肠炎沙门氏菌感染引起的白来航蛋鸡脾脏全基因组表达谱分析
发布时间：2021-06-29 06:46
沙门氏菌属肠杆菌科，为革兰氏染色阴性杆菌，对蛋鸡生产和食品安全造成重大影响。蛋鸡沙门氏菌病主要是由沙门氏菌引起的一种以蛋鸡出现零星死亡，产蛋率下降的慢性消耗疾病，时间一长，容易引起蛋鸡消化道功能紊乱，鸡群抗病力下降，继发感染其它疾病。一些沙门氏菌含有携带耐药因子的遗传质粒，耐药因子传递的对多种抗生素的耐药性，给治疗沙门氏菌污染造成困难。从鸡本身出发，研究其对沙门氏菌感染抗性的分子机制是缓解沙门氏菌病对蛋鸡生产危害的有效途径之一。本研究以开产蛋鸡为研究对象，用肠炎沙门氏菌感染后，采集血液，用全血自动分析仪分析肠炎沙门氏菌对血液生理指标的影响，利用Agilent鸡4*44K V2全基因组表达芯片检测感染后8天和16天脾脏组织的基因表达，筛选出由沙门氏菌感染引起表达差异的基因，并对筛选出来的差异表达基因进行聚类分析，同时利用DAVID数据库对其进行生物学功能分析。此外，我们利用QRT-PCR方法对芯片结果做了验证，同时把筛选出来的差异表达基因与免疫相关基因进行关联分析，并把两个时间点筛选出来的差异基因进行了对比。结果显示：（1）对照组和试验组的血液样品中白细胞的数量都普遍高于正常值，但同一时...
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
目前主要的基因芯片制作方法
Ontology）数据库基因功能分类的分析和生物学通路以及生物学相互作用的分析。GO功能分类和 Pathway 分析是常见的基因分析方法，是一种专门用于分析芯片数据的工具。GO 数据库（http://www.geneontology.org/）存在各种不同的子数据库。GO 功能注释有三个分类：分子功能（MF）、细胞组分（CC）和生物学过程（BP）。KEGG、Bicoastal和 GenMAPP 数据库是 Pathway 分析中最为常用的 3 个数据库。 其中 KEGG 数据库（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）是向公众开放的最为著名的数据库，主要包括基因部分、化学部分和蛋白质网络。而 Bicoastal 数据库是信号传导通路（signaltransduction pathways）中最全面的数据库，这个数据库是由 Bicoastal 公司创建的一个公共网站，到目前为止，它囊括了不同物种的 120,000 个基因及在生物功能调节中 136条调控通路。GenMAPP（gene microarray pathway profiler）数据库，是目前比较常用的用来分析芯片结果的一种数据库，分析得到的结果能体现出机体的某些生物学过程。
图 3 QRT-PCR 反应条件Fig.3 Thermal cycler protocol of QRT-PCR荧光定量 PCR 的首要步骤是标准曲线的制作，标准曲线的制作过程如下：取试验组和对照组的模板 cDNA 各 10 个，每个 2μl，依次进行 2 倍稀释（常用的倍比稀释有 2 倍稀释，5 倍稀释和 10 倍稀释），制成 8 个浓度梯度即（原倍浓度、2×、4×、8×、16×、32×、64×、128×）。根据斜率计算出扩增效率，公式为 e=101/(-k)-1，当目的基因的扩增效率和持家基因相同时，可以计算基因的相对表达量。
【参考文献】：
期刊论文
[1]SAMHD1抗艾滋病病毒作用研究进展[J]. 黄俊,仇超,张晓燕. 病毒学报. 2012(04)
[2]大肠杆菌内毒素对雏鸡血液指标的影响[J]. 王群辉,欧德渊,李诗举,李秀富,冯佳,李大群. 山地农业生物学报. 2009(01)
[3]家禽沙门氏菌防控与食品安全[J]. 范旭,王宏飞. 兽医导刊. 2008(11)
[4]生物芯片技术及其应用前景[J]. 陈启龙,唐鑫生. 资源开发与市场. 2007(08)
[5]基因芯片技术在检测肠道致病菌方面的应用[J]. 金大智,文思远,王升启. 微生物学报. 2006(03)
[6]ELISA技术及其在禽病诊断中的应用[J]. 曲站红,邓国华,贾永清. 畜牧兽医科技信息. 2006(01)
[7]鸡14种病毒病基因芯片的研究[J]. 吴时友,尹燕博,郑彤彤,韩丽敏,田振宇,张巧燕,毛雪松,李青照,史忠华. 中国动物检疫. 2005(07)
