福建黄兔线粒体基因组全序列测定与分析
发布时间：2021-06-13 21:36
福建黄兔是中国优良的小型兼用品种,从线粒体水平分析福建黄兔在兔形目动物中的系统发育地位,对探究其起源、进化和种群分类具有重要意义。利用PCR高保真扩增技术和生物信息学软件对福建黄兔线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现福建黄兔线粒体基因组全长17 000 bp（GenbankNo.MN518689）,主要包括tRNA基因（22个）、rRNA基因（2个）、蛋白编码基因（13个）和控制区（1个）4部分,基因排列紧密。除控制区,共存在37个编码基因,有9个基因由轻链（L链）编码,其余28个编码基因均由重链（H链）编码。22个tRNA基因中,除 tRNA-Ser（AGY）基因由于缺失DHU臂不能形成三叶草结构外,其余21种tRNA基因均可折叠形成经典的三叶草结构。控制区含有3种结构域:延长终止序列区（ETAS1和ETAS2）、中央保守区、保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3）,其中,CSB1和CSB2间存在200 bp的短重复序列,CSB3和tRNA-Phe间存在306 bp的长重复序列。基于线粒体基因组控制区序列构建10种兔形目动物的系统进化树,结果表明福建黄兔起源于穴兔,支持将福建...
【文章来源】：西北农业学报. 2020,29(09)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
福建黄兔线粒体基因组控制区结构
经比对拼接,福建黄兔线粒体基因组全序列长度为17 000 bp,包括tRNA基因22个、蛋白编码基因13个、rRNA基因2个和控制区1个,基因排列顺序同其他兔种基本一致(图1,表2),将序列提交至GenBank(No.MN518689)。蛋白编码基因(长度为11 391 bp)、tRNA基因(长度为 1 505 bp)、rRNA基因(长度为2 536 bp)和控制区(长度为1 555 bp)分别占整个线粒体长度的 67.00%、8.85%、14.92%和9.15%。37个编码基因中的9个基因[ tRNA-Glu、 tRNA-Gln、 tRNA-Cys、 tRNA-Asn、 tRNA-Tyr、 tRNA-Ala、 tRNA-Ser(UCN)、tRNA-Pro]由轻链(L链)编码,其余28个编码基因由重链(H链)编码。其碱基含量为:A(31.41%)>T(28.18%)>C (26.70%)>G(13.71%),A+T含量 (59.59%)高于C+G含量(40.41%)。基因间无内含子,基因排列紧密,全序列共有12处间隔区域和5处重叠区域,最大间隔区域(8 bp)位于tRNA-Gln和tRNA-Met之间,最大重叠区域 (43 bp)位于 ATPase8和 ATPase6之间。表2 福建黄兔线粒体基因组结构Table 2 Mitochondrial genome structure of Fujian Yellow Rabbit 基因Gene 长度/bpSize 基因位置Gene position 间隔区/bpIGS 反密码子Anticode 密码子 Codons 编码链Coding strand 起始密码子Start 终止密码子Stop tRNA-Phe 69 1～69 0 GAA H 12S rRNA 957 70～1 026 0 H tRNA-Val 66 1 027～1 092 0 TAC H 16S rRNA 1 579 1 093～2 671 0 H tRNA-Leu(UUR) 75 2 672～2 746 2 TAA H NADH1 955 2 749～3 703 0 ATG Taa H tRNA-Ile 70 3 704～3 773 -3 GAT H tRNA-Gln 72 3 771～3 842 8 TTG L tRNA-Met 69 3 851～3 919 0 GAT H NADH2 1 044 3 920～4 963 7 ATT TAA H tRNA-Trp 67 4 971～5 037 2 TCA H tRNA-Ala 67 5 040～5 107 -1 TGC L tRNA-Asn 73 5 107～5 179 GTT L Ori-L 35 5 180～5 214 3 H tRNA-Cys 69 5 212～5 280 0 GCA L tRNA-Tyr 66 5 281～5 346 7 GTA L COX1 1 542 5 354～6 895 2 ATG TAG H
