2017-2019年华东地区H3亚型禽流感病毒流行病学调查分析及生物学特性鉴定
发布时间：2021-06-01 04:53
在A型流感病毒中,H3亚型宿主广泛,不仅感染禽类,还感染猪、马、犬等哺乳动物甚至人类,对畜牧业生产和公共卫生安全均构成重要威胁,有必要进行持续的流行病学监测。本研究基于2017年～2019年华东地区活禽交易市场（live poultry market,LPM）的低致病性禽流感病毒（avian influenza virus,AIV）流行病学调查,对其中分离鉴定的H3亚型AIV进行了全基因组遗传进化分析与HA基因的密码子使用偏好性分析,并挑选代表毒株进行了部分生物学特性的测定。研究结果将丰富我国低致病性AIV的基础数据资源,并为AIV的跨种传播机制研究提供一定参考。1.2017-2019年华东地区低致病性禽流感病毒流行病学调查及H3亚型禽流感病毒的分离鉴定2017年9月至2019年6月,对华东地区LPM进行低致病性AIV流行病学监测,共采集源自江苏、安徽、山东等省份的家禽泄殖腔、喉头棉拭样品及LPM环境水样1866份。经鉴定,共有346份阳性样品,分布于109个禽群;总的阳性率为18.54%,群阳性率为44.67%。从阳性样品中HA亚型分布来看:阳性率最高的为H9（72.83%,252/...
【文章来源】：扬州大学江苏省
【文章页数】：87 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１灭活病毒免疫ＳＰＦ鸡的ＨＩ抗体水平??Ｆｉｇ?１－１?ＨＩ?ａｎｔｉｂｏｄｙ?ｔｉｔｅｒ?ｏｆ?ＳＰＦ?ｃｈｉｃｋｅｎｓ?ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ?ｗｉｔｈ?ｉｎａｃｔｉｖａｔｅｄ?ｖｉｒｕｓ??
第一章２０１７－２０１９年华东地区低致病性禽流感病毒流行病学调查及Ｈ３亚型禽流感病毒的分离鉴定??ＬＰＡＩＶ的易感宿主较多，在鸡、鸭、鹅和环境样品中均能够分离到。由图１－??４可知，其中鸡中的阳性数量最多，为２５０份，其中２４２份为Ｈ９亚型（９６．８０％），??８份为Ｈ３亚型（３．２０°／。）。鸭中阳性样品数量其次，为８５份，其中Ｈ３亚型７８份??（９１．７６％），Ｈ９?亚型?５?份（５．８８％），Ｈ１?亚型?１?份（１．１７％），Ｈ１０?亚型?１?份（１＿１７％）。??在鹅中，阳性样品数量为１０份，其中Ｈ３亚型５份（５０％），Ｈ９亚型５份（５０％）。??环境样品中监测到１份Ｈ３亚型阳性样品。??Ｈ９亚型分离数在鸡群中的分离率明显高于鸭群和鹅群，占总的Ｈ９亚型阳??性数９６．０３％?（２４２／２５２）。Ｈ３亚型分离数在鸭群中的分离率（８４．７８％，７８／９２）高??于在鸡群（９．７８％，?９／９２）和鹅群（５．４３％，５／９２）。２０１７年９月－１２月ＬＰＭ分离到８??