黄牛MEF2C基因遗传变异及其效应分析和组织表达规律研究
发布时间：2021-07-06 11:14
肌肉生长是由许多因子共同调节的复杂生化过程，肌细胞增强因子2C（myocyteenhancer factor2C, MEF2C）是一类在肌肉发育中发挥关键作用的转录因子。MEF2C基因可以通过同源或异源二聚体结合到肌肉特异性基因控制区域的A/T富集序列来激活肌肉基因表达，也可以通过其DNA结合域与其他因子互作来调控骨骼肌发育。MEF2C基因对于肌肉发育至关重要。然而，目前关于MEF2C基因的研究主要集中在人和小鼠骨骼肌和心肌的发生机制上，在畜禽中相关研究还很少。本研究通过生物信息学分析、测序和分子生物学等技术方法，对牛MEF2C基因的结构、遗传变异和组织表达等进行研究。初步探究牛MEF2C基因在肌肉发生中的作用，揭示对黄牛重要生长性状有显著效应的分子标记，为进一步改良我国黄牛品种的经济性状提供理论基础。本研究的主要成果如下：1.黄牛MEF2C基因遗传变异研究本试验首先通过DNA池测序和限制性片段长度多态性聚合酶链式反应（ForcedPCR-RFLP）技术鉴定和检测了MEF2C基因在5个中国黄牛品种及其杂交群共1095头黄牛中的遗传变异。发现了4个位于内含子中的多态位点，分别命名为SNP...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
牛基因组DNA的电泳检测Fig.2-1ElectrophoresisdetectofgenomicDNA
图 2-1 牛基因组 DNA 的电泳检测Fig. 2-1 Electrophoresis detect of genomic DNA2.2.2 牛 MEF2C 基因 SNP 位点鉴定以 DNA 池为模板，扩增了牛 MEF2C 基因 11 个外显子。扩增产物测序后，用相关生物软件（Chromas）将测序结果与权威数据库中提供的 MEF2C 基因原序列比对后，发现 4 个较为明显的单核苷酸突变，分别位于第 1、第 3 和第 4 内含子中。其中，SNP 1（g.T96732C）位于第 4 内含子，SNP 2（g.C76904T）和 SNP 3（g.G76992T）位于第 3内含子中，SNP 4（g.A18286C）位于第 1 内含子中（图 2-2）。SNP 1(g.T96732C) SNP2 (g.C76904T)
图 2-3 4 个突变位点 PCR-RFLP 凝胶电泳类型Fig. 2-3 Electrophoresis patterns of PCR-RFLP analysis at four loci MEF2C 基因遗传变异的群体遗传学分析在一个群体中，保持基因的遗传多样性，其实质即保持群体中所拥有的基因种类数，于品种资源的保护和育种工作的改进非常重要。因此，为了有效评估分析群体的遗样性，根据 MEF2C 基因 4 个 SNPs 位点基因分型结果，利用一些数据统计和分析，计算出相关遗传多样性指数（Nei 1973），结果如表 2-6 中所示。基因型和等位基因频率分析表明，在秦川牛和郏县红牛群体中，SNP 1-C-TC，SNPCC，SNP 3-G-GG，SNP 4-A-AA 分别在所属位点中比其他等位基因和基因型频率高，属位点中为主导基因和基因型。依据多态信息含量（polymorphism informationent,PIC）等级划分（Botstein et al. 1980），除了 SNP 3 位点在郏县红牛群体中为低度多态性（PIC<0.25）外，SNP 1、SNP 2 和 SNP 3 在秦川牛和郏县红牛中属于中度性（0.25<PIC<0.50）。而 SNP 4 位点在两个群体中属于低度多态性（PIC<0.25）。根2检验，4 个位点的基因型频率在秦川牛和郏县红牛中符合哈代-温伯格平衡0.05）。在遗传指数分析中，4 位点的基因的纯合度（heterozygosity,Ho）都大于 0.5，
【参考文献】：
期刊论文
[1]精料补充料能量水平对早期断奶犊牦牛生产性能和营养物质表观消化率的影响[J]. 杨俊,王之盛,保善科,王威,薛白,张海波,邹华围. 动物营养学报. 2013(09)
[2]MEF2基因家族的研究进展[J]. 程波,李利,王林杰,张红平. 中国畜牧杂志. 2012(15)
[3]日粮能量水平对中卫山羊羯羊生长与屠宰性能的影响[J]. 俞春山,叶勇,贾弟林,张振伟,薛剑峰,张兵,闫宏. 中国草食动物. 2011(01)
[4]Effects of Different Energy Levels on Nutrient Utilization and Serum Biochemical Parameters of Early-Weaned Calves[J]. ZHANG Rong, DIAO Qi-yu, ZHANG Nai-feng, TU Yan and JIANG Cheng-gang Feed Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, P.R.China. Agricultural Sciences in China. 2010(05)