基于线粒体基因组D-loop区采用邻接(NJ)法构建的系统进化树
【参考文献】：
期刊论文
[1]福建黄兔15个微卫星标记的遗传多态性研究[J]. 俞春英,周建华,杨燕燕,谢金东,王训立. 黑龙江畜牧兽医. 2019(05)
[2]基于线粒体DNA 4个基因/区域的矮小梅花鹿群体结构与起源进化分析[J]. 王洪亮,郭肖兰,张然然,王磊,李婷,邢秀梅. 西北农业学报. 2018(12)
[3]不同来源饲粮纤维对福建黄兔盲肠发酵参数及菌群数量的影响[J]. 黄鼎瑞,王建烽,张丽萍,李真真,刘庆华. 动物营养学报. 2019(01)
[4]黑白花兔与福建黄兔生长发育及肉质特性的比较研究[J]. 陈岩锋,孙世坤,桑雷,谢喜平,陈冬金,许建书. 畜牧与兽医. 2018(01)
[5]斑海豹线粒体基因组序列分析及比较研究[J]. 高祥刚,鹿志创,田甲申,韩家波,赫崇波,宋新然. 水产科学. 2017(04)
[6]三江黄牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化[J]. 汪琦,钟金城,柴志欣,李键,陈智华,何世明,吴锦波,蹇尚林,冉强. 西北农业学报. 2016(09)
[7]蛋氨酸羟基类似物异丙酯（HMBi）对福建黄兔屠宰性能、肠道黏膜形态和肠道酶活的影响[J]. 郑秦文,陈思恋,林欣,刘庆华. 中国畜牧兽医. 2015(07)
[8]福建黄兔的品种特性及饲养管理[J]. 卞吉. 特种经济动植物. 2015(02)
[9]动物线粒体遗传系统理论与应用研究进展[J]. 陈念,赖小平. 生物技术通报. 2010(03)
[10]藏鸡线粒体全基因组序列的测定和分析[J]. 童晓梅,梁羽,王威,徐树青,郑晓光,汪建,于军. 遗传. 2006(07)
硕士论文
[1]可溶性纤维日粮对福建黄兔生产性能、免疫机能以及肠道内环境的影响[D]. 王建烽.福建农林大学 2018
[2]基于RAD测序技术的6个中国家兔地方品种的遗传地位研究[D]. 赵纪萍.西北农林科技大学 2017
[3]雪兔线粒体全基因组结构、遗传多样性及其系统进化分析[D]. 符渊.东北林业大学 2015
[4]三个封闭群实验兔遗传多样性研究[D]. 申幸娇.中国食品药品检定研究院 2013
[5]不同训练强度对大鼠心肌线粒体呼吸链功能及自由基代谢的影响[D]. 黄彩云.西北师范大学 2013
[6]海南兔的线粒体基因组结构特征与系统演化初探[D]. 王晓明.山东大学 2012
本文编号：3228384
【文章来源】：西北农业学报. 2020,29(09)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
福建黄兔线粒体基因组控制区结构
经比对拼接,福建黄兔线粒体基因组全序列长度为17 000 bp,包括tRNA基因22个、蛋白编码基因13个、rRNA基因2个和控制区1个,基因排列顺序同其他兔种基本一致(图1,表2),将序列提交至GenBank(No.MN518689)。蛋白编码基因(长度为11 391 bp)、tRNA基因(长度为 1 505 bp)、rRNA基因(长度为2 536 bp)和控制区(长度为1 555 bp)分别占整个线粒体长度的 67.00%、8.85%、14.92%和9.15%。37个编码基因中的9个基因[ tRNA-Glu、 tRNA-Gln、 tRNA-Cys、 tRNA-Asn、 tRNA-Tyr、 tRNA-Ala、 tRNA-Ser(UCN)、tRNA-Pro]由轻链(L链)编码,其余28个编码基因由重链(H链)编码。其碱基含量为:A(31.41%)>T(28.18%)>C (26.70%)>G(13.71%),A+T含量 (59.59%)高于C+G含量(40.41%)。基因间无内含子,基因排列紧密,全序列共有12处间隔区域和5处重叠区域,最大间隔区域(8 bp)位于tRNA-Gln和tRNA-Met之间,最大重叠区域 (43 bp)位于 ATPase8和 ATPase6之间。