NDV、IBV和ILTV诊断基因芯片的构建及初步应用
发布时间：2021-06-14 03:18
鸡新城疫（Newcastle disease, ND）、传染性支气管炎（Infectious bronchitis,IB）和传染性喉气管炎（Infectious laryngotracheitis, ILT）是危害养禽业的主要呼吸道疫病。生产中临床症状的相似性,使其检测成为一个难题,快速联合共检新城疫、传染性支气管炎和传染性喉气管炎方法的建立具有重要意义。本研究以NDV、 IBV和ILTV为研究对象,构建了一套禽呼吸道疫病共检基因芯片,该芯片用于对NDV、IBV和ILTV的快速临床检测。本研究主要完成工作如下：1.探针质粒菌的克隆及鉴定本试验制备了3种病毒的6个探针质粒菌。试验针对NDV、IBV、ILTV基因组进行比对分析后,分别选取NDV、IBV、ILTV的2个保守基因,共设计了6对探针基因引物。试验以NDV LaSota株、IBV H120株和ILTV标准株为材料,用RNA/DNA试剂盒抽提病毒RNA和DNA,以反转录后的cDNA和DNA为模板,PCR扩增获得6个探针基因,分别为NDV-F （440 bp）、NDV-HN （465 bp）、IBV-M （368 bp）、IBV-N ...
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－２基因芯片点样设置??Ｆｉｇ．?３－２?Ｔｈｅ?ｄｅｓｉｇｎ?ｏｆ?ＤＮＡ?ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ?ｓｐｏｔｔｉｎｇ??２．?３．?３点样后处理??
基基片对高温几乎不敏感，最终选择使用氨基基片作为本试验的基因芯、片基片。??本试验基因芯片基片选玻璃基片，所用载玻片为氨基修饰的英光惰性的光学级??载玻片，合格基片和不合格基片的扫描图像见图３－５。基因芯片点制结束后都需要??进行抽检扫描，确保没有漏点。??图３－５合格和不合格基片的扫描圍像??Ｆｉｇ．３－５?Ｑｕａｌｉｆｉｅｄ?ａｎｄ?ｕｎｑｕａｌｉｆｉｅｄ?ｓｃａｎｎｉｎｇ?ｉｍａｇｅｓ??４２??
氨基基片和醒基基片的点样液均不能使用含有游离氨基的缓冲液（如Ｔｒｉｓ），这会抑??制ＤＮＡ与基片表面氨基基团的结合。??不同点样缓冲液在点样后扫描的结果见图３－６。选用３?Ｘ?ＳＳＣ点样肘，提取到的??信号标准差、背景标准差分别为６６２．３、５５２．３，而选用ＢａｉＯ⑥点样液点样时，提取??到的信号标准差、背景标准差分别为３２１．１、６６．６。??Ｒｏｗｌ；?３ｘＳＳＣ；??Ｒｏｗ?２；?ＢａｉＯ？?ｐｒｉｎｔｉｎｇ?ｂｕｆｆｅｒ??图３－６不同点样液点样的形态比较??Ｆｉｇ．３－６?Ｔｈｅ?ｓｐｏｔ?ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｙ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒ＾ｅｎｔ?ｐｒｉｎｔｉｎｇ?ｂｕｆｆｅｒ??结果表明，选取３ＸＳＳＣ作为点样缓冲液点样时，样点面积比较大，边缘不规??贝ＩＪ；选取ＢａｉＯ？点样缓冲液点样时，样点面积比较小、形状均一规则，而且各参数??比较理想。因此，最终确定选取ＢａｉＯ⑥点样缓冲液作为点样缓冲液。??３．３．３不同点样湿度的选择??在４个不同的点样湿度（５０％、６０％、７０％、８０％）条件下分别进行点样，８０??°Ｃ烘干后进行扫描，Ｗ确定不同的点样湿度对样点的影响，??不同湿度下点样的形态扫描图像见图３－７。由團可见，在５０％湿度Ｗ下点样时，??样点容易出现点浓缩的现象
