 Clean reads与参考基因组的比对
4.3.4 Reads在各个染色体上的密度分布情况
4.3.5 样品间表达相关性检查
4.3.6 差异表达mRNA转录本分析
4.3.7 差异表达基因的KEGG富集分析
4.3.8 差异表达基因的Q-PCR验证
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 差异表达基因的SNPs扫描及其与饲料效率性状的关联分析
5.1 前言
5.2 材料与方法
5.2.1 试验群体
5.2.2 性状测定
5.2.3 样品采集与DNA提取
5.2.4 SNPs扫描与基因型检测
5.2.5 基因型与饲料转化率的关联分析
5.3 结果与分析
5.3.1 试验群体DNA质量与浓度
5.3.2 绵羊ADRA2A和 RYR2 基因目的片段的PCR扩增
5.3.3 绵羊ADRA2A和 RYR2 基因SNPs扫描
5.3.4 绵羊ADRA2A和 RYR2 基因SNPs检测及其与饲料转化率的关联分析
5.4 讨论
5.4.1 KASPar SNP分型技术
5.4.2 绵羊ADRA2A和 RYR2 基因与饲料转化率
5.5 小结
第六章 全文小结
6.1 主要结论
6.2 创新点
6.3 研究展望
参考文献
在学期间的研究成果
致谢
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国粮食生产与消费的区域平衡研究——基于饲料粮生产及动物性食物生产的分析[J]. 周道玮,张平宇,孙海霞,钟荣珍,黄迎新,房义,李强,王婷. 土壤与作物. 2017(03)
[2]剩余采食量效应:评价肉牛营养与饲养过程中饲料转化率的指标[J]. 钟晓琳,高腾云,翟磊. 动物营养学报. 2014(03)
[3]应用Solexa测序技术挖掘山羊卵巢组织microRNA[J]. 张晓东,凌英会,张运海,李运生,刘亚,曹鸿国,张子军,殷宗俊,丁建平,章孝荣. 中国农业科学. 2013(01)
[4]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒. 遗传. 2011(11)
博士论文
[1]北京鸭RFI性状遗传参数分析及应用研究[D]. 张云生.西北农林科技大学 2018
[2]组学技术研究亚急性瘤胃酸中毒对奶牛瘤胃微生物、代谢和上皮功能的影响[D]. 张瑞阳.南京农业大学 2015
硕士论文
[1]猪PPARGC1A基因在不同组织和生长发育阶段中的差异表达[D]. 闵小红.四川农业大学 2008
本文编号：3180611
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：132 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
中文摘要
Abstract
主要缩略词与符号一览表
第一章 研究背景
1.1 引言
1.2 饲料利用效率是绵羊的重要经济性状
1.3 RFI的测定
1.4 RFI的影响因素
1.4.1 采食量
1.4.2 消化吸收
1.4.3 体组成与新陈代谢
1.4.4 活动量
1.4.5 体温调节
1.5 RFI的研究进展
1.5.1 RFI候选基因的研究
1.5.2 RFI性状的转录调控研究
1.5.3 RFI的微生物菌群结构研究
1.6 本研究的目的与意义
第二章 育肥期湖羊公羔饲料效率相关性状特征及遗传参数分析
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 试验羊群
2.2.2 性状测定
2.2.3 试验分组与统计分析
2.3 结果与分析
2.3.1 饲料效率相关性状描述性统计量
2.3.2 性状间的相关性分析
2.3.3 不同RFI湖羊公羔生长性状的比较分析
2.3.4 不同RFI湖羊公羔胴体性状、体组成和肌肉品质的比较分析
2.3.5 育肥期湖羊公羔重要经济性状的遗传力估计
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 不同RFI羔羊瘤胃微生物多样性的研究
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 试验群体与饲养管理
3.2.2 剩余采食量（Residual feed intake，RFI）和饲料转化率（Feed conversion rate，FCR）的计算
3.2.3 样品采集
3.2.4 试剂耗材
3.2.5 仪器设备
3.2.6 瘤胃内容物DNA提取与质量检测
3.2.7 16 SrDNA V3-V4区PCR扩增子测序
3.2.8 测序数据分析
3.3 结果与分析
3.3.1 DNA样品及16S V3-V4区PCR扩增产物质量
3.3.2 16 SrDNA V3-V4 测序数据量与质量
3.3.3 Alpha多样性分析
3.3.4 Beta多样性分析
3.3.5 羔羊瘤胃微生物组成及功能富集分析
3.3.6 不同RFI羔羊瘤胃微生物区系差异分析
3.3.7 差异微生物的LEfSe及功能富集分析
3.4 讨论
3.5 小结
第四章 极端RFI羔羊肝脏组织转录组分析
4.1 前言
4.2 材料与方法
4.2.1 组织样品
4.2.2 试剂耗材
4.2.3 仪器设备
4.2.4 肝脏组织总RNA的提取与检测
4.2.5 mRNA测序
4.3 结果与分析
4.3.1 总RNA的提取与质量检测
4.3.2 原始数据的质量控制
4.3.3 Clean reads与参考基因组的比对
4.3.4 Reads在各个染色体上的密度分布情况
4.3.5 样品间表达相关性检查
4.3.6 差异表达mRNA转录本分析
4.3.7 差异表达基因的KEGG富集分析
4.3.8 差异表达基因的Q-PCR验证
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 差异表达基因的SNPs扫描及其与饲料效率性状的关联分析
5.1 前言
5.2 材料与方法
5.2.1 试验群体
5.2.2 性状测定
5.2.3 样品采集与DNA提取
5.2.4 SNPs扫描与基因型检测
5.2.5 基因型与饲料转化率的关联分析
5.3 结果与分析
5.3.1 试验群体DNA质量与浓度
5.3.2 绵羊ADRA2A和 RYR2 基因目的片段的PCR扩增
5.3.3 绵羊ADRA2A和 RYR2 基因SNPs扫描
5.3.4 绵羊ADRA2A和 RYR2 基因SNPs检测及其与饲料转化率的关联分析
5.4 讨论
5.4.1 KASPar SNP分型技术
5.4.2 绵羊ADRA2A和 RYR2 基因与饲料转化率
5.5 小结
第六章 全文小结
6.1 主要结论
6.2 创新点
6.3 研究展望
参考文献
在学期间的研究成果
致谢
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国粮食生产与消费的区域平衡研究——基于饲料粮生产及动物性食物生产的分析[J]. 周道玮,张平宇,孙海霞,钟荣珍,黄迎新,房义,李强,王婷. 土壤与作物. 2017(03)
[2]剩余采食量效应:评价肉牛营养与饲养过程中饲料转化率的指标[J]. 钟晓琳,高腾云,翟磊. 动物营养学报. 2014(03)
[3]应用Solexa测序技术挖掘山羊卵巢组织microRNA[J]. 张晓东,凌英会,张运海,李运生,刘亚,曹鸿国,张子军,殷宗俊,丁建平,章孝荣. 中国农业科学. 2013(01)
[4]转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用[J]. 祁云霞,刘永斌,荣威恒. 遗传. 2011(11)
博士论文
[1]北京鸭RFI性状遗传参数分析及应用研究[D]. 张云生.西北农林科技大学 2018
[2]组学技术研究亚急性瘤胃酸中毒对奶牛瘤胃微生物、代谢和上皮功能的影响[D]. 张瑞阳.南京农业大学 2015
硕士论文
[1]猪PPARGC1A基因在不同组织和生长发育阶段中的差异表达[D]. 闵小红.四川农业大学 2008
本文编号：3180611
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