WGCNA鉴定奶山羊妊娠至泌乳期乳腺发育关键基因

发布时间：2021-07-04 17:12

　　旨在通过加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）筛选奶山羊不同生理阶段乳腺发育的关键基因。本研究从GEO数据库中下载奶山羊不同生理阶段（妊娠46天、70天、90天、110天和产后40天）的乳腺组织微阵列数据集GSE14008,使用R语言的WGCNA包对数据进行共表达分析。将得到的模块与生理阶段进行关联分析,选择目标模块,并根据连接度选出枢纽基因。使用DAVID网站对模块进行富集分析后,使用String网站构建模块的蛋白互作网络,并使用Cytoscape软件得到核心基因,最终与枢纽基因取交集得到目标基因。对18个样本的8 443个基因进行加权基因共表达分析,得到30个模块,并选出4个与不同生理阶段相关的目标模块及每个模块的30个枢纽基因,同时也得到4个模块的蛋白互作网络及每个网络的20个核心基因。最终,4个模块共得到13个与乳腺发育相关的目标基因（UQCR、RGL2、NOTCH1、PTBP1、PPP5C、FZR1、UBE2L3、TNF、MAT2A、ITGB2、GPR18、JAK1、CSN2）。本研究通过... 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(11)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

加权基因共表达网络分析

目标模块的GO富集结果

在构建PPI网络时,因royalblue模块基因数目较多,所以选择的最低互作标准(minimum required interaction score)为0.7而非默认的0.4,其他3个模块基因数目较少所选择的标准为0.15。PPI网络的核心基因互作见图5。图5 PPI网络核心基因互作图

【参考文献】：
期刊论文
[1]中国美利奴羊胚胎骨骼肌发育的加权基因共表达网络分析[J]. 石田培,侯浩宾,王欣悦,赵志达,尚明玉,张莉.  畜牧兽医学报. 2020(03)
[2]中国荷斯坦奶牛ITGB2基因多态性及其与乳房炎抗性和产奶性状的相关分析[J]. 杨宇泽,冯涛,路永强,郭江鹏,常卓,赵春颖,程京媛.  中国畜牧杂志. 2018(10)
[3]奶山羊乳腺发育过程中肥大细胞的分布[J]. 赵冰,李庆章.  东北农业大学学报. 2012(09)
[4]奶山羊不同发育时期乳腺上皮细胞中内质网和线粒体的变化[J]. 曲波,闫宏博,佟慧丽,李庆章.  细胞生物学杂志. 2008(06)

博士论文
[1]受孕激素调控的miR-31在乳腺发育中的功能与分子机制[D]. 李想.中国农业大学 2017

硕士论文
[1]基于RNA-seq技术的AD相关lncRNA的识别与功能分析[D]. 宗剑.哈尔滨工业大学 2018
[2]乳腺癌上皮和间质细胞中差异表达的线粒体相关基因及其功能模块研究[D]. 张庆林.中国科学技术大学 2013
[3]奶山羊乳腺发育过程中激素及其受体表达规律的研究[D]. 李真.东北农业大学 2009



本文编号：3265201