【参考文献】：
期刊论文
[1]鸡传染性支气管炎病毒RT-PCR检测方法的建立[J]. 程晓霞,王劭,朱小丽,陈仕龙,林锋强,陈少莺. 中国农学通报. 2009(05)
[2]禽流感病毒等RNA病毒鉴别基因芯片的制备[J]. 田丽娜,王秀荣,杨忠苹,石霖,陶启蒙,包红梅,李雁冰,陈化兰. 中国兽医科学. 2008(08)
[3]鸡传染性喉气管炎病毒PCR诊断方法的建立与研究[J]. 孔意端,陈峰,廖理克,梁伟芳,顾节清. 中国畜牧兽医. 2008(01)
[4]核酸探针检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立及应用[J]. 莫胜兰,刘惠莉,陆承平. 中国兽医学报. 2007(02)
[5]基因芯片扫描中PM T信号增益与信噪比[J]. 徐景升,周会,贾锡伟,邹志华,王艺磊,张木清,陈如凯. 福建农业大学学报. 2005(04)
[6]一种新的基因芯片检测荧光标记技术:通用引物U2联合标记法[J]. 徐秋林,马文丽,李凌,石嵘,郑文岭. 第一军医大学学报. 2005(03)
[7]口蹄疫等5种动物病毒基因芯片检测技术的研究[J]. 杨素,花群义,徐自忠,杨晶焰,谭德勇,董俊,杨云庆,赖建华. 微生物学报. 2004(04)
[8]多重聚合酶链反应快速检测鉴别鸡毒支原体强毒株和弱毒疫苗株的研究[J]. 谢芝勋,邓显文,谢志勤,庞耀珊,唐小飞,廖敏,刘加波,何竞铭. 中国预防兽医学报. 2003(06)
[9]两种限制性标记方法提高基因芯片杂交结果的信噪比[J]. 石嵘,马文丽,宋艳斌,李凌,刘翠华,郑文岭. 第一军医大学学报. 2003(02)
[10]应用逆转录套式PCR检测新城疫病毒核酸[J]. 黄庚明,辛朝安. 中国预防兽医学报. 2001(04)
博士论文
[1]水禽重要疫病的多重PCR与基因芯片检测技术研究[D]. 鲜思美.四川农业大学 2009
[2]伪狂犬病病毒、猪细小病毒和流行性乙型脑炎病毒检测基因芯片的构建及检测技术研究[D]. 张焕容.四川农业大学 2005
硕士论文
[1]鸡传染性喉气管炎病毒的分离鉴定与PCR检测方法的建立[D]. 张明伟.河南农业大学 2009
本文编号：3228952
【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－２基因芯片点样设置??Ｆｉｇ．?３－２?Ｔｈｅ?ｄｅｓｉｇｎ?ｏｆ?ＤＮＡ?ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ?ｓｐｏｔｔｉｎｇ??２．?３．?３点样后处理??
基基片对高温几乎不敏感，最终选择使用氨基基片作为本试验的基因芯、片基片。??本试验基因芯片基片选玻璃基片，所用载玻片为氨基修饰的英光惰性的光学级??载玻片，合格基片和不合格基片的扫描图像见图３－５。基因芯片点制结束后都需要??进行抽检扫描，确保没有漏点。??图３－５合格和不合格基片的扫描圍像??Ｆｉｇ．３－５?Ｑｕａｌｉｆｉｅｄ?ａｎｄ?ｕｎｑｕａｌｉｆｉｅｄ?ｓｃａｎｎｉｎｇ?ｉｍａｇｅｓ??４２??
