基于马属动物家系基因组研究异种杂交不相容的遗传基础
发布时间：2021-07-15 09:16
马和驴是马属动物两个极为重要的物种,其共同祖先出现于上新世时期。直到230万年前仍然存在从马向驴的基因流。马和驴的物种分离是在极短的时间内快速完成的,这促使其形成了染色体间剧烈的结构变异和基因组序列间的高度相似。马和驴两个独立的物种杂交能够产骡,母骡甚至具有产驹的能力。这些突出的特点,使得马、驴和骡成为研究大型哺乳动物异种杂交的遗传基础,以及异源基因组不相容调控的分子机制,非常有价值的模型。为了在基因组和转录组水平评估马、驴杂交对骡机体适应性的影响,同时探索骡协调马和驴基因组不协调的分子机制。第一,我们利用Illumina测序平台对1个马属动物家系的全血样品进行全基因组测序,并以纯血马基因组为参考,以马和驴双亲基因组序列信息为辅助,分析骡SNP的遗传多样性;采用深度测序的方法,分析骡CNV的遗传多样性,并对相关基因进行富集分析。第二,利用Illumina测序平台对3个马属动物家系的全血样品进行RNA-Seq测序,并利用PacBio测序平台对该家系骡的全血样品进行全长转录组测序,分析骡在全长转录本水平发生的突变、基因间嵌合、物种间嵌合等结构变异,并对相关基因进行富集分析。第三,利用RNA...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：127 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图３两款软件识别ＳＮＰｓ的韦恩图??Ｆｉｇ．３?Ｖｅｎｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ＳＮＰｓ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ｂｙ?ｔｗｏ?ｓｏｆｔｗａｒｅｓ??
３２?基于马属动物家系基因组研究异种杂交不相容的遗传基础???两个软件共同识别驴、马和骡的ＩｎＤｅｌ数分别为２３５０４６８、４７６６６１和２０５６１４７，??见图４。同样，驴和骡的ＩｎＤｅｌ数量要明显高于马，这符合蒙古马和纯血马的亲??缘关系更近，骡是继承了驴ＩｎＤｅｌ的杂合个体。??／＾ｎｙ＾＾Ｈｎ＾??图４两款软件识别ＩｎＤｅｌ的韦恩图??Ｆｉｇ．４?Ｖｅｎｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ＩｎＤｅｌ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ｂｙ?ｔｗｏ?ｓｏｆｔｗａｒｅｓ??注：Ａ是指驴；Ｂ是指马；Ｃ是指骡。??２．２．３?ＳＮＰ?注释??采用ＡＮＮＯＶＡＲ软件对ＳＮＰ位点进行注释［１４７］。ＳＮＰ注释结果见表８。??
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【参考文献】：
期刊论文
[1]什么是物种:进化连续性与分类间断性冲突的产物[J]. 卢宝荣,王哲. 科学通报. 2016(24)
[2]二倍体和四倍体鲫鲤杂交品系中基因组不兼容特性研究[J]. 刘少军,罗静,柴静,任力,张亚平. 遗传. 2016(03)
[3]初生骡驹溶血病的预防和治疗[J]. 孙广苓. 中国动物保健. 2014(05)
[4]动物远缘杂交研究进展[J]. 张卓慧,陈婕,黎玲,陶敏,张纯,覃钦博,肖军,刘筠,刘少军. 中国科学:生命科学. 2014(02)
[5]MICA基因多态性对异基因造血干细胞移植的影响研究进展[J]. 郝玉娜,张庆波,孙玉英,奚永志. 中华血液学杂志. 2012 (12)
[6]远缘杂交导致不同倍性鱼的形成[J]. 刘少军. 中国科学:生命科学. 2010(02)
[7]主要组织相容性抗原（MHC）在母胎界面免疫调控的研究进展[J]. 李明,史远刚,彭景楩. 现代生物医学进展. 2007(12)
[8]内蒙古自治区家驴染色体核型研究[J]. 赖双英,晁玉庆,祝琳敬,乌达巴拉. 黑龙江畜牧兽医. 2006(06)
[9]肝脏移植术后移植物抗宿主病三例报告[J]. 梁廷波,汤晓锋,郑树森,卢安卫,王伟林,沈岩,张珉,孟雪芹. 中华医学杂志. 2004(10)
[10]公骡精母细胞的减数分裂[J]. 赵振民,支德娟,王敏强,杨博辉. 动物学报. 2002(01)
硕士论文
[1]基于转录组测序探究骡子杂种优势的遗传机制[D]. 高山.西北农林科技大学 2019
[2]骡父母本基因表达特征及功能[D]. 王艳欣.内蒙古农业大学 2018
本文编号：3285425
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：127 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
图３两款软件识别ＳＮＰｓ的韦恩图??Ｆｉｇ．３?Ｖｅｎｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ＳＮＰｓ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ｂｙ?ｔｗｏ?ｓｏｆｔｗａｒｅｓ??
