长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因SNPs鉴定及其与蛋壳品质的关联性

发布时间：2021-05-22 07:37

　　蛋壳基质蛋白卵黄蛋白原-32基因（ovocalyxin-32, OCX-32）是影响蛋壳矿化的一种特异性基质蛋白。为了探讨蛋壳基质蛋白OCX-32基因变异对鸡蛋壳品质的遗传效应,本研究以长顺绿壳蛋鸡（Gallus gallus）为素材,测定其蛋壳品质,采用PCR产物纯化直接测序法对OCX-32基因进行SNPs筛查,分析其对蛋壳品质的影响。结果表明,在长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因中检测到3个中度多态的SNPs位点,分别位于内含子1的g.22592362 C>T突变、外显子6的g.22599114 C>T错义突变（苏氨酸变为甲硫氨酸）和g.22599127 G>A同义突变,均产生3种基因型;g.22599114 C>T和g.22599127 G>A突变位点的基因型分布均偏离了Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）。3个SNPs突变位点不存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和10种双倍型。生物信息学分析发现,g.22599114 C>T和g.22599127 G>A突变可引起mRNA自由能和蛋白结构的变化,CG组合的自由能为-338.9... 

【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(03)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 实验动物与器材
    1.2 引物设计
    1.3 PCR扩增
    1.4 OCX-32基因mRNA二级结构和蛋白质高级结构预测
    1.5 统计分析
2 结果与分析
    2.1 OCX-32基因PCR扩增
    2.2 OCX-32基因SNPs鉴定
    2.3 OCX-32基因SNPs位点部分遗传特性分析
    2.4 OCX-32基因SNPs位点的连锁不平衡、单倍型及双倍型分析
T和g.22599127G>A位点对mRNA二级结构的影响">    2.5 OCX-32基因g.22599114 C>T和g.22599127G>A位点对mRNA二级结构的影响
    2.6 OCX-32基因蛋白质二级结构和三级结构预测
    2.7 OCX-32基因SNPs位点与长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的关联性分析
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]海南五指山猪TLR4基因克隆及生物信息学分析[J]. 黄丽丽,张艳,刘海隆,林哲敏,谭树义.  江苏农业科学. 2019(08)
[2]SFRP5基因遗传变异对长顺绿壳蛋鸡胸肌肌肉品质的影响[J]. 覃媛钰,张依裕,罗华伦,吴磊.  农业生物技术学报. 2019(04)
[3]杜洛克猪HLCS基因组织表达分析及其编码区多态性与剩余采食量的关联[J]. 张跃博,蒲蕾,张金山,颜华,王立刚,侯欣华,刘欣,高红梅,王立贤,张龙超.  畜牧兽医学报. 2018(06)
[4]寿光鸡GPR147基因5′调控区多态性与产蛋性状的关联分析[J]. 贾美婷,李显耀,康丽,姜运良,樊新忠,唐辉.  畜牧兽医学报. 2016(01)
[5]灵昆鸡视黄醇结合蛋白（CRBP4）和蛋壳基质蛋白（OCX-32）基因多态性与产蛋性状的相关性研究[J]. 张丽萍,曾涛,卢立志,刘均,周树和,林兴钦,田勇.  农业生物技术学报. 2015(10)
[6]防护林散养草鸡不同产蛋期蛋形、蛋壳指数比较[J]. 杨智青,陈应江,金崇富,丁海荣,时凯,陈长宽.  畜牧兽医杂志. 2013(06)
[7]蛋壳的形成机理及其质量控制[J]. 袁旭红,张玲.  畜禽业. 2008(10)

博士论文
[1]鸡蛋壳超微结构与晶体结构的测定及全基因组关联分析[D]. 段忠意.中国农业大学 2017

硕士论文
[1]汶上芦花鸡蛋品质及其候选基因遗传效应分析[D]. 夏佳豪.山东农业大学 2018
[2]鸭 MyoD1、SCD1、DRD1 基因变异对肉质和血清生化指标的遗传效应研究[D]. 潘兰兵.贵州大学 2014



本文编号：3201250