份Ｈ３阳性样品，宿主全部为鸭，分离率为２．０１％。２０１８年分离到６４份Ｈ３阳性??样品，宿主分布为鹅源５份，鸡源９份，其余均为鸭源，２０１８年Ｈ３亚型阳性样??品分离率为６．５０％。２０１９年１月－６月期间ＬＰＭ分离到２０份Ｈ３亚型阳性样品，??宿主全部为鸭，２０１９年１月至６月Ｈ３亚型阳性样品分离率为４．１５％。??样品采集来自于２４４个禽群（１１９个鸡群，５７个鸭群，６８个鹅群）和１组??环境样品。ＬＰＡＩＶ阳性群所占比率依次为鸡群（７６／１１９，?６３．８７％）、鸭群（２６／５７，??４５．６１％）、鹅群（７／６８，１０．２９％）。在环境样品中检测到１
??５４．０９，平均值土标准差分别为?５２．９６±０．７０，?５３．２２±０．３３，５２．９９±０．５７，５２．２３土??１．２８，４７．１０±?１．６４，说明所有毒株的ＨＡ基因的密码子使用选择较低。显而易??见，这些Ｈ３亚型流感病毒ＨＡ基因的ＥＮｃ值大于３５，表明密码子的使用偏好??非常低。??为了证明密码子使用模式是否仅由突变压力还是选择压力的影响，ＥＮｃ与??ＧＣ３ｓ的图像分析能够反映这一点［１Ｑ］。结果表明，对于所有的Ｈ３亚型流感病毒??ＨＡ基因，所有的点全部低于预期曲线（图２－１）。??ＥＮＣ－Ｐｌｏｔ??６５－ｊ??—?ＥＮＣｅｘｐｅｃｔｅｄ??／ｒ?Ａｖｉａｎ?５６－，??４５＂?／?＼?？?Ｈｕｍａｎ?＾?＇?Ａｖ，ａｎ??§?／?＼?？?Ｃ－化?５２：?麟．．．?：＝??２５－?Ｅｑｕｉｎｅ?〇?５〇＿?＊?Ｓｗｉｎｅ??■?Ｓｗｉｎｅ?．Ｅｑｕｉｎｅ??５－?４６－??０．０?０．２?０．４?０．６?０．８?１．０?４４￣Ｔ?７Ｔ￣?＂１??０．３０?０．３５?０．４０?０．４５?０．５０??ＧＣ３ｓ?ＧＣｓ．??图２－１?Ｈ３亚型流感病毒ＨＡ基因密码子ＥＮｃ值分析??Ｆｉｇ?２－１?Ｃｏｄｏｎ?ＥＮｃ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ＨＡ?ｇｅｎｅ?ｏｆ?Ｈ３?ｓｕｂｔｙｐｅ?ｉｎｆｌｕｅｎｚａ?ｖｉｒｕｓ??３．１．５．４中性分析??ＧＣ１２与ＧＣ３之间的中性分析用于判断自然选择与突变压力对基因组的影??响程度［１１］。对不同宿主来源的Ｈ３亚型流感病毒ＨＡ基因进行中性分析，结果表??明，人源（ｒ＝０．７２７６４，?ｐ＜０．０００１），犬源（ｒ＝０．６２６７７，?ｐ＜
本文编号：3209691
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【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１灭活病毒免疫ＳＰＦ鸡的ＨＩ抗体水平??Ｆｉｇ?１－１?ＨＩ?ａｎｔｉｂｏｄｙ?ｔｉｔｅｒ?ｏｆ?ＳＰＦ?ｃｈｉｃｋｅｎｓ?ｉｍｍｕｎｉｚｅｄ?ｗｉｔｈ?ｉｎａｃｔｉｖａｔｅｄ?ｖｉｒｕｓ??