３２?基于马属动物家系基因组研究异种杂交不相容的遗传基础???两个软件共同识别驴、马和骡的ＩｎＤｅｌ数分别为２３５０４６８、４７６６６１和２０５６１４７，??见图４。同样，驴和骡的ＩｎＤｅｌ数量要明显高于马，这符合蒙古马和纯血马的亲??缘关系更近，骡是继承了驴ＩｎＤｅｌ的杂合个体。??／＾ｎｙ＾＾Ｈｎ＾??图４两款软件识别ＩｎＤｅｌ的韦恩图??Ｆｉｇ．４?Ｖｅｎｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｏｆ?ＩｎＤｅｌ?ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ?ｂｙ?ｔｗｏ?ｓｏｆｔｗａｒｅｓ??注：Ａ是指驴；Ｂ是指马；Ｃ是指骡。??２．２．３?ＳＮＰ?注释??采用ＡＮＮＯＶＡＲ软件对ＳＮＰ位点进行注释［１４７］。ＳＮＰ注释结果见表８。??
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【参考文献】：
期刊论文
[1]什么是物种:进化连续性与分类间断性冲突的产物[J]. 卢宝荣,王哲. 科学通报. 2016(24)
[2]二倍体和四倍体鲫鲤杂交品系中基因组不兼容特性研究[J]. 刘少军,罗静,柴静,任力,张亚平. 遗传. 2016(03)
[3]初生骡驹溶血病的预防和治疗[J]. 孙广苓. 中国动物保健. 2014(05)
[4]动物远缘杂交研究进展[J]. 张卓慧,陈婕,黎玲,陶敏,张纯,覃钦博,肖军,刘筠,刘少军. 中国科学:生命科学. 2014(02)
[5]MICA基因多态性对异基因造血干细胞移植的影响研究进展[J]. 郝玉娜,张庆波,孙玉英,奚永志. 中华血液学杂志. 2012 (12)
[6]远缘杂交导致不同倍性鱼的形成[J]. 刘少军. 中国科学:生命科学. 2010(02)
[7]主要组织相容性抗原（MHC）在母胎界面免疫调控的研究进展[J]. 李明,史远刚,彭景楩. 现代生物医学进展. 2007(12)
[8]内蒙古自治区家驴染色体核型研究[J]. 赖双英,晁玉庆,祝琳敬,乌达巴拉. 黑龙江畜牧兽医. 2006(06)
[9]肝脏移植术后移植物抗宿主病三例报告[J]. 梁廷波,汤晓锋,郑树森,卢安卫,王伟林,沈岩,张珉,孟雪芹. 中华医学杂志. 2004(10)
[10]公骡精母细胞的减数分裂[J]. 赵振民,支德娟,王敏强,杨博辉. 动物学报. 2002(01)
硕士论文
[1]基于转录组测序探究骡子杂种优势的遗传机制[D]. 高山.西北农林科技大学 2019
[2]骡父母本基因表达特征及功能[D]. 王艳欣.内蒙古农业大学 2018
本文编号：3285425
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