基于RNA-seq的绒山羊皮肤毛囊转录组数据组装和分析

发布时间：2021-05-20 06:50

　　绒山羊绒毛生长发育模式非常复杂,受基因和环境共同调控。生长因子及其受体作为体内分泌协调基因和环境的重要环节,对绒毛的生长调控起着极其重要的作用,多种因子共同构成了毛囊发育和周期性生长的复杂网络,目前还无法明确其中具有关键性的作用的网络和网络中的关键因子。随着大规模测序技术特别是转录组测序技术的发展,使得批量获得大量数据成为可能,特别是目前在已经拥有山羊基因组参考序列的情况下,我们可以把转录本映射回基因组,确定转录本位置、剪切情况等较为全面的遗传信息,本研究以6只来自于内蒙古白绒山羊阿尔巴斯型个体RNA-seq测序数据为研究对象,通过生物信息学方法对转录组数据进行了分析,得到以下主要结论：1、质控检测结果表明前续试验所测得6个样本转录组序列结果均合格,可用于后续生物信息学分析,筛选共得到617个在初级毛囊和次级毛囊中差异表达的基因,其中,上调表达基因297个,下调表达基因320个。2、GO分析表明上调表达基因主要行使：电子传递链、呼吸链电子传递、线粒体电子传递、基因表达、RNA代谢、小分子代谢过程、T细胞分化、翻译、mRNA剪切、细胞运输等生物学功能；下调表达基因主要行使：细胞自我吞噬、... 

【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
插图和附表清单
缩略词表
1 引言
    1.1 山羊绒性状研究进展
    1.2 测序技术发展历程
        1.2.1 第一代测序技术
        1.2.2 第二代测序
        1.2.3 第三代测序技术
    1.3 转录组与RNA-seq
    1.4 本研究的目的和意义
2 材料与方法
    2.1 研究材料
    2.2 研究方法
        2.2.1 质量控制和短序列比对
        2.2.2 批量Blast
        2.2.3 基因表达定量
        2.2.4 差异基因筛选
        2.2.5 基因功能分析
        2.2.6 信号通路分析
        2.2.7 共表达网络构建
3 结果与讨论
    3.1 质量控制
    3.2 Mapping
    3.3 批量Blast结果
    3.4 差异表达基因筛选结果
    3.5 基因功能分析结果
    3.6 信号通路分析结果
    3.7 共表达关系网络构建结果
4 结论
致谢
参考文献
附表
作者简介



本文编号：3197301