表2 福建黄兔线粒体基因组结构Table 2 Mitochondrial genome structure of Fujian Yellow Rabbit 基因Gene 长度/bpSize 基因位置Gene position 间隔区/bpIGS 反密码子Anticode 密码子 Codons 编码链Coding strand 起始密码子Start 终止密码子Stop tRNA-Phe 69 1～69 0 GAA H 12S rRNA 957 70～1 026 0 H tRNA-Val 66 1 027～1 092 0 TAC H 16S rRNA 1 579 1 093～2 671 0 H tRNA-Leu(UUR) 75 2 672～2 746 2 TAA H NADH1 955 2 749～3 703 0 ATG Taa H tRNA-Ile 70 3 704～3 773 -3 GAT H tRNA-Gln 72 3 771～3 842 8 TTG L tRNA-Met 69 3 851～3 919 0 GAT H NADH2 1 044 3 920～4 963 7 ATT TAA H tRNA-Trp 67 4 971～5 037 2 TCA H tRNA-Ala 67 5 040～5 107 -1 TGC L tRNA-Asn 73 5 107～5 179 GTT L Ori-L 35 5 180～5 214 3 H tRNA-Cys 69 5 212～5 280 0 GCA L tRNA-Tyr 66 5 281～5 346 7 GTA L COX1 1 542 5 354～6 895 2 ATG TAG H
基于线粒体基因组D-loop区采用邻接(NJ)法构建的系统进化树
【参考文献】：
期刊论文
[1]福建黄兔15个微卫星标记的遗传多态性研究[J]. 俞春英,周建华,杨燕燕,谢金东,王训立. 黑龙江畜牧兽医. 2019(05)
[2]基于线粒体DNA 4个基因/区域的矮小梅花鹿群体结构与起源进化分析[J]. 王洪亮,郭肖兰,张然然,王磊,李婷,邢秀梅. 西北农业学报. 2018(12)
[3]不同来源饲粮纤维对福建黄兔盲肠发酵参数及菌群数量的影响[J]. 黄鼎瑞,王建烽,张丽萍,李真真,刘庆华. 动物营养学报. 2019(01)
[4]黑白花兔与福建黄兔生长发育及肉质特性的比较研究[J]. 陈岩锋,孙世坤,桑雷,谢喜平,陈冬金,许建书. 畜牧与兽医. 2018(01)
[5]斑海豹线粒体基因组序列分析及比较研究[J]. 高祥刚,鹿志创,田甲申,韩家波,赫崇波,宋新然. 水产科学. 2017(04)
[6]三江黄牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化[J]. 汪琦,钟金城,柴志欣,李键,陈智华,何世明,吴锦波,蹇尚林,冉强. 西北农业学报. 2016(09)
[7]蛋氨酸羟基类似物异丙酯（HMBi）对福建黄兔屠宰性能、肠道黏膜形态和肠道酶活的影响[J]. 郑秦文,陈思恋,林欣,刘庆华. 中国畜牧兽医. 2015(07)
[8]福建黄兔的品种特性及饲养管理[J]. 卞吉. 特种经济动植物. 2015(02)
[9]动物线粒体遗传系统理论与应用研究进展[J]. 陈念,赖小平. 生物技术通报. 2010(03)
[10]藏鸡线粒体全基因组序列的测定和分析[J]. 童晓梅,梁羽,王威,徐树青,郑晓光,汪建,于军. 遗传. 2006(07)
硕士论文
[1]可溶性纤维日粮对福建黄兔生产性能、免疫机能以及肠道内环境的影响[D]. 王建烽.福建农林大学 2018
[2]基于RAD测序技术的6个中国家兔地方品种的遗传地位研究[D]. 赵纪萍.西北农林科技大学 2017
[3]雪兔线粒体全基因组结构、遗传多样性及其系统进化分析[D]. 符渊.东北林业大学 2015
[4]三个封闭群实验兔遗传多样性研究[D]. 申幸娇.中国食品药品检定研究院 2013
[5]不同训练强度对大鼠心肌线粒体呼吸链功能及自由基代谢的影响[D]. 黄彩云.西北师范大学 2013
[6]海南兔的线粒体基因组结构特征与系统演化初探[D]. 王晓明.山东大学 2012
本文编号：3228384
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