[8]山东省286起沙门菌食物中毒分析[J]. 马呈珠,薛良辉,张红,王晓红. 中国食品卫生杂志. 2005(01)
[9]禽类性腺发育和性别调控的分子机理[J]. 米玉玲,张才乔. 农业生物技术学报. 2004(05)
[10]基因芯片在差异表达研究中测定影响因素的初步探讨[J]. 冒海蕾,崔之础,施健,鞠少卿,张冬雷,王惠民,毛红菊,赵建龙. 南通医学院学报. 2004(02)
本文编号：3255958
【文章来源】：山东农业大学山东省
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
目前主要的基因芯片制作方法
Ontology）数据库基因功能分类的分析和生物学通路以及生物学相互作用的分析。GO功能分类和 Pathway 分析是常见的基因分析方法，是一种专门用于分析芯片数据的工具。GO 数据库（http://www.geneontology.org/）存在各种不同的子数据库。GO 功能注释有三个分类：分子功能（MF）、细胞组分（CC）和生物学过程（BP）。KEGG、Bicoastal和 GenMAPP 数据库是 Pathway 分析中最为常用的 3 个数据库。 其中 KEGG 数据库（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）是向公众开放的最为著名的数据库，主要包括基因部分、化学部分和蛋白质网络。而 Bicoastal 数据库是信号传导通路（signaltransduction pathways）中最全面的数据库，这个数据库是由 Bicoastal 公司创建的一个公共网站，到目前为止，它囊括了不同物种的 120,000 个基因及在生物功能调节中 136条调控通路。GenMAPP（gene microarray pathway profiler）数据库，是目前比较常用的用来分析芯片结果的一种数据库，分析得到的结果能体现出机体的某些生物学过程。
图 3 QRT-PCR 反应条件Fig.3 Thermal cycler protocol of QRT-PCR荧光定量 PCR 的首要步骤是标准曲线的制作，标准曲线的制作过程如下：取试验组和对照组的模板 cDNA 各 10 个，每个 2μl，依次进行 2 倍稀释（常用的倍比稀释有 2 倍稀释，5 倍稀释和 10 倍稀释），制成 8 个浓度梯度即（原倍浓度、2×、4×、8×、16×、32×、64×、128×）。根据斜率计算出扩增效率，公式为 e=101/(-k)-1，当目的基因的扩增效率和持家基因相同时，可以计算基因的相对表达量。
【参考文献】：
期刊论文
[1]SAMHD1抗艾滋病病毒作用研究进展[J]. 黄俊,仇超,张晓燕. 病毒学报. 2012(04)
[2]大肠杆菌内毒素对雏鸡血液指标的影响[J]. 王群辉,欧德渊,李诗举,李秀富,冯佳,李大群. 山地农业生物学报. 2009(01)
[3]家禽沙门氏菌防控与食品安全[J]. 范旭,王宏飞. 兽医导刊. 2008(11)
[4]生物芯片技术及其应用前景[J]. 陈启龙,唐鑫生. 资源开发与市场. 2007(08)
[5]基因芯片技术在检测肠道致病菌方面的应用[J]. 金大智,文思远,王升启. 微生物学报. 2006(03)
[6]ELISA技术及其在禽病诊断中的应用[J]. 曲站红,邓国华,贾永清. 畜牧兽医科技信息. 2006(01)
[7]鸡14种病毒病基因芯片的研究[J]. 吴时友,尹燕博,郑彤彤,韩丽敏,田振宇,张巧燕,毛雪松,李青照,史忠华. 中国动物检疫. 2005(07)
[8]山东省286起沙门菌食物中毒分析[J]. 马呈珠,薛良辉,张红,王晓红. 中国食品卫生杂志. 2005(01)
[9]禽类性腺发育和性别调控的分子机理[J]. 米玉玲,张才乔. 农业生物技术学报. 2004(05)
[10]基因芯片在差异表达研究中测定影响因素的初步探讨[J]. 冒海蕾,崔之础,施健,鞠少卿,张冬雷,王惠民,毛红菊,赵建龙. 南通医学院学报. 2004(02)
本文编号：3255958
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