[5]内参基因在实时定量PCR中应用的研究进展[J]. 董晓丽,王加启,卜登攀,张春林,李珊珊,赵国琦. 中国畜牧兽医. 2009(09)
[6]Mef2c真核表达载体的构建及其在HEK293T细胞中的表达[J]. 温见燕,于长安,杨鹏,阴彬,李耿,柯元南,廖文强. 山东医药. 2009(04)
[7]中国肉牛分子育种研究进展[J]. 陈宏,张春雷. 中国牛业科学. 2008(04)
[8]不同生长阶段杂交肉牛生产性能的研究[J]. 张京跃,吕爱军,穆阿丽,杨在宾. 中国草食动物. 2007(01)
[9]SHEsis,a powerful software platform for analyses of linkage disequilibrium,haplotype construction,and genetic association at polymorphism loci[J]. Yong Yong SHI1,2, Lin HE2,3,*1Bio-X Life Science Research Center, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China;2Institute for Nutritional Sciences, Shanghai Institute of Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai,China;3NHGG, Bio-X Center, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China. Cell Research. 2005(02)
[10]转录因子MEF2对多种信号通路的调节及其生物学作用[J]. 张文炜,徐列明. 中国生物化学与分子生物学报. 2004(04)
博士论文
[1]MEF2A基因原核表达系统构建及黄牛MEF2A、DLK1和CLPG基因遗传分析[D]. 陈付英.西北农林科技大学 2010
[2]黄牛能量平衡调控候选基因遗传变异及其与生长性状相关分析[D]. 张春雷.西北农林科技大学 2007
硕士论文
[1]西杂牛PPARγ2、PGC-1α、MEF2C基因表达量及其与肌内脂肪含量、嫩度的相关分析[D]. 李健.四川农业大学 2010
[2]凉山半细毛羊Mef2A、Mef2C基因克隆与组织时空表达[D]. 吴忠海.四川农业大学 2010
[3]黄牛NPM1、SREBP1c基因的克隆、SNPs检测及其与生长性状的关系[D]. 黄永震.西北农林科技大学 2010
[4]猪MEF2C和MEF2D基因定位及MEF2C基因的表达研究[D]. 吴俊红.浙江大学 2009
[5]猪骨骼肌卫星细胞的培养、鉴定及猪MEF2B和MEF2C基因的初步研究[D]. 何波.华中农业大学 2006
本文编号：3268135
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
牛基因组DNA的电泳检测Fig.2-1ElectrophoresisdetectofgenomicDNA
图 2-1 牛基因组 DNA 的电泳检测Fig. 2-1 Electrophoresis detect of genomic DNA2.2.2 牛 MEF2C 基因 SNP 位点鉴定以 DNA 池为模板，扩增了牛 MEF2C 基因 11 个外显子。扩增产物测序后，用相关生物软件（Chromas）将测序结果与权威数据库中提供的 MEF2C 基因原序列比对后，发现 4 个较为明显的单核苷酸突变，分别位于第 1、第 3 和第 4 内含子中。其中，SNP 1（g.T96732C）位于第 4 内含子，SNP 2（g.C76904T）和 SNP 3（g.G76992T）位于第 3内含子中，SNP 4（g.A18286C）位于第 1 内含子中（图 2-2）。SNP 1(g.T96732C) SNP2 (g.C76904T)
图 2-3 4 个突变位点 PCR-RFLP 凝胶电泳类型Fig. 2-3 Electrophoresis patterns of PCR-RFLP analysis at four loci MEF2C 基因遗传变异的群体遗传学分析在一个群体中，保持基因的遗传多样性，其实质即保持群体中所拥有的基因种类数，于品种资源的保护和育种工作的改进非常重要。因此，为了有效评估分析群体的遗样性，根据 MEF2C 基因 4 个 SNPs 位点基因分型结果，利用一些数据统计和分析，计算出相关遗传多样性指数（Nei 1973），结果如表 2-6 中所示。基因型和等位基因频率分析表明，在秦川牛和郏县红牛群体中，SNP 1-C-TC，SNPCC，SNP 3-G-GG，SNP 4-A-AA 分别在所属位点中比其他等位基因和基因型频率高，属位点中为主导基因和基因型。依据多态信息含量（polymorphism informationent,PIC）等级划分（Botstein et al. 1980），除了 SNP 3 位点在郏县红牛群体中为低度多态性（PIC<0.25）外，SNP 1、SNP 2 和 SNP 3 在秦川牛和郏县红牛中属于中度性（0.25<PIC<0.50）。而 SNP 4 位点在两个群体中属于低度多态性（PIC<0.25）。根2检验，4 个位点的基因型频率在秦川牛和郏县红牛中符合哈代-温伯格平衡0.05）。在遗传指数分析中，4 位点的基因的纯合度（heterozygosity,Ho）都大于 0.5，