氨基基片和醒基基片的点样液均不能使用含有游离氨基的缓冲液（如Ｔｒｉｓ），这会抑??制ＤＮＡ与基片表面氨基基团的结合。??不同点样缓冲液在点样后扫描的结果见图３－６。选用３?Ｘ?ＳＳＣ点样肘，提取到的??信号标准差、背景标准差分别为６６２．３、５５２．３，而选用ＢａｉＯ⑥点样液点样时，提取??到的信号标准差、背景标准差分别为３２１．１、６６．６。??Ｒｏｗｌ；?３ｘＳＳＣ；??Ｒｏｗ?２；?ＢａｉＯ？?ｐｒｉｎｔｉｎｇ?ｂｕｆｆｅｒ??图３－６不同点样液点样的形态比较??Ｆｉｇ．３－６?Ｔｈｅ?ｓｐｏｔ?ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｙ?ｏｆ?ｄｉｆｆｅｒ＾ｅｎｔ?ｐｒｉｎｔｉｎｇ?ｂｕｆｆｅｒ??结果表明，选取３ＸＳＳＣ作为点样缓冲液点样时，样点面积比较大，边缘不规??贝ＩＪ；选取ＢａｉＯ？点样缓冲液点样时，样点面积比较小、形状均一规则，而且各参数??比较理想。因此，最终确定选取ＢａｉＯ⑥点样缓冲液作为点样缓冲液。??３．３．３不同点样湿度的选择??在４个不同的点样湿度（５０％、６０％、７０％、８０％）条件下分别进行点样，８０??°Ｃ烘干后进行扫描，Ｗ确定不同的点样湿度对样点的影响，??不同湿度下点样的形态扫描图像见图３－７。由團可见，在５０％湿度Ｗ下点样时，??样点容易出现点浓缩的现象
【参考文献】：
期刊论文
[1]鸡传染性支气管炎病毒RT-PCR检测方法的建立[J]. 程晓霞,王劭,朱小丽,陈仕龙,林锋强,陈少莺. 中国农学通报. 2009(05)
[2]禽流感病毒等RNA病毒鉴别基因芯片的制备[J]. 田丽娜,王秀荣,杨忠苹,石霖,陶启蒙,包红梅,李雁冰,陈化兰. 中国兽医科学. 2008(08)
[3]鸡传染性喉气管炎病毒PCR诊断方法的建立与研究[J]. 孔意端,陈峰,廖理克,梁伟芳,顾节清. 中国畜牧兽医. 2008(01)
[4]核酸探针检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立及应用[J]. 莫胜兰,刘惠莉,陆承平. 中国兽医学报. 2007(02)
[5]基因芯片扫描中PM T信号增益与信噪比[J]. 徐景升,周会,贾锡伟,邹志华,王艺磊,张木清,陈如凯. 福建农业大学学报. 2005(04)
[6]一种新的基因芯片检测荧光标记技术:通用引物U2联合标记法[J]. 徐秋林,马文丽,李凌,石嵘,郑文岭. 第一军医大学学报. 2005(03)
[7]口蹄疫等5种动物病毒基因芯片检测技术的研究[J]. 杨素,花群义,徐自忠,杨晶焰,谭德勇,董俊,杨云庆,赖建华. 微生物学报. 2004(04)
[8]多重聚合酶链反应快速检测鉴别鸡毒支原体强毒株和弱毒疫苗株的研究[J]. 谢芝勋,邓显文,谢志勤,庞耀珊,唐小飞,廖敏,刘加波,何竞铭. 中国预防兽医学报. 2003(06)
[9]两种限制性标记方法提高基因芯片杂交结果的信噪比[J]. 石嵘,马文丽,宋艳斌,李凌,刘翠华,郑文岭. 第一军医大学学报. 2003(02)
[10]应用逆转录套式PCR检测新城疫病毒核酸[J]. 黄庚明,辛朝安. 中国预防兽医学报. 2001(04)
博士论文
[1]水禽重要疫病的多重PCR与基因芯片检测技术研究[D]. 鲜思美.四川农业大学 2009
[2]伪狂犬病病毒、猪细小病毒和流行性乙型脑炎病毒检测基因芯片的构建及检测技术研究[D]. 张焕容.四川农业大学 2005
硕士论文
[1]鸡传染性喉气管炎病毒的分离鉴定与PCR检测方法的建立[D]. 张明伟.河南农业大学 2009
本文编号：3228952
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