第一章２０１７－２０１９年华东地区低致病性禽流感病毒流行病学调查及Ｈ３亚型禽流感病毒的分离鉴定??ＬＰＡＩＶ的易感宿主较多，在鸡、鸭、鹅和环境样品中均能够分离到。由图１－??４可知，其中鸡中的阳性数量最多，为２５０份，其中２４２份为Ｈ９亚型（９６．８０％），??８份为Ｈ３亚型（３．２０°／。）。鸭中阳性样品数量其次，为８５份，其中Ｈ３亚型７８份??（９１．７６％），Ｈ９?亚型?５?份（５．８８％），Ｈ１?亚型?１?份（１．１７％），Ｈ１０?亚型?１?份（１＿１７％）。??在鹅中，阳性样品数量为１０份，其中Ｈ３亚型５份（５０％），Ｈ９亚型５份（５０％）。??环境样品中监测到１份Ｈ３亚型阳性样品。??Ｈ９亚型分离数在鸡群中的分离率明显高于鸭群和鹅群，占总的Ｈ９亚型阳??性数９６．０３％?（２４２／２５２）。Ｈ３亚型分离数在鸭群中的分离率（８４．７８％，７８／９２）高??于在鸡群（９．７８％，?９／９２）和鹅群（５．４３％，５／９２）。２０１７年９月－１２月ＬＰＭ分离到８??份Ｈ３阳性样品，宿主全部为鸭，分离率为２．０１％。２０１８年分离到６４份Ｈ３阳性??样品，宿主分布为鹅源５份，鸡源９份，其余均为鸭源，２０１８年Ｈ３亚型阳性样??品分离率为６．５０％。２０１９年１月－６月期间ＬＰＭ分离到２０份Ｈ３亚型阳性样品，??宿主全部为鸭，２０１９年１月至６月Ｈ３亚型阳性样品分离率为４．１５％。??样品采集来自于２４４个禽群（１１９个鸡群，５７个鸭群，６８个鹅群）和１组??环境样品。ＬＰＡＩＶ阳性群所占比率依次为鸡群（７６／１１９，?６３．８７％）、鸭群（２６／５７，??４５．６１％）、鹅群（７／６８，１０．２９％）。在环境样品中检测到１
??５４．０９，平均值土标准差分别为?５２．９６±０．７０，?５３．２２±０．３３，５２．９９±０．５７，５２．２３土??１．２８，４７．１０±?１．６４，说明所有毒株的ＨＡ基因的密码子使用选择较低。显而易??见，这些Ｈ３亚型流感病毒ＨＡ基因的ＥＮｃ值大于３５，表明密码子的使用偏好??非常低。??为了证明密码子使用模式是否仅由突变压力还是选择压力的影响，ＥＮｃ与??ＧＣ３ｓ的图像分析能够反映这一点［１Ｑ］。结果表明，对于所有的Ｈ３亚型流感病毒??ＨＡ基因，所有的点全部低于预期曲线（图２－１）。??ＥＮＣ－Ｐｌｏｔ??６５－ｊ??—?ＥＮＣｅｘｐｅｃｔｅｄ??／ｒ?Ａｖｉａｎ?５６－，??４５＂?／?＼?？?Ｈｕｍａｎ?＾?＇?Ａｖ，ａｎ??§?／?＼?？?Ｃ－化?５２：?麟．．．?：＝??２５－?Ｅｑｕｉｎｅ?〇?５〇＿?＊?Ｓｗｉｎｅ??■?Ｓｗｉｎｅ?．Ｅｑｕｉｎｅ??５－?４６－??０．０?０．２?０．４?０．６?０．８?１．０?４４￣Ｔ?７Ｔ￣?＂１??０．３０?０．３５?０．４０?０．４５?０．５０??ＧＣ３ｓ?ＧＣｓ．??图２－１?Ｈ３亚型流感病毒ＨＡ基因密码子ＥＮｃ值分析??Ｆｉｇ?２－１?Ｃｏｄｏｎ?ＥＮｃ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ＨＡ?ｇｅｎｅ?ｏｆ?Ｈ３?ｓｕｂｔｙｐｅ?ｉｎｆｌｕｅｎｚａ?ｖｉｒｕｓ??３．１．５．４中性分析??ＧＣ１２与ＧＣ３之间的中性分析用于判断自然选择与突变压力对基因组的影??响程度［１１］。对不同宿主来源的Ｈ３亚型流感病毒ＨＡ基因进行中性分析，结果表??明，人源（ｒ＝０．７２７６４，?ｐ＜０．０００１），犬源（ｒ＝０．６２６７７，?ｐ＜
本文编号：3209691
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