【参考文献】：
期刊论文
[1]精料补充料能量水平对早期断奶犊牦牛生产性能和营养物质表观消化率的影响[J]. 杨俊,王之盛,保善科,王威,薛白,张海波,邹华围. 动物营养学报. 2013(09)
[2]MEF2基因家族的研究进展[J]. 程波,李利,王林杰,张红平. 中国畜牧杂志. 2012(15)
[3]日粮能量水平对中卫山羊羯羊生长与屠宰性能的影响[J]. 俞春山,叶勇,贾弟林,张振伟,薛剑峰,张兵,闫宏. 中国草食动物. 2011(01)
[4]Effects of Different Energy Levels on Nutrient Utilization and Serum Biochemical Parameters of Early-Weaned Calves[J]. ZHANG Rong, DIAO Qi-yu, ZHANG Nai-feng, TU Yan and JIANG Cheng-gang Feed Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081, P.R.China. Agricultural Sciences in China. 2010(05)
[5]内参基因在实时定量PCR中应用的研究进展[J]. 董晓丽,王加启,卜登攀,张春林,李珊珊,赵国琦. 中国畜牧兽医. 2009(09)
[6]Mef2c真核表达载体的构建及其在HEK293T细胞中的表达[J]. 温见燕,于长安,杨鹏,阴彬,李耿,柯元南,廖文强. 山东医药. 2009(04)
[7]中国肉牛分子育种研究进展[J]. 陈宏,张春雷. 中国牛业科学. 2008(04)
[8]不同生长阶段杂交肉牛生产性能的研究[J]. 张京跃,吕爱军,穆阿丽,杨在宾. 中国草食动物. 2007(01)
[9]SHEsis,a powerful software platform for analyses of linkage disequilibrium,haplotype construction,and genetic association at polymorphism loci[J]. Yong Yong SHI1,2, Lin HE2,3,*1Bio-X Life Science Research Center, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China;2Institute for Nutritional Sciences, Shanghai Institute of Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai,China;3NHGG, Bio-X Center, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China. Cell Research. 2005(02)
[10]转录因子MEF2对多种信号通路的调节及其生物学作用[J]. 张文炜,徐列明. 中国生物化学与分子生物学报. 2004(04)
博士论文
[1]MEF2A基因原核表达系统构建及黄牛MEF2A、DLK1和CLPG基因遗传分析[D]. 陈付英.西北农林科技大学 2010
[2]黄牛能量平衡调控候选基因遗传变异及其与生长性状相关分析[D]. 张春雷.西北农林科技大学 2007
硕士论文
[1]西杂牛PPARγ2、PGC-1α、MEF2C基因表达量及其与肌内脂肪含量、嫩度的相关分析[D]. 李健.四川农业大学 2010
[2]凉山半细毛羊Mef2A、Mef2C基因克隆与组织时空表达[D]. 吴忠海.四川农业大学 2010
[3]黄牛NPM1、SREBP1c基因的克隆、SNPs检测及其与生长性状的关系[D]. 黄永震.西北农林科技大学 2010
[4]猪MEF2C和MEF2D基因定位及MEF2C基因的表达研究[D]. 吴俊红.浙江大学 2009
[5]猪骨骼肌卫星细胞的培养、鉴定及猪MEF2B和MEF2C基因的初步研究[D]. 何波.华中农业大学 2006
本文编号：3268135
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